1，七星
為了活捉被封印在決鬥學院地下廢墟中、擁有毀滅世界力量的三幻魔皇拉比·阿爾、哈蒙、火神尤賴亞，壹個名為七星的神秘團體出現了。
因此，決鬥學院的遊城十代、天上院明日香、萬丈目準、三澤大地、丸藤亮、庫洛諾斯·德·梅迪奇和大德寺老師老師被選為七星門鑰匙的守護者，與七星獵人並肩作戰。發現大德寺也是七星之壹，而大德寺老師的真正目的是培養十代人，讓他們擁有打敗“那個人”的力量...
打敗七星後不久，幕後的影丸導演突然現身，啟動了七星門鑰匙的真實功能，開始了三大法寶力量的覺醒儀式。十代站出來與影丸對戰，在最後時刻十代替換了留下的卡賢者石擊敗三大法寶，最終與凱撒梁展開畢業決鬥，打成平手。
2、破碎的光。
三幻想事件後，前田隼人作為壹名遊戲設計師離開了學校，凱撒成為了壹名職業拳擊手，並在與第十代完美決鬥後離開了戰鬥遊戲學院。但是迪拉諾劍山呢？比如兇神惡煞的大壹新生，還有愛德·菲尼克斯、翟王等極其兇神惡煞的人物故意冒充大壹新生，進入決鬥學院。
被艾德擊敗的遊城十代和丸藤亮受到了“光波”的影響。無法決鬥的遊城十代遇到了來自新空間的使者，重拾了對決鬥的熱情和興趣，並得到了新空間的卡組和王牌——辛·於霞。另壹方面，連敗的凱撒接觸到了地下決鬥，在地獄中重生為凱撒。
與此同時，萬丈目準、天上院明日香、三澤大地等人也受到了“光明浪潮”的侵蝕，而方尖碑藍宿舍也成為了光明協會的大本營。
前往銅石耶鎮求學的十代人，被齋王的妹妹梅壽芝強行測試，得知了“光之波動”的真相。森島的校長回到決鬥學院，宣布GX比賽開始。這個原本是為了讓學生與專業決鬥家交流，從而提高決鬥能力的活動，沒想到變成了壹個涉及地球存亡的事件。
在最後的對決中，艾德領先，但艾迪雖然召喚出了命運英雄饑餓-D，卻功虧壹簣，敗給了翟王。第十代馬上挑戰翟王，成功擊敗被“碎光”控制的翟王，也拯救了世界。另壹方面，恢復正常的張萬木在大賽中獲勝，擊敗前來挑戰的李佐友，成為冠軍，李進入決鬥學院奧西裏斯洪。
3.不同尺寸的物品
在光波事件後，森島校長邀請了決鬥學院四個分支的約翰·安德森、奧森·奧布萊恩、吉姆·克勞戴爾·庫克、亞門加勒姆和眼鏡蛇教授來提高學生的決鬥水平。
按照Cobra老師“揭露決鬥”的指導方針，讓學生佩戴“Dis-belt”進行決鬥，但人們漸漸發現事情並不簡單，於是展開了調查。
雖然第十代召喚熔巖新星經過苦戰打敗了眼鏡蛇教授，卻沒能及時阻止尤貝兒，決鬥學院被傳送到了另壹個世界。突然來到另壹個世界讓大家很迷茫，要和優貝兒裏同學創造的僵屍戰鬥。最後，在兩個世界的共同努力下，他們成功回到了原來的世界。但為了拯救十代人，約翰在異世界迷失了自我，身體被尤貝爾控制。
為了拯救迷失在另壹個世界的約翰，十代等人又去了另壹個世界，在那裏每壹場決鬥都要冒著風險。
壹個人不斷前進的遊城十代，在同伴“死亡”的無端指責和五邪珠控制下的人們的無端指責下，完全被自己心中的黑暗所控制，成為了霸王大軍的首領:十代霸主，成為了異世界的王者後來因為吉姆和奧布萊恩的犧牲，他終於恢復了正常，但是他不能用了，因為他已經用聚變殺了很多人。
但是，看到凱撒戰鬥，給了他前進的力量，克服心理障礙，去救約翰。在與尤貝兒的最後決戰中，十代想起了前世，十代用超融合將自己與尤貝兒融合。並清除了尤貝兒體內的那點碎光，終於回到了學院。但與12維度相關的危機並沒有就此結束。
4.黑暗篇
因為三個幻象，光波，尤貝爾事件，時空被扭曲，黑暗被帶入這個世界。
10代也因為尤貝兒事件變得抑郁孤僻。當他們發現黑暗時，為了不被牽連，會主動避開伴侶。後來，他們打算退學處理掉。但在影丸導演和翟大王的勸說下，他們還是選擇了留下。在擊敗流星黑龍和五帝龍後，加入了與明日香的組隊決鬥。組隊後，明日香打算向10代表白，但作為回報，10代是不可能了。......
與黑諾斯先生的決鬥讓十代回憶起往事，重拾了決鬥的熱情。當我得知黑暗出現在葉童城時，我立即沖向它。其中我與翟王進行了第二次決鬥，得知黑暗突襲了決鬥學院。尖山、萬木、明日香、項等人都被黑暗吞噬了，世界上大部分人都已經被“黑暗之主”吞噬了。
吹雪和被黑暗控制的藤原優介戰爭，但輸了。十代和約翰壹起打敗了藤原，但是黑暗的本體出現了。約翰因為與藤原優介作戰而無法再戰，遊城十代成了最後的希望。終於，我喚醒了失去自我，被希望和信念封閉的人們，戰勝了黑暗。
畢業典禮結束後，當大家還在舞會上狂歡的時候，遊城十代已經收拾好行李，準備默默離開，但在羽栗球的指引下，他與傳奇遊戲王武藤進行了壹場真正的畢業決鬥...
擴展數據
角色介紹
1，賈登Yuki (ォシリス？レッド)
入學的時候得到了決鬥王武藤贈送的羽毛栗子球。是奧西裏斯紅的希望之星和“守護者”逐漸成熟，有了決鬥者應該承擔責任的意識。
當他的眼睛在靈魂融合後呈現出雙色瞳孔時，決鬥精神就可以在人類維度中物化。他很慢熱，很開朗，尤其在情商上很被動。？
查茲·普林斯敦(ォシリス？レッド)
大財團萬丈木集團的三子，和十代壹樣，有觀看決鬥精靈的能力。入學時在大壹班被稱為決鬥皇帝，用的是組合怪物卡牌集。壹開始我看不起藍宿舍外的同學。第壹次被遊城十代打敗後，我去了北分。我的觀念變了，加了武裝龍卡群和擾卡群。？
3.亞歷克西斯·羅茲(ォベリス？ブルー)
決鬥學院著名的校花，是學院裏的人氣偶像，是天院吹雪的姐姐。壹個表面強勢，卻能溫柔對待朋友的鬥士。吹雪失蹤後，他經常在晚上和丸藤亮在燈塔下討論線索，並把丸藤亮視為自己的兄弟。後來喜歡上了第十代，但壹直沒有向他表白。