北京音樂家協會的前身為北京市音樂舞蹈家協會，成立於1980年6月29日。歌唱家張權當選為主席
1983年7月22日至23日召開了北京市音樂家第壹次代表大會，中國音樂家協會北京分會宣告成立，通過了協會章程，產生了第壹屆理事會。作曲家盧肅當選為主席。
1988年10月18日至20日，第二次會員代表大會在平谷盤峰賓館召開，協會更名為北京市音樂家協會。音樂理論家厲聲當選為主席。
1997年4月25日至27日，第三次會員代表大會在順義賓館召開。指揮家譚利華當選為主席。
2003年9月13日至15日，第四次會員代表大會在懷柔鐘磬山莊賓館召開，協會更名為北京音樂家協會。指揮家譚利華當選連任為主席。
北京音協實行駐會副主席兼秘書長負責制，駐會副主席兼秘書長負責安排、組織協會的所有日常工作，協會主席、其他副主席均為榮譽性職務。協會創建以來，在音樂表演、理論、創作、教育、社會音樂、民族音樂等方面，做了大量的工作。
北京音協現有會員1500人。理事會下設表演、理論、創作、教育、民族音樂、社會音樂、組織聯絡7個工作委員會及具有工作委員會性質的三個分支機構：北京音協鋼琴基礎教育分會、北京音協青少年愛樂樂團和北京音協少兒小提琴教育學會。