1929年大學畢業時正遇上教育部蔡元培先生到上海創辦“國立音樂專科學校”，蕭友梅（1884-1940，廣東中山人）擔任校長，韋瀚章聘任為該校註冊主任。蕭友梅與韋瀚章在教學中，還以“音樂藝文社”的名義創辦起《音樂雜誌》。
韋瀚章擅長創作歌詞，黃自擅長於作曲，1931年爆發“九壹八”事變，兩人合作為東北義勇軍募捐創作了《抗敵歌》，經學校合唱隊演出後，傳遍全國，雄壯有力的歌聲鼓舞人民奮起抗敵。自“九壹八”事變後，國難重重，從1931年至1936年他與黃自合作，又創作了《旗正飄飄》、《思鄉》、《春思曲》、《春深幾許》，以歌聲呼喚和激勵人們愛國愛鄉，奮勇抗戰。而他們的合作，最有影響的是根據唐代白居易《長恨歌》的詩意創作了我國第壹部清唱劇。韋瀚章為清唱劇《長恨歌》寫了10闋歌詞，黃自譜寫了7闋，經學校合唱團排練演出後，反映極好，成為音樂教學的範本。可惜黃自英年早逝，《長恨歌》的後3闋（第四、七、九闋）只能由他的學生林聲翕補遺作曲完成。