初版發行日:2004/2/15
故事簡介:收錄甲子園的妖魔後續、本廳刑事戀物語6、基德再度登場、帝丹高中的幽靈等精彩故事。
FILE.1 解開3個數字之謎！
FILE.2 沒有提示！？
FILE.3 比賽結束？
FILE.4 從天國到地獄！？
FILE.5 完全沒事！？
FILE.6 不懷疑嗎？
FILE.7 奇跡
FILE.8 驚愕
FILE.9 戰栗
FILE.10 脫出
FILE.11 學校奇談
封二登場人物·中森銀三
青山剛昌圖鑒·棟居 弘壹良
單行本第45卷
初版發行日:2004/5/15
FILE.1「腳印在哪裏!? 」
FILE.2「被遺留下桌子的真相 」
FILE.3「海上密室」
FILE.4「釣餌上有毒!? 」
FILE.5「美中不足的燒傷 」
FILE.6「秀吉轉大運」
FILE.7「不協調的感覺 」
FILE.8「天空的近道」
FILE.9「比星星更秘密 」
FILE.10「觀測星」
FILE.11「星星的許願」
青山剛昌圖鑒·今西榮太郎
封二登場人物·冢本數美
單行本第46卷
初版發行日:2004/8/15
FILE.1 星星都知道
FILE.2 前奏曲
FILE.3 狂想曲
FILE.4 鎮魂曲
FILE.5 即興曲
FILE.6 幻想曲
FILE.7 封印
FILE.8 操縱
FILE.9 神器
FILE.10 不滅
FILE.11 疑惑的郵件
青山剛昌圖鑒·基登.費爾
封二登場人物·羽賀 響輔
單行本第47卷
初版發行日:2004/10/18
FILE.1 疑惑的推理
FILE.2 疑惑的不在場證明
FILE.3 疑惑的真相
FILE.4 解開鎖定
FILE.5 從他到她
FILE.6 從自殺到他殺
FILE.7 從天空到地面
FILE.8 顯現魔術
FILE.9 被禁止了的文件
FILE.10 魔術師之館
FILE.11 魔術師失格
青山剛昌圖鑒·合田雄壹郎
封二登場人物·宮本由美
單行本第48卷
初版發行日:2005/01/14
FILE.1 暑假的暗號
FILE.2 橫臥洗臉
FILE.3 完美解讀
FILE.4 幽靈棲息之屋
FILE.5 13年前的惡夢
FILE.6 復蘇的幽靈
FILE.7 看漏的東西
FILE.8 第13年的沖擊
FILE.9 恐怖的敲門聲
FILE.10 新黑衣成員
FILE.11 跟蹤目標
單行本第49卷
初版發行日:2005/04/06
FILE.1 追蹤目標！
FILE.2 新的指令
FILE.3 黑衣組織 VS FBI
FILE.4 黑衣組織 VS FBI（2）
FILE.5 新的老師
FILE.6 秘密的上學之路
FILE.7 秘密的上學之路（2）
FILE.8 無法歸來的二人
FILE.9 被密封的汽車
FILE.10 虛假的愛情
單行本第50卷
初版發行日:2005/07/15
FILE.1 緊迫的派對
FILE.2 秘密的家庭訪問
FILE.3 無聊的比賽
FILE.4 大成功
FILE.5 歡欣雀躍的采訪
FILE.6 真正犯人的口信
FILE.7 The·少年偵探團
FILE.8 平次的回憶
FILE.9 雪女的計謀
FILE.10 擡起之謎
單行本第51卷
初版發行日:2005/10/18
FILE.1 暴風雪中的報復
FILE.2 魚兒事件
FILE.3 3只魚
FILE.4 嘆氣趕海
FILE.5 朔料罐之怪
FILE.6 新的分歧
FILE.7 俄羅斯藍貓
FILE.8 GORO大顯神威!?
