新約魔法書籍目錄實際上改變了它的名字，在它的標題上增加了“新約”這個詞。《新約》第1卷沿用了《魔法書籍目錄》第22卷的劇情，講述了第三次世界大戰後的世界。
上條當麻和其他人仍然是新約的主角。第三次世界大戰結束時，他們阻止了大天使落入北冰洋，回到了學院城，並與壹等訪客和二等受訪者建立了類似聯盟的關系。整個世界都陷入了新組織Gremlin帶來的危機。