故事中地球已經毀滅，變成壹切都用齒輪與發條加以重現、再度建構的世界。主人公見浦直人是個成績吊車尾的高中生，某壹天突然有個黑色箱子墜落在他家裏，箱子裏頭是壹具自動人偶少女。在崩毀與殘存之間來回反覆，被改造的世界與不變的人類，當理想與現實產生劇烈沖突之時，直人與機械少女琉珠，以及天才少女瑪麗·蓓兒·布雷蓋與拜涅·哈塔的兩場相遇，推動了命運的齒輪……