小說以第壹人稱敘事，聚焦於20世紀60年代臺北新公園壹群被稱為“雛鳥”的同性戀少年，詳細描述了他們痛苦曲折的心路歷程和被社會、家庭、親人拋棄的未知人生。故事聚焦於這群下層同性戀者的生活，除了各行各業都看不見的同性戀者。通過過去的龍鳳神話等同性戀歌曲，反映了1960年代前後同性戀群體被家庭、學校、社會、國家放逐的邊緣處境，展現了同性戀者在身體和精神兩方面被放逐的困境。
小說傳達了兩代人因同性情欲而產生的沖突，期待著溝通、理解和社會接納的真摯感情。正如白先勇所說，《孽子》是我第壹次深度處理中國的親子關系，並把這種關系從家庭擴展到社會，把父親的形象上升到父權象征的層面。在《孽子》中，我主要寫父子關系，父子被擴展為:父親代表中國社會的態度和價值觀，以及對下壹代和同性戀子女的態度——父子之間的沖突其實是個人與社會的沖突。