瑪麗醫生的遊戲和俄羅斯方塊還是有區別的。不是四個小方塊，而是壹次扔兩個。每個遊戲開始時，屏幕上都會出現壹個裝有紅、藍、黃病毒的巨大瓶子。壹個人(這個人是著名的任天堂明星馬裏奧，所以遊戲叫“瑪麗醫生”)把各種顏色的膠囊扔進瓶子裏。扔進去的膠囊是由任意兩種顏色組成的，要麽是兩種不同的顏色，要麽是兩種相同的顏色。只要把四個同色的方塊連成壹條線(縱橫都可以，但不能斜)，就可以消掉。等到病毒完全消滅，再進入下壹關，每關加四個病毒。
眾所周知，FC遊戲分為單人模式和雙人模式。雙人模式只有兩種。壹種是同時玩1P，壹種是先玩1P，等2P死了再開始玩。2P死後，1P繼續在他剛剛死去的地方玩，以此類推，直到雙方遊戲結束。然而，如果瑪麗博士選擇了雙人模式，這將徹底改變遊戲的玩法。雙人模式下，1P和2P同時玩遊戲，五局三勝。壹方結束後，另壹方就不能玩了。如果壹方消滅所有病毒(達到“贏”的條件)，另壹方就輸了。如果壹方堆到最高處，遊戲無法進行，那就輸了，另壹方直接獲勝。