東日本旅客鐵道
島式月臺1面2線之高架車站。北邊出口為早稻田口、南邊出口為戸山口。月臺中央有換乘西武新宿線専用的出口。山手線的高架下排列著手冢治蟲作品人物的壁畫。
對應線路
1. ■山手線外回 池袋、田端、上野方向
2. ■山手線內回 新宿、澀谷、品川方向
在此東側有山手貨物線（埼京線、湘南新宿線）的復線鐵路、但這裏沒有設置月臺。
2003年3月1日起，JR東日本山手線月臺的發車音樂，改用了原子小金剛的主題曲至今。
西武鐵道
由1面1線的單式月臺與1面2線的島式月臺組成的高架車站。開業初期這裏是終點站。出口有：早稻田口、大箱口、戶山口、東西線連絡口。
1998年夏季加裝月臺冷氣。
對應線路
（月臺編號與山手線***通）
3. 西武新宿線下行 田無、所澤、本川越、（拜島線直通）拜島方向
4. 西武新宿線 臨時月臺（朝早繁忙時間上行電車在此下車）
5. 西武新宿線上行 至西武新宿
東京地下鐵
相對式月臺2面2線之地下車站。檢票口有3個。
對應線路
1. 東西線 大手町、日本橋、西船橋、津田沼、東葉勝田臺方向
2. 東西線 中野、三鷹方向