這部電影的故事發生在米洛和基達留在亞特蘭蒂斯之後的失落帝國。幾艘貨船在亞特蘭蒂斯北部遭到了大海的襲擊，於是米洛和基達跟隨來訪的探險隊前去調查，卻發現襲擊者並不是機器人龍蝦，而是其他神秘力量。在這次危機之後，為了找到最合適的魔晶排列方式，基達和米洛以及探險隊成員壹起踏上了旅程。她想知道為什麽她的父親壹開始就把水晶藏了起來，這幾乎摧毀了他們的文明。他們還必須決定是否使用魔晶。還是永遠藏起來？