其中最明顯的隱喻就是對於宗教與理性之間關系的思考。小說中派接受了基督教、伊斯蘭教和印度教三大宗教，並且將每壹種信仰都視為自己心靈成長道路上必須走過的壹步。而當他最終回到現實世界後，他也承認了每壹個信仰體系都有其獨特價值，並沒有選擇其中任何壹種作為唯壹正確答案。
此外，《少年派的奇幻漂流》還涉及到人類對於動物權利以及自然環境保護等議題。小說中描寫了許多野生動物在海上求生時所面臨到困境和挑戰，在這些情節背後則隱藏著作者對於人類應該如何尊重其他物種以及珍惜我們***同居住地球家園這樣壹個觀點。
總之，《少年派的奇幻漂流》可以被看做是作者用寓言形式來表達出關於人類存在本質、文化多元性、環境保護等方面深刻思考得出結論，並試圖引導讀者去反思這些問題並找到自己內心真正相信和堅持不懈追求下去 的東西。