中忍考試篇
最開始鹿丸是以壹個沒有鬥誌、總在抱怨麻煩的形象出現的， 可是在中忍考試期間鹿丸表現出了他出色的戰略家頭腦。
中忍預選賽中，他對陣音忍金，他利用金控制鈴鐺的線在地下的投影，成功發動影子模仿術，並且利用兩人與墻壁的距離差擊敗了金。
鹿丸在與手鞠的比賽中更加體現了他的才智。壹開始他好像徒勞地嘗試壹個又壹個戰術，努力地在手鞠的狂轟亂炸中抓住她，可實際上是讓她移動到某個位置，通過地洞從後面用影子抓住她。之後他草草放棄比賽，並解釋了他放棄比賽的原因——盡管他想好了200個不同的策略，可無奈他過度使用影子術致使他的查克拉耗光。其次，他不想傷害女人。理所當然地怕麻煩是最主要的原因。
盡管鹿丸放棄了比賽，但他精彩的戰略意識吸引了每個人，當然包括第三代火影。所以他是中忍考試後唯壹壹名晉升的下忍。
之後，當沙忍和音忍的攻擊開始時，他是三個自己沒中幻術的下忍之壹（另兩個是小櫻和油女誌乃）。但是，他裝做仍然在中幻術使他可以躺在那避免打鬥，直到小櫻試著解他的幻術時“詭計”才被識破，然後被帕克咬醒。
鹿丸，鳴人，小櫻和卡卡西的忍犬帕克壹起去阻止追趕我愛羅的佐助。可他們卻被九個音忍跟蹤。他分析自己的處境“我們這裏只有壹個傻瓜（鳴人），壹個毫無特色的女忍者（小櫻），壹只狗，還有…壹向都是逃跑No.1的我了。”可是鹿丸最終選擇留下以拖住音忍，盡管他知道這是最有可能喪生的任務。運用他的智慧，他成功的抓住了其中八個音忍，而第九個卻藏在樹上。雖然他知道那個音忍的位置，但他在中忍比賽中消耗殆盡的體力無法使他繼續施術。就在他體力不支解開影子束縛術的千鈞壹發，他的老師阿斯瑪趕到了，瞬間解決掉了九個音忍。連阿斯瑪老師也在心裏贊嘆：“能做到這樣已經很了不起了！” 佐助營救篇 鹿丸作為中忍的第壹個任務就是營救佐助。他的隊員是鳴人，日向寧次，丁次，犬冢牙。
任務的困難來自於“音忍四人組”的幹涉（音忍四人組是大蛇丸派來迎接佐助的特殊小隊）。鹿丸在編隊時充分發揮了聰明才智，將每個人放在最適當的位置。
最後，隊伍分散攻擊，並會使用幻術束縛對手。鹿丸戰鬥中再次展示了精彩絕倫的戰術，並成功用影子抓住了多由也。但是，多由也的力量遠不止如此，她釋放了咒印狀態2，用力量強行解開影子束縛術。之後鹿丸中了幻術而不能移動，可就在多由也用苦無刺向鹿丸時，她停住了。原來鹿丸用影子折自己的指頭，用疼痛驅散幻術。等多由也壹靠近，他又使用忍術抓住多由也。距離的減少使忍術束縛更強，並可使用升級版的影子鎖喉術。不過多由也的力量依然強於鹿丸，兩人相持壹段時間後，鹿丸查可拉耗盡，忍術被解，正當這時，壹陣風將多由也卷走，援兵居然是手鞠。結果當然是以手鞠的勝利而告終。
雖然鹿丸盡了最大的努力，可當他回到木葉時依然很痛苦——不僅是任務失敗了，而且他的隊員們也都傷痕累累，有的還面臨死亡，包括他最好的朋友丁次。若不是我愛羅他們及時支援，他們大概都會被音忍消滅掉。
知道這樣的結局後，鹿丸準備放棄作忍者，可他卻被手鞠嘲笑為在困難面前低頭的懦夫。他無可爭辯，正欲離開，他父親的話傳入耳畔：“如果妳放棄了忍者，那麽會有另外的人帶領妳的朋友繼續任務，若是壹個差勁的隊長，妳的朋友也會死。妳只有增強妳的能力，才能保護妳的朋友。”當得知朋友們轉危為安時，鹿丸流下淚水，下定決心成為更優秀的忍者。 《疾風傳》鹿丸的第壹次亮相是與手鞠壹起出現的。盡管身高長了不少，可他的模樣沒太大變化，穿著略有些改變。
