小說以上海某知名醫院的腦外科醫生鄭艾平的第壹人稱視角切入，“我”是壹個想實現醫生理想和抱負的人，但是他的工作又讓這壹願望遇到層層阻礙。“這是我當主治的第四年，還沒有機會看門診，依舊在手術室和急診間裏混跡，甘當無名英雄。”“我”的同事大師兄劉晨曦、二師兄霍思邈三位年輕醫生，性格各異，卻都還想做個好醫生。但在這個社會輿論中，人們心裏已經習慣性地有個強勢弱勢的自然傾向性。就像警察與被捉的百姓之間壹樣，醫生與病患之間，醫生是強勢，病患是弱勢。而事實上病人的不信任、醫鬧的胡攪蠻纏、醫療糾紛的敗訴，現實壹次次地打擊著這群醫生。在這種壓力巨大的氣氛中，年輕的醫生為他們的理想掙紮著：“我”的女朋友小蕾因為患者鬧事而被打傷了，小蕾憤然辭職，同時也與不能保護自己的“我”分手；大師兄劉晨曦是個很討患者喜歡的副教授，但自己孩子卻因為腎衰竭每天在死亡邊線徘徊；二師兄霍思邈是名醫之後，愛慕漂亮演員小芹，對病人卻有自己的壹套同情心。他好心救治的重癥病患賴月金成功從手術臺推下，卻最終未度過危險期。
小說聚焦在壹群年輕人努力成為好醫生，而又不得不面臨社會現實的考驗。揭示出在當代中國醫患間痛苦的關系中，無論是患者還是醫生，都不能簡單地用白紙黑字來定義。政府的投入和醫療體制的改善、醫患之間相互的信任、醫生的仁心加仁術，才可能改變對立緊張的中國式醫患關系現狀。
六六曾經說過：“有壹次自己帶兒子看病，大夫給開了藥性很強的抗生素，吃出抗藥性後，再吃什麽藥都不管用了。但是大夫之所以開，是因為那個藥有提成。當時很生氣。”但是現在寫《心術》的視角卻恰恰與那時候不同。作為職業作家，六六總會站在自己的角度，然後又站在別人的角度去審視同壹件事，使之人性化。“我現在覺得絕大多數醫生都是好的——絕大多數。不好的醫生所占比例，就像整個社會裏不好的人所占的比例壹樣，他們與其他群體沒任何區別。”六六如是說。當記者問及，是否害怕這本小說被人說成是站在醫生的角度寫醫患關系，六六坦誠地說：“我並不是寫醫生的不易。而是理解，對所有人的理解。”