音樂治療具有悠久的歷史 。
祖國醫學的經典著作《黃帝內經》兩千年前就提出了“五音療疾”。古人的音樂療法是根據宮、商、角、徵、羽5 種民族調式音樂的特性與五臟五行的關系來選擇曲目，進行治療。如宮調式樂曲，風格悠揚沈靜、淳厚莊重，有如“土”般寬厚結實，可入脾；商調式樂曲，風格高亢悲壯、鏗鏘雄偉，具有“金”之特性，可入肺；角調式樂曲構成了大地回春，萬物萌生，生機盎然的旋律，曲調親切爽朗，具有“木”之特性，可入肝；徵調式樂曲，旋律熱烈歡快、活潑輕松，構成層次分明、情緒歡暢的感染氣氛，具有“火”之特性，可入心；羽調式音樂，風格清純，淒切哀怨，蒼涼柔潤，如天垂晶幕，行雲流水，具有“水”之特性，可入腎。
在西方，古埃及有“音樂為人類靈魂妙藥”的記載，古希臘羅馬的歷史著作也曾有過記述。《舊約》上就曾記載掃羅王召大衛鼓琴驅魔(其實是精神不寧)的故事。
到了19 世紀中期，音樂療法曾在歐洲壹度風行，奧地利醫生P·利希滕塔爾(1780～1853)則在1807 年寫成了4 卷集的《音樂醫生》，更詳盡地介紹當時的探索成果。
到了第二次世界大戰期間，由於音樂治療精神疾病傷員的療效顯著，被迅速推廣。
1950 年，在美國成立了世界上第壹個音樂治療學的國家協會，專事探討、推廣音樂療法，並出版論文集及定期刊物。西方各國也紛紛成立這類組織，並有國際性的專業交流活動。至此，音樂療法已發展為壹種專門療法。所以，世界上有大多數國家都有音樂治療協會。