在沒有再次找到佐助後，我回到了木葉，但我震驚地聽到自來也被佩恩殺死了。為此，他壹度悲傷，因為伊魯卡老師和盧馬魯的鼓勵，他又壹次振作起來，幫助解開了自來也生前留下的暗號；可惜還是沒有頭緒。為了給自來也報仇，他決定接受沈作人的建議，去自來也曾經練習過的廟木山進行艱苦的“魔術”訓練。在訓練中，鳴人變成了壹只青蛙。還好被大人制止了，但是鳴人全身都是傷。經過壹番練習，鳴人終於掌握了自然力，於是勸大人改用無蛙油的做法，同時給了鳴人自來也的遺訓——“百試百忍”，後來在鳴人的融合訓練中被九尾福克斯拒絕。另壹方面，木葉村正在被佩恩摧毀。綱手作為霍穎的五代，把鳴人叫了回來，也通過鼻涕蟲展開了對村莊的營救。卡卡西被天道佩恩打敗，在過度使用神威(為了救丁基)後，查克拉在過度使用後死去...在木葉村被佩恩摧毀的那壹刻，島仙用通靈技能將仙人鳴人、神作、蛤蟆、蛙劍、蛙光同時召喚到木葉身上，鳴人巧妙的用兩個暗影分身補充神力，使出了壹個新術——超級玉螺丸、青蛙戰術、唐珂。但實力始終不如“天道”，“天道”先後用“神羅天正”和“萬象尹田”打敗鳴人，殺死神作。鳴人質疑“天道”這樣做的原因，“天道”也向鳴人透露了自己的目的...少年田為了營救鳴人被“天道”打成重傷，鳴人壹怒之下爆發出的力量，露出了第六尾和的骨頭。天道絕技，“神之羅天正”和“萬象天道入門”對鳴人完全無效，只好逃到村外，偷偷使用自己隱藏的絕技“爆星”。面對禁術“土爆星”，鳴人八尾爆發。就在鳴人即將露出第九尾(撕掉封印九尾的咒語)的時候，四代木火影突然出現在鳴人的意識中，攔住了鳴人。鳴人得知自己是四世同堂的兒子後變得情緒激動。四代相信鳴人能夠保護木葉並幫助鳴人修復封印。九尾瞬間消失了，鳴人回到了不朽模式。經過壹番苦戰，他終於用螺旋丸打敗了天庭。鳴人找到了長門真正屍體的位置。經過壹番交談，長門被感動了，相信了鳴人，用禁術拯救了全村人(包括卡卡西)，牡丹帶著長門和天道(彌彥)回到了於人村。與此同時，恢復後的佐助帶領“鷹”隊為木葉做準備。疲憊的鳴人回到木葉，受到村民的歡呼。與此同時，火國召開了緊急會議。由於綱手和查克拉的過度使用，火國之名決定選舉新的火影，最終成為第六代火影。從來沒有告訴現場佩恩失敗的消息。
佐助大戰五影
佐助和雷英相遇，各方實力相當，佐助重傷。雷英使用了最後壹招，但被佐助擋住了(使用天空照片，佐助可以改變天空照片的形狀)，雷英失去了左臂。鳴人，卡卡西，大和與斑見面，斑講述了鳴人佐助的隱忍(不願放下仇恨)和雪貂的故事，並承認自己就是斑，鳴人很痛苦。賽代鳴人向木本櫻告白，鹿丸告訴木本櫻如果不行就殺了佐助(因為勸也沒用)，木本櫻同意了。與此同時，在佐助和的另壹邊，我愛羅，還有和她的妹妹也在這裏。我愛羅，想勸佐助。佐助說他不能回頭。我愛羅，哭(汗！)。這三個人和雷英另壹邊的人對抗佐助，佐助使用超級無敵忍者技術“能夠幫助”。香菱找到了霍穎(團倉)，佐助去了團倉。團藏逃跑了(在他說他有sharingan之前)，佐助繼續追趕，被水影阻止，並開始戰鬥。然後土英也加入進來，佐助暈倒了。現場的出現，向五影(似乎不在組內)透露了“月之眼計劃”:除了九尾，還有九尾情結十尾！六道仙人存在過，但也留下了壹塊石碑。六道仙人是壹根十條尾巴的柱子，當他死的時候，他把十條尾巴分成九條，另壹條做了月亮(不是人做的東西...).斑想還原實體，拿走佐助的眼睛，控制月亮，從而統治整個忍者世界(利用月亮上的超級幻術控制人類的思想)。黑子向五影宣布了第四次忍者戰爭的爆發。鳴人和五影能阻止這場戰爭嗎？！