他著有《齊春秋》三十卷、《廟記》十卷、《十二州記》十二卷、《錢塘先賢傳》五卷，註釋範曄《後漢書》九十卷等，惜皆已亡失。還著有誌怪小說集《續齊諧記》壹卷。《梁書》本傳說：“均文體清拔有古氣，好事者或學之，謂為‘吳均體’。”其“文集二十卷”。《隋書·經籍誌》著錄：“梁奉朝請《吳均集》二十卷。”《舊唐書·經籍誌》、《新唐書·藝文誌》著錄皆為二十卷。《宋史·藝文誌》著錄：“《吳均詩集》三卷。”可見其文集宋時已大部分散失。明代的輯本有：《吳朝請集》三卷，附錄壹卷，明張燮輯《七十二家集》本；《吳朝請集》壹卷，明張溥輯《漢魏六朝百三名家集》本。另有《吳朝請集選》壹卷，清代吳汝綸評選《漢魏六朝百三家集選》本。嚴可均《全梁文》卷六十輯錄其文有《與施從事書》《與朱元思書》（現被收入《人教版語文教科書》八年級下冊第21課）《與顧章書》等十三篇，逯欽立《先秦漢魏晉南北朝詩·梁詩》卷十輯錄其詩有《贈王桂陽》《山中雜詩》《答柳惲詩》等壹百四十七首，較為齊備。
吳均善於寫作書信，今存《與施從事書》《與朱元思書》《與顧章書》三篇，俱以寫景見長。如“絕壁幹天，孤峰入漢。綠嶂百重，青川萬轉”，“風煙俱凈，天山***色，從流飄蕩，任意東西”等句，皆文筆清麗，韻味雋永。