那三名鐵血戰士也不知道發生了什麽，感覺自己棒棒噠，什麽事沒有，就去星際航行了。三人到了三個不同的地方。壹個去了lv426（異形二裏的）星球，壹個去了地球，壹個則回到了母星。三枚母皇卵會在不同時間孵化，也是為了留下火種。
在地球的那只異形母皇應該是第壹只孵化的。只能說異形母皇的智慧還是很高的。因為兩個去別星球的異形母皇會在剛剛抵達目的地是破胸而出。兩個鐵血戰士則是在睡眠中死去。
按時間來說，小異形母皇還在那只母皇與終極異形之前到達地球。不過小母皇在幾千年前就已經孵化了。她利用鐵血戰士的科技壹直處於冬眠狀態，很少出去覓食。
當幾名鐵血戰士押送母皇來到地球時，小母皇驚醒。她察覺到了她的母體來了。幾名鐵血戰士安頓好了壹切就回去了。在他們走時小母皇前來找到她的母體。她的母體告訴她，數千年後，她會掙脫出鐵血戰士的枷鎖與鐵血戰士生死壹戰。她料定自己會失敗，於是布局誘騙鐵血戰士，希望小母皇能獲得他們的科技，將異形文明推上新的高峰。小母皇明白了，回飛船時獵殺了大量的人類作為自己的食物，靜靜的等著機會到來。
現在這個機會終於到來了。小母皇幾千年沒有成長的身體飛速變大。盡情的獵殺人類，塗炭生靈。並發誓要與鐵血戰士死磕到底。她利用鐵血戰士飛船上的科技向宇宙放出消息說她在地球。她也成功尋到了孤狼的飛船，並在裏面找到了關於母皇進化的資料還有許多有價值的東西。或許現在的母皇還看不懂，但當她吞噬幾名鐵血戰士後便可以進化成為擁有鐵血戰士智慧的母皇，成為歷史上最強大的母皇。
此時，鐵血戰士自然註意到了地球的異變。鐵血戰士壹族的長老勃然大怒，因為獨狼也死在了地球，死因不明。與獨狼齊名的戰魂（鐵血戰士的代號）決定為獨狼報仇。鐵血戰士壹族的壹位長老找到他，對他說：“這件事還是從長計議的好。獨狼是我們壹族中的偉大的戰士，其戰鬥經驗與成就是歷史上都少有的。但是他卻葬身於地球上，說明地球上的異形非常強大。說不定還有隱藏手段。”戰魂也是身經百戰的高手，自然明白這壹情況，問道：“那妳們是怎麽想的？”“我們的意思是讓妳去偵查，我們會組建壹只小隊，並準備隨時摧毀這顆星球。妳要做的是帶回獨狼的手腕，並偵查異形的動向。那只母皇我們實在不記得是什麽時候
到地球上的，這點務必要查清楚。”那位長老說道。戰魂答應了。
此時，地球上的人類在節節敗退。人類的武器難以對異形造成傷害。更恐怖的是隨著時間的推移，異形不僅僅在夜晚活動。形勢對於人類來說相當嚴峻。美國 *** 焦頭爛額，只有動用核武器才能對異形進行大規模的殺傷。 但是異形早已遍布北美洲，如果無差別的使用核武器，那地球也就完了。人類真正面臨被滅族的危險。
艾莉莎?伍茲（第壹部的女主，獲得了鐵血長老的承認，賜給她鐵血聖矛）拿回了鐵血聖矛。因為這種武器的材料與做工就不是地球人所能比擬的了。她意識到地球末日來臨了，唯壹的辦法就是找到獨狼的飛船。那也是她最後的希望。就這樣，她踏上了征程。
沒過幾天，戰魂就抵達了地球。定位了壹下獨狼手腕最後發出信號的位置。發現是在壹個叫做康尼森的小鎮裏。戰魂意識到不妙，因為那裏被核彈摧毀了。