FILE.9 無法打開的門
FILE.10 做出來的密室
FILE.11 惡魔的出入口
特別篇第1卷
FILE.1 消失的男人
FILE.2 綁票
FILE.3 殺機
FILE.4 突然死亡
FILE.5 幽靈大廈
FILE.6 最後王牌
FILE.7 銀行搶匪
FILE.8 名畫雅盜
FILE.9 毒害
漫畫特別篇第2卷
FILE.1 復仇
FILE.2 遠方操作
FILE.3 肇事逃逸
FILE.4 縱火狂
FILE.5 藝人
FILE.6 不在場證明
FILE.7 綁架
FILE.8 兇器
漫畫特別篇第3卷
FILE.1 靈異現象謀殺案 (上)
FILE.2 靈異現象謀殺案 (中)
FILE.3 靈異現象謀殺案 (下)
FILE.4 電玩玩家謀殺案 (上)
FILE.5 電玩玩家謀殺案 (下)
FILE.6 藍色列車謀殺案 (上)
FILE.7 藍色列車謀殺案 (下)
FILE.8 美食評論家謀殺案 (上)
FILE.9 美食評論家謀殺案 (下)
FILE.10 神秘鬼屋謀殺案
漫畫特別篇第4卷
FILE.1 女兒節謀殺案 (上)
FILE.2 女兒節謀殺案 (下)
FILE.3 朋友的邀請函 (上)
FILE.4 朋友的邀請函 (下)
FILE.5 夏蕾綠
FILE.6 煙火之夜謀殺案 (上)
FILE.7 煙火之夜謀殺案 (下)
FILE.8 消失的新娘 (上)
FILE.9 消失的新娘 (下)
FILE.10 惡魔之雷 (上)
FILE.11 惡魔之雷 (下)
漫畫特別篇第5卷
FILE.1 從天而降的男人 (上)
FILE.2 從天而降的男人 (下)
FILE.3 女大學生作家謀殺案 (上)
FILE.4 女大學生作家謀殺案 (下)
FILE.5 政治家不死兩次 (上)
FILE.6 政治家不死兩次 (下)
FILE.7 聽不到的留言 (上)
FILE.8 聽不到的留言 (下)
FILE.9 迷宮庭園謀殺案 (上)
FILE.10 迷宮庭園謀殺案 (下)
FILE.11 情人節的悲劇 (上)
FILE.12 情人節的悲劇 (下)
FILE.13 解開密室之謎！ (上)
FILE.14 解開密室之謎！ (下)
漫畫特別篇第6卷
FILE.1 屍體
FILE.2 跳樓自殺
FILE.3 炸彈犯
FILE.4 密碼
FILE.5 偽裝自殺 (前篇)
FILE.6 偽裝自殺 (後篇)
FILE.7 尋寶去!!
FILE.8 奇特的綁架案件
FILE.9 切腹之佛
漫畫特別篇第7卷
FILE.1 火箭的秘密 (前篇)
FILE.2 火箭的秘密 (後篇)
FILE.3 三個提示！ (前篇)
FILE.4 三個提示！ (後篇)
FILE.5 不相像的姊妹 (前篇)
FILE.6 不相像的姊妹 (後篇)
FILE.7 殺人如風隨形 (前篇)
FILE.8 殺人如風隨形 (後篇)
FILE.9 鬼屋殺人事件 (前篇)
FILE.10 鬼屋殺人事件 (後篇)
FILE.11 怪盜808號的收藏品 (前篇)
FILE.12 怪盜808號的收藏品 (後篇)
FILE.13 聖誕節殺人事件 (前篇)
FILE.14 聖誕節殺人事件 (後篇)
漫畫特別篇第8卷
FILE.1 黑暗中的狙擊者
FILE.2 網球場殺人事件 (前篇)
FILE.3 網球場殺人事件 (後篇)
FILE.4 受詛咒的溜溜球(YOYO) (前篇)
FILE.5 受詛咒的溜溜球(YOYO) (後篇)
FILE.6 解讀密碼！！ (前篇)
FILE.7 解讀密碼！！ (後篇)
FILE.8 MK馬戲團殺人事件 (前篇)
FILE.9 MK馬戲團殺人事件 (後篇)
FILE.10 在單人牢房中 (前篇)
FILE.11 在單人牢房中 (後篇)
漫畫特別篇第9卷
FILE.1 豪華郵輪殺人事件
FILE.2 消失的屍體 (前篇)
FILE.3 消失的屍體 (後篇)
FILE.4 日本第壹的救護隊(前篇)
