以奪取峰島勇次郎的遺產為目的的犯罪組織海市蜃樓，襲擊了海上全封閉式的球體實驗室。在球體實驗室打工的阪上鬥真從其中逃脫，向警方通報了這壹事件。對遺產進行管理的組織——ADEM聽取完報告後，為了讓鬥真再給某人講壹遍事情經過而將其帶到了絕密的研究所NCT。在研究所壹千兩百公尺的地底，遇見了被囚禁與此的ADEM最終王牌，峰島勇次郎的女兒，繼承了峰島勇次郎全部知識的最高傑作——峰島由宇。鬥真和由宇侵入球體實驗室，與海市蜃樓作戰，最終成功奪回。
Leptoneta篇（9SⅡ收錄）
球體實驗室事件兩周後，掩人耳目之下，使用了多種違法遺產技術的多目多足無人戰車 Leptoneta，在無人島孤石島進行試運作。發覺其使用了違法遺產技術的由宇以及ADEM在試驗當天進行檢查，結果被卷入Leptoneta暴走事件，搶奪遺產的組織“密諾娃”暗中襲擊。鬥真為了與由宇再會而接受了八代壹的提議，作為壹天的LC隊員，前往孤石島，途中亦被暴走的Leptoneta襲擊而卷入其中。由宇和鬥真的再會充滿了意外，最後擊破了Leptoneta，擊退密諾娃，從孤島中逃生。
天堂之門篇（9SⅢ，Ⅳ收錄）
5月初，孤石島事件兩周後，木梨擅自與LAFI同調，被八十八元素其中的壹個意識體奪去了身體，成了變異體的未知生物，血洗NCT研究所之後逃離。為了追捕木梨，由宇第三次外出。變異體的目標是名為“天堂之門”的遺產。“天堂之門”位於真目家的獎勵都市“希望”的地下巨大空洞，以上方的城市和人作為封印，如何才能取出天堂之門？另壹面，真目家的長子真目勝司與密諾娃的背叛者magic聯手，怨恨著真目家血緣的他們，亦向天堂之門進發。而鬥真的妹妹，真目麻耶，被父親命令要死守住遺產。ADEM為了帶回由宇和變異體，出動了剛回來的先進LC部隊，多方勢力最終集結於“希望”都市的地下。鬥真和由宇與他們戰鬥，後發現勇次郎的線索，兩人壹起去追尋他的蹤跡。
ADEM篇（9SⅤ，Ⅵ，Ⅶ收錄）
希望都市的件後，由於被由宇逃脫，且造成巨大損害，ADEM的負責人伊達真治被上頭追究責任，AEDM職責被暫停，部分轉移到“海星”部隊。由宇他們壹路向著比良見特別禁止區域前進，10年前的壹場爆炸中，該區域被夷平，唯獨處在比良見地區正中央的峰島勇次郎研究所無傷。而在研究所等著他們的是1萬5千兵力的“海星”部隊和擁有驚人單體戰鬥力的“七原罪”，以及從美軍那裏搶走的巨型飛行航母 “自由號”。傷痕累累的由宇和鬥真面臨絕望境地，最後由宇被抓走，鬥真被困，在研究所的地下，鬥真見到了突然出現的峰島勇次郎，說了壹番莫名其妙的話之後又消失了。另壹面，“海星”的真正目的被伊達發現，死守NCT研究所。最後鬥真從海星手中救回由宇，但由宇的知識以及NCT研究所的LAFI都被海星帶走，ADEM總部廢棄，海星擁有了全部的遺產知識，開始對各國非法持有遺產技術的組織宣戰。
海星篇（9SⅧ，Ⅸ收錄）
“海星”神出鬼沒以及絕對的戰鬥力，讓世界為之顫抖。由宇與海星對戰，完美預測了三次海星的襲擊目標，並將其擊退後，海星終於把首要殲滅對象轉移到了ADEM上。與此同時，對沈沒的壹艘“自由號”進行打撈，美國第四艦隊以及將本部設在球體實驗室中的AEDM，在海星絕對的防禦力和攻擊力面前無力回天。球體實驗室下沈陷入危機……最後擊敗了海星，由宇和鬥真卻迎來了令人絕望的真相，鬥真是由宇非殺不可的存在？……
西伯利亞篇（9SⅩ-？）
西伯利亞突然出現了異常的生物群，從未有過的災難即將席卷全球，無機生物和有機生物的對決……由宇在其中又該何去何從？