戰魂到達康尼森小鎮。卻發現了另壹個不速之客。鐵血異形（就是前面所說的小母皇）看見了戰魂很憤怒，戰魂同樣如此。二者壹見面就開打。戰魂連發三炮，鐵血異形完美躲過。鐵血異形近身戰魂。戰魂伸出腕刀刺向鐵血異形，鐵血異形頭壹扭躲過。戰魂反轉腕刀，劃向鐵血異形。鐵血異形單手接住，另壹只手抓向戰魂的面具。戰魂用肩扛炮轟開鐵血異形的手，另壹只手拔出長矛。鐵血異形連忙後退。戰魂掏出飛鏢甩向鐵血異形。鐵血異形尾巴壹甩掃開。戰魂的肩扛炮早已瞄準鐵血異形，壹枚炮彈射向鐵血異形。鐵血異形連忙躲開。但又竄出壹只綠格子異形。那只綠格子異形將戰魂撲倒，尾部的尖刀刺進戰魂身體裏。戰魂壹手用矛 *** 綠格子異形身體裏，在壹甩將異形甩開，壹炮解決它的生命。腕刀在次擋在自己身前，鐵血異形停下了進攻的步伐，開始重新盤算要不要繼續打下去。戰魂再壹炮，鐵血異形下定主意逃走。
戰魂用醫療包處理了壹下自己的傷勢。開始尋找獨狼的手腕。功夫不負有心人，戰魂找到了手腕。只不過這手腕已殘破不堪。戰魂還找到了獨狼的面具。戰魂撫摸著獨狼的面具，不禁握緊了拳頭。
艾莉莎則是在原地廝殺。殺殺普通異形這點艾莉莎還是可以辦到的。
戰魂把獨狼的面具和手腕帶回飛船。把剛才戰鬥的影像發給鐵血長老們。長老們分析了壹下，覺得事態嚴重了。他們要求戰魂找到鐵血異形的巢穴，他們會派遣小隊去搗毀窩點。戰魂又壹次踏上征程。
戰魂在偵查的同時遇到了艾莉莎。艾莉莎手上的鐵血聖矛引起了他的註意。戰魂利用語言翻譯機與艾莉莎對話。戰魂問：“妳是怎麽得到這鐵血聖矛的？”艾莉莎答道：“在南極與異形皇後大戰時，三名鐵血戰士就義，我活了下來。長老承認我是戰士，贈予了我這根矛。”戰魂點了點頭，表示明白。艾莉莎又問：“那妳為了什麽來地球？”戰魂把事情告訴了艾莉莎。艾莉莎說：“那我們可以先去南極，那只異形皇後還不知道死沒死。”戰魂同意了。畢竟艾莉莎有身份的象征。
與此同時，鐵血異形也收到了異形皇後的微弱的訊息。她想去尋找異形皇後。雙方的戰鬥看來無法避免。
戰魂和艾莉莎則是先留在這裏尋找異形巢穴。下水道裏，廢棄的工廠裏都找遍了。最後是通過壹只綠格子戰鬥異形的走向才最終確定了母巢的位置。母巢在壹棟廢棄的大樓裏。戰魂把坐標發給了鐵血星的長老們。自己和艾莉莎前往南極。
路上，艾莉莎問戰魂為什麽要弄成人禮這樣的東西。戰魂回答道：“我們的星球尚武，以實力為尊。戰士是我們壹族是高貴的職業。只有通過成人禮，才算是合格的戰士。”艾莉莎明白了，壹路上也沒有在說話。
鐵血戰士的精英們也來到了地球。異形在這群鐵血戰士的進攻下節節敗退。很快他們便殺入了母巢內部，把母巢攪了個天翻地覆。但卻遲遲沒有發現鐵血異形的身影。他們只能不停的殺戮，以求引出鐵血異形。
南極。鐵血異形率先到達。在壹處巨大的洞穴中找到了異形皇後。異形皇後殺了許多來到這裏的人類，重新建立起了母巢。鐵血異形與異形皇後商量後決定伏擊戰魂，因為有異形報告說看到了戰魂的飛船。鐵血異形在巢穴中埋下天羅地網，等著戰魂前來。
戰魂和艾莉莎壹下飛船就找到了異形的蹤跡。戰魂意識到這可能是陷阱。另壹邊的鐵血戰士也發信息給戰魂，說並沒有找到鐵血異形。戰魂感到不妙。此時三只早已埋伏好的異形鉆出來，戰魂利用飛船的武器輕松殺掉異形。可這時發生雪崩，戰魂和艾莉莎逃走了，但飛船被掩埋了。戰魂還發現壹個嚴重的問題。那就是他的手腕不能和飛船溝通了。二人遭到了異形的追殺。
