2006年，吳亞馨出演了自己的第壹部影視作品，在與明道、張馨予、楊雅築聯袂主演的愛情偶像劇《明星蘋果樂園》中飾演了身材好、有心機的肖鑫。
2009年，吳亞馨與郭品超、明道、李小璐合作主演都市愛情劇《Knock Knock愛上妳》，其中吳亞馨飾演精明的女主角姚王耔[6]；隨後，吳亞馨與楊丞琳、羅誌祥、魏麗主演了都市浪漫喜劇《上海灘甜心》，其中吳亞馨飾演優雅迷人的莫莉[7]；同年，吳亞馨還與林佑威、戴君竹、黃鴻升合作主演了大陸劇《我在1949等妳》；此外，吳亞馨在他的第壹部電影《撲克之王》中客串了壹把。
2010，吳亞馨首次與藝鷺、韓智慧、劉牧主演愛情推理劇《天堂秀》，其中吳亞馨飾演美麗睿智的女強人袁四郎[8]；後來，吳亞馨在根據大陸作家明小溪的同名小說改編的由徐熙媛、何潤東、黃曉明聯袂主演的現代浪漫劇《泡沫之夏》中不擇手段地扮演了壹個倪慧[9]；同年，吳亞馨客串了都市浪漫劇《兇妻》。
2011年，吳亞馨在朱孝天、陳妍希、吳中天主演的都市言情劇《記住，我們有約》中飾演夏寶兒[10]。同年，吳亞馨還與高以翔、曾愷玹和陳至愷合作了現代愛情劇《奇點絕配》，其中吳亞馨飾演了對愛情充滿期待的攝影師紀顏夕。
2012年，吳亞馨在林心如、汪東城、林更新主演的現代都市劇《姐妹立正》中飾演沈佩妮[11]。同年，吳亞馨卷入李宗瑞強奸案，宣布暫時告別娛樂圈[12]。
2013年，吳亞馨復出，與雨果、黃建偉主演電視短劇《鎖鏈》[13]；同年，吳亞馨還出演了迷妳偶像劇《長情未嫁》；此外，吳亞馨還客串了兩部大銀幕作品，《馬路對面的女孩被殺》，《失控的美學》[14]。