（壹）
柯南和灰原哀再次躲過了黑衣組織的追殺，兩人在阿笠博士家回想著這些天以來的事情。灰原提出，每次黑衣組織都有機會將他們兩個人滅口，可是為什麽壹次次地讓他們想盡種種辦法逃掉？柯南已經隱隱的感覺到，整個黑衣組織的幕後黑手已經現身，也許就藏在他們的周圍。而就在這時，壹起持槍搶劫的案件發生在了米花街，而被劫持的正是毛利蘭和他的父親——昏迷不醒的小五郎。
柯南大驚失色，而目暮警官的手下佐藤和高木也來到了阿笠博士的家中。通過現場傳達的消息，綁匪的目的不是錢，更不是什麽珠寶，而是讓柯南和灰原哀前去交換人質，否則毛利父女的性命不保。
人命關天，柯南和灰原帶上了博士新發明的道具，前去交換人質。毛利父女安然無恙，小五郎只是被乙醚弄暈了而已。只是柯南和灰原卻與綁匪們不知了去向。
壹條秘密的通道裏，四個人——兩個綁匪和柯南、灰原哀穿梭在其中。壹道大門打開，光線照射進了柯南的眼中，他驚奇的發現，此處不是別的什麽地方，而正是柯南——工藤新壹的家。
第壹個綁匪解下了面具，是波本——茱蒂老師壹再警告柯南的又壹個黑衣組織的成員，而另外壹個綁匪也解開了面具，居然是工藤新壹的母親——有希子！
（二）
有希子從柯南和灰原的身上拿掉了博士給予他們的道具，阿笠博士和佐藤、高木、目暮警官等人頓時沒有了信號而倍感焦急。波本掏出了毛巾，擦掉了臉上的壹層皮。工藤新壹的父親——工藤優作帥氣的面容展現在了柯南的眼前。
柯南不敢相信眼前的壹切，灰原哀更是目瞪口呆。柯南問他的父親是不是黑衣組織真正的首領，優作默認，而且說明自己化名為“波本”來到了這裏，目的就是為了制定這壹次的搶劫事件。柯南並不理解這壹切到底是怎麽回事。有希子拿出了APTX4869的解藥，柯南和灰原哀服下後，重新恢復成為了宮野誌保和工藤新壹的身材和面容。
優作承認自己的所作所為嚇到了柯南，但同時他也向柯南說明了自己這樣做的目的：其實在17年前，工藤新壹還未出生時，有希子的隱退壹直是困擾著他的壹個謎團，後來根據有希子的情報，她在壹次宴會上偷聽到說，美國企圖運用壹切能夠達到的方式來控制整個世界，在亞洲首先就是要征服日本，但是這個目標非常的漫長，又非常的棘手。心直口快的有希子在沒有驚動別人的情況下告知了優作，優作憑借著種種便利向日本天皇和首相報告了這壹信息。首相據此秘密地下了壹道命令，為了抵禦美國的侵略，要優作和另外幾個人壹起幫助首相實行壹項計劃，這個秘密僅僅只有幾個人知道：首相本人、工藤優作，另外的兩個人是黑羽盜壹和目暮十三。
（三）
根據協定，首相負責最隱秘的部分，盜壹通過自己的神通廣大來竊取壹切可以的情報，目暮十三進入警局（他已經是警察，所以很方便），工藤優作則通過自己小說家的身份來行動。四方商定，如果有壹方事情敗露，則必須消失。而黑羽盜壹在壹次行動中不慎暴露了身份，被迫自殺，而留下了年幼的兒子黑羽快鬥。但快鬥壹直不知道父親真實的身份，所以並不知情。
這樣，經過十多年的時間，美國方面遲遲沒有動靜，日本本土看似平靜，實則隱藏著危機。工藤優作所發展的黑衣組織也已經基本成形。在他的努力下，有幾個人決定終身跟隨優作，他們就是琴酒、伏特加、貝爾莫特、宮野明美等人。可是在壹個晚上，當優作的黑衣組織在進行定時定點聯絡交易的時候，卻被工藤新壹逮了個正著。萬般無奈之下，琴酒遵循優作的命令，將組織開發出來的毒藥APTX4869給新壹服下。優作痛心疾首卻也無可奈何，所以為了避免組織出大亂子，便派出智商最高的琴酒和力量最大的伏特加予以跟蹤新壹。
優作壹直期望著新壹能夠成為壹個智勇雙全的勇者，可如何達到這壹目的？於是，琴酒建議通過制造壹系列的連環奇案來鍛煉新壹，並讓自己青梅竹馬的戀人宮野誌保變成小孩子來監督新壹。新壹經受住了考驗，雖然身材矮小，但是通過自己發達的推理能力壹次次地讓優作刮目相看，優作十分自豪，因為他明白，壹切就要成功了。
