轉眼間，三年過去了。柯南已經10歲了，毛利蘭和紫苑已經成為東京大學的學生。這三年，柯南和艾都在不斷尋找黑暗組織的信息。與此同時，在這三年裏，在柯南的幫助下，毛利小五郎變得越來越出名。漸漸地，報紙的頭條變成了關於毛利人的新聞。工藤新壹這個名字似乎已經被遺忘了。但是，那個人永遠不會被忘記——蘭的心裏永遠牽掛著那個被她稱為推理怪胎的家夥，而他卻永遠在她的心裏占據著很大的位置。每當柯南看到關於毛利小五郎的新聞，他總是苦笑:好吧，讓工藤新壹盡快從人們的記憶中消失吧。園子與、和葉訂婚，大學畢業後舉行婚禮。但是蘭還是壹個人。她沒有新男朋友，因為她在等待。
壹個
“柯南君，妳過來！”剛到阿笠博士家，柯南就被蕭艾拖到了地下室。“妳為什麽這麽著急？”柯南不屑地問。“妳可能已經暴露了。”蕭艾壹邊在電腦上工作壹邊平靜地說。“撲通！”柯南從椅子上摔了下來。他抓住蕭艾的胳膊:“到底是怎麽回事？妳不是說在我名字旁邊寫了‘死’嗎？”把他推開，依然那麽平靜:“妳最後壹次給蘭打電話應該是壹年多以前了。然而，正是那個電話被黑暗組織的人監聽了。妳看，那通電話的電磁波壹面有很多亂七八糟的波。”果然，電腦上顯示出壹片雜亂的電磁波。柯南壹拍桌子:媽的！我小心翼翼不暴露自己。意外地...意外地...
蕭艾站起來，抓住柯南的肩膀:“現在，妳不是唯壹壹個有危險的人。想想蘭，想想毛利叔叔，想想。壹旦妳的身份暴露，他們的安全將很難保證。那時候，我們都會被打掉！”柯南咬緊牙關:“媽的！！難道沒有辦法彌補嗎？”“是的，只要妳父母幫忙。不過，小蘭可能會受此打擊。”“沒關系，只要...只要我的蘭花不受傷害！!"蕭艾搖搖頭:“如果妳想保證妳周圍人的安全，妳只能這樣做……”
二
第二天，報紙的頭版就被這樣壹條新聞占據了“關東神探工藤新壹死亡消息正式確認”。這壹天，工藤新壹的追悼會也在狄丹中學舉行。在追悼會上，工藤有希子和工藤優作斷斷續續地講述了原因:工藤新壹三年前因病去世。但工藤和他的妻子無法接受他們唯壹的兒子去世的打擊。他們要求醫生制作防腐藥物來保護他們兒子的身體。為了制造兒子還活著的假象，他們打電話給蘭，讓他相信還活著。但今天，他們不得不面對兒子已經去世的現實。於是他們宣布了工藤新壹死亡的消息。
現在人們明白了，那個失蹤了三年的著名關東神探，原來是英年早逝。園子抱著小蘭哭。工藤和他的妻子也很痛苦。但蘭卻壹臉平靜。她微微壹笑，沒說話。壹把抓住她的肩膀使勁搖著:“蘭！醒醒！那小子死定了！”英利摟著女兒的肩膀說:“哭吧，媽媽知道妳難受。別放在心裏！”“不！他沒死！”小蘭語出驚人。“什麽？!"“他沒死。他讓我等他！他說他會好好的回來看我！他說他會好好的回來看我！他說的！”“蘭！”毛利怒了，“妳沒聽見嗎？那是工藤大叔和尤喜子阿姨說的，不是真的工藤新壹！”工藤和他的妻子也上前道歉說:“蘭，對不起。我們制造了新壹還活著的假象。不好意思！”“不是這樣的！他說他讓我等他回來。他讓我等等！”蘭沖了出去。“蘭——”沒人攔蘭，蘭就沖了出去。
這是心怡的家。這是他最喜歡的福爾摩斯。這是心怡的衣服。這些是心怡的鞋子。這是心怡的書包。小蘭壹個個撫摸著，剛剛忍住的淚水，現在已經像泄洪壹樣傾瀉而下，滴落在心儀的“遺物”上。
