協會設8個專業委員會：權益保障委員會、理論創作委員會、表演藝術委員會、民族音樂委員會、音樂教育委員會、流行音樂委員會、社會音樂委員會、音樂考級委員會。主席、副主席分別兼任各專業委員會的負責人。協會內設辦公室、理論創作部、組織聯絡部、音樂考級辦公室、《嶺南音樂》雜誌社等工作機構。受廣東省委宣傳部、廣東省民政廳以及廣東省文聯委托管理下列6個民間組織：廣東省鋼琴學會、廣東省電子琴學會、廣東省合唱協會、廣東省吉它研究會、廣東省小提琴教育學會、廣東省流行音樂學會。