意想不到的事情總會發生，先是宮野明美因為走漏消息差點被柯南看出而不得已犧牲掉她，再有就是本堂瑛海和她弟弟本堂瑛佑的介入。瑛海已經化名為水無憐奈（基爾），而且進入了黑衣組織，與此同時，美國FBI的探員們也來到了日本。優作感覺到基爾的來歷有些模糊，甚至已經覺察到她似乎就是打入組織的FBI臥底。可是為了制造假象，優作讓自己的幹兒子——赤井秀壹演出了壹場詐死事件（這也就是為什麽赤井秀壹下落不明的直接原因）。最後壹個意外就是目暮警官的身邊多出了壹個人——白鳥任三郎。白鳥謹慎的作風使得目暮有所警覺，他懷疑白鳥是FBI的人，於是不得不更加小心細微，生怕白鳥那雙犀利的眼神看出個所以然。
（四）
聽完了優作的壹番講解，新壹明白了很多。自己縱然有更多的話語和理由想跑到事務所給小蘭解釋清楚，也已經鞭長莫及。因為他明白，現在的自己不僅僅是毛利蘭心中那個“自以為是的家夥”，更重要的是，他們工藤全家，已經成為了保衛祖國的壹枚重要的棋子。新壹原諒了父親，深深地體會到了優作的不易，而他和宮野誌保兩個人，也堅定了信心，誓死要保衛自己的祖國。
毛利蘭昏迷了，小五郎和英裏陪伴在女兒的身邊。他們不知道發生過什麽事情，只是收到了目暮警官的信函：保護好小蘭，有人要追殺她。
目暮警官開始行動了，他成功通過暗格來到了優作的家中。優作帶領著幾個人進入了他們黑衣組織的基地。在那裏，壹張張熟悉的面孔呈現在了他們的眼前：琴酒和誌保互相擁抱，喜極而泣，而伏特加等人也已經做好了最後的準備，而黑羽快鬥也在他們中間。原來，優作是快鬥的教父，所以在聽說了這壹切之後，便毫不猶豫地加入了這最後的行動中。
日本首相也已經到了，他們這個塵封了十多年的計劃即將開啟。
就在他們要實行計劃的同時，目暮收到了白鳥的警告：如果行動，毛利蘭全家則要被滅門。此時目暮完全知曉了白鳥的真正身份，他就是FBI駐日本辦事處的領頭人。在眾人不知如何是好的同時，快鬥提出，白鳥也許並不知道他的身份，可以化裝成為基德進入醫院拆除炸彈。這是這場賭局唯壹的壹個籌碼，新壹提出，在這時要以國家的利益為重，如果能夠避免數以百萬的人民傷亡而不能救下毛利壹家，他也可以欣然接受。
基德成功地演繹了最拿手的壹切，毛利蘭平安無事，而白鳥也絕非等閑之輩。他說，美國對日本的侵略即將開始，但是軍事侵略將不會發生。優作早有準備，他知道侵略的藍圖和總計劃不會在白鳥的身邊，於是將計就計，通過壹連串的事件引出了白鳥，逼迫他吐露了美國侵略的總計劃。
原來，美國壹直恐慌於日本的軍國主義復蘇行動，壹方面在通過侵略迫使日本妥協的同時，也想控制日本的經濟，這樣美國這個世界老大就可以壹呼百應，稱霸世界了。可是10多年前的美國政局並不穩定，國會遲遲不能通過議案，使得聯邦調查局的任務被迫中斷，直到3年前，白鳥成為了駐日本的總領頭人，才使得這壹切得以施行和展開。
美國的侵略行動終告失敗，而工藤新壹也仿佛重生了壹般。琴酒和誌保舉辦了盛大的婚禮，“其實琴酒是個很體貼的人，為了國家的利益，甚至可以放棄壹切。”宮野誌保甜美的聲音回蕩在了新壹的耳邊。他喜歡誌保，可是並不愛她，看到誌保幸福的表情，他心中感到了無比的甜蜜。
毛利蘭醒了過來，她僅僅認識她的父母和幾個好朋友，卻不認識眼前的工藤新壹到底是誰。她的頭腦中隱隱約約地浮現著壹些破碎的記憶，可無論如何也不能將它們拼湊在壹起。
（五）
帝丹高中的畢業典禮落下了帷幕，工藤新壹享受到了公費留學生的待遇，要去英國倫敦留學。他當然十分樂意，不僅僅可以拿到學位，同時可以壹睹自己的偶像——夏洛克福爾摩斯曾經的風采。
步美、光彥和元太繼續著他們的少年偵探隊，雖然柯南和灰原離開了日本（聽阿笠博士胡謅的），但是相信有他們兩個人的影響，三個人只要努力奮鬥，也會成為優秀的偵探。
進入機場之前，新壹看見壹個人向他招手，居然是失蹤多日的赤井秀壹。據秀壹講，他是為了保護工藤新壹的安全，才要和他壹起踏上去倫敦的旅途。新壹面露微笑，兄弟兩個相互擁抱，走進了檢票口。
在飛機上，新壹做了壹個夢，櫻花飄落的街道上，夕陽照射著的毛利蘭，動情地說道：
“不管妳在哪裏，我只離妳壹個轉身的距離……”