壹九九七年——眾格鬥家的決勝戰之後，高尼茨突然出現的破壞引起了很大的回應，市民爭相希望了解，當天究竟發生了什麽事情。主辦機構亦忙於向那次特別事件作出解釋（說是由恐怖分子引起的事端）及處理善後的問題。
K.O.F.96大會的成功，不單引起了格鬥潮流，更引起了數間巨大企業的興趣，並以贊助者的名義期望舉辦K.O.F.97，K.O.F.97之聲勢就此日漸壯大。在壹遍群情洶湧下，K.O.F.97正式落實舉行了。大會決定舉辦後，世界各地的武道家都會紛紛雲集。在大賽前，與草薙京有著宿世姻緣的女友雪登場，同時草薙京的徒弟——十分仰慕他的矢吹真吾也出現在大眾面前，草薙京傳授了他草薙流古武術。
經過激烈比賽，大會結束，此時八神庵和莉安娜體內的邪惡力量突然爆發。在擊敗暴走的兩人後，在大會中引人註目的七枷社、夏爾米、克裏斯登場，這三人的真實身份竟然是大蛇壹族的四天王。壹番激戰後戰勝了三人，而這時候大蛇借助克裏斯的身體成功復活！傳說之中最強的黑暗力量主人——大蛇OROCHI終於出現了！最終OROCHI敗於三神器的草薙京、八神庵、神樂千鶴的手上。
後話：元氣大傷的八神庵被神樂千鶴救回神舍修養，而重傷的草薙京則被N.E.S.T.S.組織生擒回去，成為制造復制人的素材……（《拳皇》音巢篇開始的引子）
擴展資料：
選用以下隊伍通關，會看到特別結局
1、主角隊：草薙京、二階堂紅丸、大門五郎（使用草薙京擊敗大蛇，結局會對決八神庵）
2、三神器隊：草薙京、八神庵、神樂千鶴（拳皇97正統結局）
3、師徒隊：草薙京、矢吹真吾、第三個人隨意，只要不是八神庵或莉安娜就行
4、94女子格鬥家隊：阪崎百合、不知火舞、King
5、舊時代明星隊：拉爾夫、克拉克、麻宮雅典娜
6、SNK超級巨星隊：草薙京、特瑞、阪崎亮
7、邊緣隊：二階堂紅丸、東丈、金家潘
8、Game-ST隊：特瑞、東丈、瑪麗
9、Fami-Tsu隊：陳國漢、蔡寶健、山崎龍二
10、Neo·Geo Freak隊：草薙京、不知火舞、比利
註：從第四個開始其實所謂的特別結局也就是在職員表前會插入壹幅特別的圖而已，最後三個街機版或家用機版language必須調成日語才能看到，SS或PS版的話必須買日版。