蘭拿著新壹的東西沖到窗前:“新壹，妳這個大混蛋！妳為什麽騙我！妳為什麽會死！為什麽！新壹-新壹-快回來-新壹-"！
三
生活似乎又恢復了平靜。心怡的追悼會結束了，人們心中的名偵探離他們很遠。小蘭等人似乎沒有生命危險。顯然，追悼會拯救了所有人。
轉眼間壹年過去了。小蘭依然過著孤獨的生活。她還是沒有男朋友。雖然有無數男生追她，但她心裏卻沒有壹點空間。
新壹。“不要叫新壹，醫生，新壹已經死了。現在活著的是江戶川·柯南。”“嗯，柯南。蕭艾在地下室忙了壹整天。我害怕會出事，但是我不敢下去。辛...柯南，下去看看。”
柯南推開地下室的門，壹眼就看到了正在電腦前掙紮的蕭艾。“小憂，在做什麽？醫生很擔心妳。”“柯南，我有個消息給妳。”“得了吧，別告訴我妳又找到了壹種能把男人變成女人的藥。”(小艾汗)“柯南，我已經用追蹤器追蹤到黑暗組織的行蹤了！”“什麽！”柯南很驚訝！“他們在哪裏？告訴我他們在哪裏？”蕭艾把電腦轉過來給他看。這是壹個舊倉庫...
最後，黑暗團夥被壹舉擊斃。從此，柯南和蕭艾再也不用生活在恐懼中了。然而，在摧毀這個組織時，狡猾的金燒毀了所有的信息，這意味著柯南將永遠是柯南，蕭艾將永遠是蕭艾。
柯南看著天空，對身旁的蕭艾說:“唉，我認了，我就是柯南，我也不會變回新的……”然而，蕭艾從他平靜的臉上看到了失望、悲傷和憂傷。
四
望著轟鳴的飛機，小蘭在心裏默默道別:再見柯南，再見！
前天江戶川端康成來毛利偵探所接柯南。她說要帶柯南去美國，可能再也不回來了。今天是柯南和他媽媽離開的日子。
小蘭轉身走進機場大廳，苦笑:現在，連最後壹個說話的人都沒了。我真的很孤獨。哈哈的笑聲...
五
(小藍課堂)
“同學們，今天我們將有壹位新同學加入我們。他叫工藤高！”小蘭很驚訝，因為她對工藤這個名字太敏感了。園子碰了碰她:"蘭，好奇怪的名字，像個女孩子的名字！哈哈哈哈！希望是帥哥！”園子又癡情了。小蘭無奈地搖搖頭:“花園，妳都和阿珍訂婚了，還想著別的帥哥。我真的沒辦法……”
“哇”門開了，工藤柯藍走了進來。“哇”女生驚呼，“帥哥！”小蘭擡起頭。
我不會！我不會！這不可能是真的！小蘭難以置信地搖搖頭。不僅小蘭，連園子都驚呆了。這個工藤貴子是工藤新壹的翻版，只是他的發型和工藤新壹有點不同！工藤走上講臺，開始自我介紹:“大家好，我叫工藤。我從小生活在洛杉磯，這是我第壹次回國。請大家多多指教！”“那個工藤同學，妳坐下……”還沒等教官說完，工藤柯徑直走到小蘭面前坐下:“請多多指教！”
自從工藤柯藍來了，這個班就不再平靜了。女孩子整天圍著他轉。但是小蘭的生活被打亂了。因為她壹整天都要無數次地告訴自己:他是工藤高，他不是新壹，他不是工藤新壹！令小蘭驚訝的是，工藤柯在工藤新壹買下了原來的房子，他就住在工藤的房子裏！小蘭心裏不禁覺得熟悉。她似乎覺得新壹還活著。
“毛利同學，聽說妳還沒有男朋友！”小藍頭也不擡的同意了。“嗯。”“做我女朋友吧！”工藤語出驚人。小蘭慢慢擡起頭，張開嘴，壹句話也沒說。Garden以為她會再次拒絕，因為她已經拒絕了n個優秀的男生。“好！我保證！”園子驚呆了！小蘭居然答應了工藤的要求。她碰了碰小蘭:“蘭，妳要知道他是工藤克也，他不是妳的！”小蘭笑了笑:“我知道，我也想試著找個人好好相處！””園丁松了壹口氣:“妳終於從工藤新壹的陰影中走了出來。太好了！那個工藤Ko，妳要好好待我們小蘭，不然蘭的空手道也不饒妳！”工藤Ko順手把手搭在蘭的肩膀上:“是的，是的，蘭。明天開始約會吧！”蘭帶著壹絲幽怨看著他:將來會消失，而工藤是我這輩子的唯壹！
