起初，義和團和清朝大多數秘密團體壹樣，反對滿清統治，以“反清復明”的口號被鎮壓。隨著中國近代史的發展，以帝國主義侵略為首的西方勢力的沖突取代了中外之爭，滿漢之爭成為主要的歷史矛盾。義和團開始支持清朝抗西，改名為“虎神營”，口號改為“助清滅洋”
中國在1894年的甲午戰爭中被日本人打敗，1895年被迫簽訂《馬關條約》，顯示了之前洋務運動的失敗，再次激起了歐洲列強的野心。1896年，意圖瓜分中國的歐洲列強向清政府提出無理要求，要求準許修建鐵路和開礦。1897，11年6月，山東發生“曹州宗教案”，兩名德國傳教士弗朗茨·涅茲和理查德·霍伊勒被沖進教堂的村民殺害(原因不明)。德國立即響應，趁機出兵占領膠州灣和膠澳(今青島)。接下來，俄軍進入遼陽以南的旅順，英法分別出兵占領威海和廣州灣。
外族入侵，在山東各地引起排外情緒。1898年三月，拳民活動在山塘愈演愈烈。1899年，捐官的華裔旗手於賢出任山東巡撫，提出“民可用之，團當安撫之，匪必剿之”，並采取安撫義和團的辦法，編入民兵。結果義和團變成了“義和團”，口號從“反清復明”變成了“扶清滅洋”。義和團到處燒教堂，殺牧師；在義和團運動的積極排擠下，外國人被稱為“大俄國人”，將被殺無赦。
1900 8月14日淩晨，八國聯軍來到北京城外。經過兩天激戰，於8月15日逐步攻占北京城門，隨後與清軍展開遍布京城的巷戰。8月16日晚，八國聯軍已經基本占領了整個北京城。北京失陷後，慈禧和皇室成員立即匆忙離開，逃往xi。
在前往Xi安的途中，清朝皇室命令來自全國各地的官兵消滅義和團。9月7日，清廷發布上諭，稱“自本案開始，義和團運動確實是鬧事的原因。現在要拔源頭，必須加痛苦，根除痛苦。”中外勢力的聯合導致了義和團運動的失敗。與此同時，清政府派遣清親王奕劻和李鴻章作為全權使節與各國進行和平談判。
1901年9月7日，清政府被迫簽訂《辛醜條約》。中國雖然沒有被肢解領土，但需要向其他國家支付總計4.5億兩的戰爭賠款，史稱“庚子賠款”，從關稅和鹽稅中扣除。這個數額意味著中國每個人都要被罰壹兩銀子。按照目前的白銀價格計算，賠償總額約為3.033億美元。