FILE.5 日本第壹的救護隊(後篇)
FILE.6 怪盜史坦普 (前篇)
FILE.7 怪盜史坦普 (後篇)
FILE.8 幽靈摩天輪 (前篇)
FILE.9 幽靈摩天輪 (後篇)
FILE.10 聖誕夜的禮物
漫畫特別篇第10卷
FILE.1 惡夢的逃避之行 (前篇)
FILE.2 惡夢的逃避之行 (後篇)
FILE.3 訊息 (前篇)
FILE.4 訊息 (後篇)
FILE.5 消失的女演員 (前篇)
FILE.6 消失的女演員 (後篇)
FILE.7 海濱的殺意 (前篇)
FILE.8 海濱的殺意 (後篇)
FILE.9 玩具熊之謎 (前篇)
FILE.10 玩具熊之謎 (後篇) FILE.11 臥龍湖的怪事件 (前篇)
FILE.12 臥龍湖的怪事件 (後篇)
漫畫特別篇第11卷
FILE.1 國中校園的死角
FILE.2 酒杯殺人事件 (前篇)
FILE.3 酒杯殺人事件 (後篇)
FILE.4 消失的戀人 (前篇)
FILE.5 消失的戀人 (後篇)
FILE.6 算命
FILE.7 黑暗的挑戰書
FILE.8 名著的陷阱 (前篇)
FILE.9 名著的陷阱 (後篇)
FILE.10 倒數計時
漫畫特別篇第12卷
FILE.01 消失的愛情小說作家 (前篇)
FILE.02 消失的愛情小說作家 (後篇)
FILE.03 召來死神的接力賽跑
FILE.04 縱火謀殺案之謎 (前篇)
FILE.05 縱火謀殺案之謎 (後篇)
FILE.06 空白的壹小時 (前篇)
FILE.07 空白的壹小時 (後篇)
FILE.08 有不在場證明的殺人兇手 (前篇)
FILE.09 有不在場證明的殺人兇手 (後篇)
FILE.10 幽靈棲息的島嶼 (前篇)
FILE.11 幽靈棲息的島嶼 (後篇)
漫畫特別篇第13卷
FILE.1 消失的收信郵件(前篇)
FILE.2 消失的收信郵件(後篇)
FILE.3 四個關鍵詞(前篇)
FILE.4 四個關鍵詞(後篇)
FILE.5 被隱藏的球(前篇)
FILE.6 被隱藏的球(後篇)
FILE.7 危險的味道(前篇)
FILE.8 危險的味道(後篇)
FILE.9 高級酒的快樂秘訣(前篇)
FILE.10 高級酒的快樂秘訣(後篇)
FILE.11 有名旅館的爆炸預告(前篇)
FILE.12 有名旅館的爆炸預告(後篇)
FILE.13 珍貴的郵戳(前篇)
FILE.14 珍貴的郵戳((後篇)
漫畫特別篇第14卷
FILE.1 在霧裏…(前篇)
FILE.2 在霧裏…(後篇)
FILE.3 壹族之寶(前篇)
FILE.4 壹族之寶(中篇)
FILE.5 壹族之寶(後篇)
FILE.6 音樂堂殺人事件(前篇)
FILE.7 音樂堂殺人事件(中篇)
FILE.8 音樂堂殺人事件(後篇)
FILE.9 槍聲的秘密(前篇)
FILE.10 槍聲的秘密(後篇)
FILE.11 屍體隱蔽
漫畫特別篇第15卷
FILE.1 魔術師的終結(前篇)
FILE.2 魔術師的終結(後篇)
FILE.3 雪山的爆破殺人(前篇)
FILE.4 雪山的爆破殺人(後篇)
FILE.5 帆船之迷(前篇)
FILE.6 帆船之迷(後篇)
FILE.7 寂靜的殺人命令(前篇)
FILE.8 寂靜的殺人命令(後篇)
FILE.9 浪漫列車、瞬間殺人(前篇)
FILE.10浪漫列車、瞬間殺人(後篇)
FILE.11 恐怖的炸彈魔(前篇)
FILE.12 恐怖的炸彈魔(後篇)
漫畫特別篇第16卷
FILE.1 阻擊70億的足跡(前篇)
FILE.2 阻擊70億的足跡(後篇)
FILE.3 糖果和茶(前篇)
FILE.4 糖果和茶(後篇)
FILE.5 迷之遊覽(前篇)
FILE.6 迷之遊覽(後篇)
FILE.7 青之暗號(前篇)
FILE.8 青之暗號(後篇)
FILE.9 危險的香味(前篇)
FILE.10 危險的香味(後篇)
FILE.11 來自遊戲王的訊息(前篇)