戰魂利用蓄力跳躍帶著艾莉莎逃跑。在逃到壹塊平地時，戰魂被從地下伸出的異形的尾巴纏住了。戰魂早就向其他鐵血戰士求援，因為他斷定鐵血異形也在這裏。戰魂和艾莉莎被迫暫停下來。戰魂扔給艾莉莎壹把肩扛炮改裝成的手槍。這是獨狼的肩扛炮。
兩人停下來，戰魂壹炮轟死了在地下埋伏的異形，與艾莉莎降落在地上。後方是無窮無盡的異形大軍，此時跑肯定來不及了。還好火力充足，戰魂有兩門肩扛炮，艾莉莎有壹把。戰魂壹炮轟死異形後，另壹門則在蓄力。連發兩次，壹次三炮，不求殺傷異形，只為拖延時間。艾莉莎壹炮幹掉了離他們最近的異形。異形大軍已然接近，炮彈如雨點般射向異形群裏。戰魂拔出長矛，艾莉莎也準備好近身肉搏。三只綠格子戰鬥異形沖出來，戰魂飛鏢壹甩幹掉壹只。另壹只被艾莉莎轟死。余下的壹只被艾莉莎炮彈的余波震到，戰魂壹矛捅死。此時所有的異形都沖了上來。戰魂如戰神般殺了了七進七出。長矛壹舞，幾只異形的頭顱落地。十步殺壹人，千裏不留行。艾莉莎只能算是打醬油，躲得遠遠的，沒事就放兩炮，吸引壹些異形的註意力。戰魂也知道這樣下去不是辦法，在戰鬥之余扔下了幾枚地雷。這時，又殺出來三只綠格子戰鬥異形。戰魂的肩扛炮再壹次激射出許多炮彈，蓄力壹跳並引爆地雷。綠格子戰鬥異形的尾部刺穿了戰魂的身體，戰魂也被爆炸的沖擊波震走。戰魂再次蓄力跳到艾莉莎身邊，帶走了艾莉莎。
戰魂連續跳躍了數次，突然栽倒在地上。艾莉莎連忙扶起他，關切的問了句疼不疼。戰魂擺擺手，表示沒事。拿出醫療包處理傷口並脫下了鎧甲。艾莉莎看到了可怕的傷痕，那傷痕貫穿了戰魂的胸膛。慶幸的是沒有傷及要害。此時戰魂接到通信，對方是前來支援的鐵血戰士：“我們遭到伏擊，請來xxx坐標會和……滋滋滋滋。”戰魂關掉了通訊。傷勢好了壹些，轉頭問艾莉莎：“妳後悔嗎？”艾莉莎立刻回應到：“我不後悔。”戰魂望向天空，久久未言。
另壹邊的鐵血戰士陷入苦戰。異形傾巢出動，他們利用飛船且戰且退。向著 *** 點前進。
戰魂和艾莉莎又開始趕路。壹路上並沒有異形來追殺他們。戰魂也聯系不上那些鐵血戰士，猜測異形都去追殺他們了，無暇顧及自己。戰魂也不急著走了，開始好好療傷，艾莉莎為他放哨。
異形皇後與鐵血異形倒是悠哉遊哉的產卵。時不時的有異形來匯報情況。鐵血異形對異形皇後說：“時間差不多了，我們走吧。”異形皇後點點頭，兩只boss終於要出場了。
那壹隊鐵血戰士也到達了目的地，擺開架勢與異形殊死壹搏。從異形堆裏沖出了許多綠格子戰鬥異形，與鐵血戰士扭打在壹起。怒吼聲，慘叫聲不絕於耳。鮮血灑滿戰場。遠處，異形皇後趕到戰場，許多不知名的異形圍擁在她身邊。與其他異形不同的是，這些異形整齊劃壹，如禁衛軍般佇立在女皇身邊。突然，異形皇後壹聲長嘯，這些異形沖向鐵血戰士。那些鐵血戰士抱著寧為玉碎，不為瓦全的決心，也發出壹聲聲怒吼迎向異形。
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