Sonic CD分為美版和日版，其最大的不同就在於遊戲音樂。兩個版本使用了兩組完全不同的音樂，日版的音樂作曲者為幡谷尚史，其主題曲為宇德敬子所演唱的”Sonic - You Can Do Anything“以及”Cosmic Eternity - Believe in Yourself“。美版主題曲則為Spencer Nilsen所作，Pastiche演唱的的”Sonic Boom“，為了切合主題曲，過場動畫也被重新剪輯，另外所有的關卡背景音樂也被替換了。此後的所有再發售版本都會區分這兩者。不過美版遊戲的開發版本（稱為712）事實上包含了日版的遊戲音樂，也就是說，美版原本沒有打算替換這些音樂。
2011年的移植版中，玩家可以任意切換美版和日版的音樂，然而由於版權因素以及作詞者去世，日版主題曲變成了沒有人聲的器樂演奏版本。