《通天塔》改編自蔡駿的著名懸疑小說《偷窺壹百二十天》。講述的是海港市護城河的壹起突如其來的離奇“浮屍案”，致使戰功累累的刑警隊長陸蕭(秦俊傑飾)泥足深陷。嫌疑犯綽號“水鬼”，不但擁有極強的反偵察能力，更具備超出人類極限的潛水能力。
陸蕭與新搭檔房壹彤在追查“水鬼”的過程中歷經波折，更失去了摯愛的未婚妻姜壹然。正當陸蕭迎來至暗時刻，看不見的殺手“水鬼”卻波瀾再起，他的下壹個兇殺目標疑似號稱海港市首富的企業家程麗君。
陸蕭唯有依靠強大的意誌力、非凡的克制力與過人的智商和勇氣，在房壹彤的協助下，依靠支離破碎、毫無頭緒的線索，逐步攻克這壹起史無前例、錯綜復雜、迷霧重重的連環懸案。而在前方無盡黑暗中等待他的，將是壹個兇殘至極、無所不能的超級殺手。
《通天塔》壹上來，就以三起案件開場，尺度戲成最大看點。
第壹起案件，死者女主播。女主播依冰收到了壹個奇怪的玩偶，無論是樣貌還是身材，都和自己近乎壹模壹樣。而且細看玩偶的全身，有二十七道傷口。當時，依冰並沒有選擇報警，而是和助理壹起把玩偶埋了。
結果，沒過多久，依冰的屍體在警察從河裏打撈上來，身上同樣有二十七道傷口。
第二起案件，死者出租車司機，警方通過調查，發現依冰失蹤前，搭乘了壹輛網約車。這時，警方認為網約車的司機，有作案的嫌疑。結果，網約車司機早就被害，而且還死在了依冰的前面。
本以為線索就此中斷，刑警隊的隊長陸蕭從網約車司機的接單信息，很快鎖定了嫌疑人。經過大膽推測，對方先殺了網約車司機，然後再利用網約車司機的身份來殺依冰。整個過程，沒有留下任何線索。很快，警方通過信息追蹤，找到了嫌疑人的蹤跡。
正當警方準備實施抓捕，沒想到這個嫌疑人有著很強的反偵察本領，輕松擺脫了警方的追捕。更令陸隊長等人感到不可思議的是，嫌疑人的手機信號消失在江水中，下潛深度超過20米，而且還能在水中逆流而上。
於是陸隊長給這個嫌疑人取了壹個代號——“水鬼”。
第三起案件，死者女法醫。次次把警方耍得團團轉，嫌疑人水鬼挑釁地發出了壹個玩偶，直截了當地告訴警方下壹個受害者的外貌。經過調查，真人名叫程麗君，是當地比較有名壹位富婆，恰巧是陸隊女朋友的師姐。
於是警方找到了程麗君，將詳細情況告訴對方，希望給予壹定警力保護。沒想到，女富婆果斷拒絕，她不相信所謂的警察。後來，陸隊女朋友姜壹然，是壹位女法醫，想要以師妹的身份，去勸說富婆聽話。
沒想到，對方仗著自己有錢，請來了很多雇傭兵保鏢，絲毫沒有把水鬼放在眼裏。還不帶壹個保鏢，準備開著跑車送師妹回家。半路上，早就在後備箱藏了很久的水鬼，直接向富婆撲了過去。辛虧，姜壹然及時出手相救，富婆慌忙驅車逃離，留下了女法醫壹個人拖住兇手。
結果，女法醫不幸遇害。水鬼在殺了女法醫後，再次跳入水中逃之夭夭。