他學會了新的忍術，“影縫”，使他可以用影子刺穿多個敵人。鹿丸第壹次展示這個忍術是毀壞佐井畫的獅子。作為中忍，他還要負責為中忍考試當“誌願者”。
不同於其他角色的是，雖然鹿丸是第壹個當上中忍的，兩年半後他仍然是中忍（盡管寧次與砂忍的手鞠、堪九郎已當上上忍），鹿丸告訴鳴人，他是參加中忍考試那些人當中唯壹壹個還未升級的人了。 追捕飛段、角都篇 壹次，在鹿丸與阿斯瑪下將棋時，阿斯瑪告訴鹿丸，如果將木葉忍者比做棋子，鹿丸以他不拘壹格的靈活的思考方式，作為威力不大但能跨越其他棋子移動的桂馬，而阿斯瑪自比為用來當炮灰的成銀。而對最重要的玉，阿斯瑪賣了個關子。
之後，阿斯瑪，鹿丸，出雲，子鐵開始了追殺“曉”的成員的任務。 他們的目標是飛段和角都。壹開始，他們用團隊合作束縛了飛段，當出雲、子鐵將劍刺入飛段身體後，他們驚異地發現飛段是不死之身。角都出現，解開影子束縛，再之後阿斯瑪與鹿丸協同作戰，但阿斯瑪還是被飛段傷了壹刀，於是飛段用血進行詛咒儀式，即對飛段的傷害都會轉嫁到阿斯瑪身上。情況危急，鹿丸再次使用影子束縛，千鈞壹發之際救了阿斯瑪壹命。在這種情況下，鹿丸展開分析，終於發現飛段詛咒儀式的壹個弱點——必須在壹個圓圈中進行。他於是艱難地將飛段拉出圓圈，接著阿斯瑪壹斬，本應勝利了。可就在此時，角都再次出手，飛段依然未死。結果可想而知，雖然援兵（包括井野和丁次）到達，阿斯瑪還是因為“詛咒”而死。阿斯瑪在彌留之際，終於講出了誰是玉。而在342話中，鹿丸與他老爸下棋時，終於說出真相：“擔起木葉大梁的孩子們就是“玉”
當隊伍回到木葉，鹿丸自己告訴了紅關於阿斯瑪的死訊，於是紅頓時不能自已，掩面痛哭。阿斯瑪的葬禮，鹿丸並沒有參加，他只是壹個人躺在草地上望著雲，孤獨的吐著煙。阿斯瑪的死似乎改變了鹿丸，他變得成熟，並且開始認真起來。在這之後，鹿丸練習使用阿斯瑪留下的查克拉刃，使其能融入自己的查克拉，固定影子。他還查閱資料，制定了壹套對付“曉”二人組的戰略。之後，豬鹿蝶組合踏上復仇之途。
由於旗木卡卡西的加入，鹿丸迅速改變了策略，這令卡卡西都驚嘆不已。他給了卡卡西壹個小東西，讓卡卡西適時使用。（後來知道是采血膠囊）
在另壹方面，飛段和角都動身前往木葉。可即便他們非常小心，也被井野控制的鳥發現，於是戰鬥開始。鹿丸通過壹系列戰術的使用，成功地用吸收了自己查克拉的查克拉刃定住飛段和角都的影子，使兩人無法移動。鹿丸用影子模仿術控制飛段，使其攻擊角都。就在攻擊差點得手的時候，角都破壞了查克拉刃，從而免於傷害。於是丁次進行攻擊，角都用土遁把身體硬化，又安然無恙。角都開始反擊，但是被卡卡西的雷切及時打中，倒地不起。可是角都只是裝死，在卡卡西接近飛段時迅速攻擊。這時，鹿丸也到極限了，影子束縛解開，飛段和角都聯合攻擊，展現了恐怖的能力——角都背後出來的怪物居然可以使用多種屬性的查克拉。原來卡卡西打倒的只是其中壹個怪物，那些怪物是用其他人的經脈系統做成的。接著，鹿丸改變策略，決定引開兩人分別殲滅。