FILE.12 來自遊戲王的訊息(後篇)
漫畫特別篇第17卷
FILE.1「復蘇的槍彈（前篇）」
FILE.2「復蘇的槍彈（後篇）」
FILE.3「寶石中的遺言」
FILE.4「真空的殺人」
FILE.5「密室的人體爆炸事件（前篇）」
FILE.6「密室的人體爆炸事件（後篇）」
FILE.7「看不到樣子的綁架犯（前篇）」
FILE.8「看不到樣子的綁架犯（後篇）」
FILE.9「湖畔別墅殺人事件（前篇）」
FILE.10「湖畔別墅殺人事件（後篇）」
FILE.11「從O型血到A型血（前篇）」
FILE.12「從O型血到A型血（後篇）」
漫畫特別篇第18卷
1尋找黃金卡普德斯！！（前編）
2尋找黃金卡普德斯！！（後編）
3惡魔的占蔔殺人事件（前編）
4惡魔的占蔔殺人事件（後編）
5被看中的寶石（前編）
6被看中的寶石（後編）
7被血塗滿的電視CM（前編）
8被血塗滿的電視CM（前編）
9灰姑娘的秘密（前編）
10灰姑娘的秘密（後編）
11喚來死亡的撲克臉（前編）
12喚來死亡的撲克臉（後編）
13危險的牙醫（前篇）
漫畫特別篇第19卷
FILE.1《極寒世界的殺人（前篇）》
FILE.2《極寒世界的殺人（後篇）》
FILE.3《死之旋律（前篇）》
FILE.4《死之旋律（後篇）》
FILE.5《柯南走投無路（前篇）》
FILE.6《柯南走投無路（後編）》
FILE.7《柯南走投無路（後編）》
FILE.8《名偵探VS完全犯罪（前編）》
FILE.9《名偵探VS完全犯罪（後編）》
FILE.10《犯人是編號10的人》
漫畫特別篇第20卷
FILE.1 悲哀的汙垢唱機(前篇) FILE 2 悲哀的汙垢唱機(後篇)
FILE 3 波江星座的眼淚(前篇)
FILE.4 波江星座的眼淚(後篇)
FILE.5 留下的足跡(前篇)
FILE.6 留下的足跡(後篇)
FILE.7 熄滅的浮雕寶石和謎的犯罪行為時間(前篇)
FILE. 8 熄滅的浮雕寶石和謎的犯罪行為時間(後篇)
FILE.9 冤罪·無實的罪(前篇) FILE.10 冤罪· 無實的罪(後篇)
FILE.11 海底古跡和下落不明的謎(前篇)
FILE.12 海底古跡和下落不明的謎(後篇)
漫畫特別篇第21卷
FILE.1 強盜TAXI(前篇)
FILE.2 強盜TAXI(後篇)
FILE.3 吉他下的用心(前篇) FILE.4 吉他下的用心(後篇) FILE.5 沈默的劍士(前篇) FILE.6 沈默的劍士(後篇) FILE.7 '作祟的遇難者(前篇) FIL. 8 作祟的遇難者(後篇) FILE.9 迷宮之京都 名偵探對決(前篇)
FILE.10 迷宮之京都 名偵探對決(後篇)
FILE.11 消失的兇器(前篇) FILE.12 消失的兇器(後篇)
漫畫特別篇第22卷
FILE.1 消失了的屍體(前篇)
FILE.2 消失了的屍體(後篇)
FILE.3 黑暗中蠢蠢愈動的影子(前篇)
FILE.4 黑暗中蠢蠢愈動的影子(中篇)
FILE.5 黑暗中蠢蠢愈動的影子(後篇)
FILE.6 名偵探自信滿滿(前篇)
FILE.7 名偵探自信滿滿(後篇)
FILE.8 沒有臉的刺客(前篇)
FILE.9 沒有臉的刺客(後篇)
FILE.10 死的回轉
FILE.11 消失了的兇器(前篇)
FILE.12 消失了的兇器(後篇)
漫畫特別篇第23卷
FILE.1「射中算命先生的謎(前篇)」
FILE.2「射中算命先生的謎(後編)」
FILE.3「假音樂會票的謎(前篇)」
FILE.4「假音樂會票的謎(後編)」
FILE.5「被瞄準了的中國人(前篇)」
FILE.6「被瞄準了的中國人(後編)」
FILE.7「復蘇的木乃伊(前篇)」
FILE.8「復蘇的木乃伊(後編)」
FILE.9「雷和珊瑚的謎(前篇)」
FILE.10「雷和珊瑚的謎(後編)」
FILE.11「消失了的娜拉貓(前篇)」
FILE.12「消失了的娜拉貓(後編)]