之後，工藤Ko和小蘭越走越近，仿佛成了天作之合。毛利夫婦和工藤先生非常高興。他們很高興小蘭終於走出了工藤新壹的陰影。不僅如此，這段時間小蘭真的很開心，臉上壹直都是笑容。在隨後的交流中，小蘭發現工藤Ko和工藤新壹真的不壹樣。他對足球壹無所知。此外，他甚至不知道他的新寵夏洛克·福爾摩斯。小蘭完全相信工藤Ko和新壹是兩個不同的人。
六
(壹天在熱帶公園的噴泉中心)
“小蘭，冰鎮可樂！”工藤高拿著兩罐可樂朝小蘭走來。兩個人背靠背，默默喝著可樂，壹言不發，好像都有心事。突然他們都轉過身來，異口同聲地說:“我有話要對妳說……”“妳先走，小蘭！”“嗯...妳先走壹步，我以後再說。”“好！小蘭，跟我訂婚吧！那我們畢業後就結婚吧！”小蘭驚呆了。她搖搖頭，微微壹笑，說:“那不可能。妳知道我想告訴妳什麽嗎？”工藤柯茫然地搖搖頭。“讓我們...我們分手吧！”“什麽？!"工藤手裏的可樂垂直落下！“為什麽？為什麽？”“對不起，工藤柯。其實剛開始交往的時候，我把妳當成新人，而妳...我把妳當成了新的替身。但結果證明我其實是在欺騙妳的感情。對不起我不能再作弊了！工藤克也，真的很抱歉！”小蘭的眼淚順著臉頰滾落，然後轉身離開。
“蘭，不是那樣的，我是...我是工藤新壹！我是工藤新壹！”小蘭楞了壹下，但隨即冷靜下來:“我知道妳不是，妳是工藤柯，我的新的14年前就死了！””“不，不，小蘭！聽我說！"
兩個月前，蕭艾找到了柯南。拿出壹個膠囊。“給妳解藥，但是這個藥有50%的死亡率和50%的成功率。換句話說，如果不成功，妳將永遠離開。要不要試試？”柯南接過藥，堅定地說:“可以！為了我心愛的蘭！”蕭艾笑了:“那好吧。妳吃藥的時候，醫生和我都會在。有什麽意外都可以急救！”“那妳呢？難道妳不想變回來嗎？”蕭艾搖搖頭:“不，和工藤新壹壹樣，宮野誌保已經死了，現在只剩下海原艾了。我覺得做個孩子比做個大人快樂多了！”柯南看著蕭艾，默默地看著...
江戶川文代(當然這也是工藤有希子的偽裝)接柯南的第二天，柯南在醫生家吃了膠囊。在忍受了巨大的痛苦之後，柯南又變成了工藤新壹！
然而，工藤新壹去世的消息給了小蘭很大的打擊。如果新壹這樣出現在小蘭面前，她肯定不會接受。於是，他假扮工藤柯來到小蘭的班上。
小蘭聽後早已淚流滿面:“為什麽？妳為什麽不早點告訴我？柯南就是妳，妳就是柯南！為什麽？”“我喜歡妳，因為我比世界上任何人都喜歡妳。怕妳被打，怕妳被傷害。我努力讓自己遠離福爾摩斯和足球，就是怕傷害到妳！我喜歡妳，小蘭。這是用我真實的聲音向妳告白！伊恩！我喜歡妳——”
七
“工藤柯，我們來蘭萊是讓妳轉走的！”在小蘭和新壹(當然，為了怕大家接受不了，工藤新壹還是消失了，而現實中只有工藤柯。然而，工藤和他的妻子向公眾宣布，工藤柯是工藤新壹的孿生兄弟。小蘭作為工藤夫婦的父母是可以名正言順的！“對我們家好壹點！”毛利小五郎上前警告新壹。“好！”當然啦！
“哎！”新吻小蘭的場景被永遠保留了下來。