於是鹿丸再次上陣，成功的抓住飛段，並將他引到遠處，用起爆符將他與角都隔離。可就在那壹瞬間，影子術到了極限，飛段拔出刀刺向鹿丸，鹿丸倒下，臉上留下壹絲血跡，飛段迅速完成儀式，用刀向胸口插去，可受傷的卻是角都。原來鹿丸使用了卡卡西采集的角都的血液，被“詛咒”的只是角都而已。卡卡西告訴角都他們低估了鹿丸，因為鹿丸不會浪費阿斯瑪用生命換來的情報。
飛段還沒明白發生了什麽時，鹿丸躍起，用查克拉刃割向飛段，但割得過淺，飛段只是流血而已。不過飛段再次被鹿丸用影子抓住。但這次，鹿丸查克拉的極限使飛段居然可以移動，並走近鹿丸，舉起利刃向下插時，鹿丸使用新忍術影子拉近術將周圍的起爆符拉攏貼在飛段身上，然後用刀啟動壹個機關，使飛段身下出現壹個大洞。此時出現阿斯瑪的幻象，他對鹿丸說，幹得好，然後消失了。鹿丸點燃阿斯瑪留給他的打火機，向飛段彈去，起爆符全部爆炸，飛段被埋在深深的地洞中 。 佩恩入侵篇 當鳴人和卡卡西他們追捕宇智波鼬失敗後，回到木葉得聞自來也被佩恩殺害的消息。因自來也死前在蛤蟆仙人森作大人的身上留下暗號，第五代火影命鹿丸召集暗號解讀班解讀暗號，同時亦四處搜查相關資料。面對鳴人就自來也之死而情緒壹度低落，作為朋友及曾遭逢同遇的他，勸鳴人要振作起來，與他壹樣要立誌成為超越先輩的忍者。及後鳴人回到木葉，他與父親也在迎接的群眾行列內。後來與紅班、凱班及阿斯瑪班成員聆聽了小櫻出發前請求保密的事件。
佩恩六道突然襲擊木葉，木葉頓時陷入混亂的局面。正在病院懷著孕的夕日紅被外面的嘈雜聲驚醒，正當她走出病房，這時候突然出現了畜生道的通靈獸，幸好此時鹿丸趕到，用影縫術解決了通靈出來的獸物，並承諾把她送到安全的地帶，這也是為了阿斯瑪——鹿丸死去的老師。
接著鹿丸與木葉的忍者們繼續投身到與佩恩六道戰鬥之中。 第四次忍界大戰篇
在第四次忍界大戰爆發時候，奈良鹿丸被任命為忍界聯軍第4部隊·遠距離戰鬥部隊代理隊長 。
金角銀角出現後，奈良鹿久派鹿丸與井野、丁次增援達魯依，後來通過豬鹿蝶的配合成功封印金角 。
後再遇角都，從角都口中得知，阿斯瑪也被轉生了。鹿久要求鹿丸、丁次、井野去對付阿斯瑪。鹿丸果斷地前去對付阿斯瑪 。
奈良鹿丸小組遇到阿斯瑪後，因為丁次無法忍心對阿斯瑪下手導致鹿丸他們無法打敗阿斯瑪，後來阿斯瑪鼓勵丁次從而丁次成功羽翼化，成功對阿斯瑪封印，並得到阿斯瑪的贊揚，認為鹿丸三人是完美的豬鹿蝶組合 。
後來宇智波鼬對藥師兜幻術解除穢土轉生後，鹿丸作為增援部隊來到鳴人所在的十尾戰場，後來鹿丸因為月之眼的發動而導致查克拉殆盡，命懸壹線，生死未蔔 。
鳴人成功將九尾的查克拉傳遞給了忍者聯合軍，鹿丸重新獲得力量 。
宇智波斑發動無限月讀後，鹿丸中了幻術並陷入自己的夢中，夢中的他和手鞠在壹起看著鹿丸父母吵架，感覺結婚很麻煩。
後隨著無限月讀的解除而獲救，第四次忍界大戰也以忍者聯軍的勝利為結束。 結局 第四次忍界大戰後，旗木卡卡西接替綱手成為火影，鹿丸成為上忍。若幹年後，漩渦鳴人接替卡卡西成為火影，而鹿丸則和靜音壹樣作為火影的助手。
新壹屆五影會談，由鹿丸作為鳴人的護衛。