耶魯最重要的管理特色是“教授治校”，這壹特色對美國高等教育界產生了巨大影響。建校初期，經過3代校長的努力，耶魯逐漸形成了董事會不具體參與校務管理、而由教授會治校的法規。在當時的美國流傳著這樣壹句話：“普林斯頓董事掌權、哈佛校長當家、耶魯教授做主”。
300多年來，耶魯人壹直為能夠堅持獨立精神，不向外來的政治壓力、物質利誘妥協而自豪——18世紀中葉，托馬斯·克萊普任院長期間，堅持耶魯是貴族私立學校，並十分強調大學的獨立。為此，他采取壹切可能的方式對地方政府的幹涉進行抵制，直至訴諸法律。至20世紀60年代越戰期間，美國政府下令：凡是自稱以道德或宗教理由反戰的學生壹律不準得到獎學金的資助。當時美國諸多名校全都遵照政府的指示行事。唯獨耶魯堅守學術獨立的壹貫作風，仍繼續以申請者的成績為考慮獎學金的唯壹原則，完全漠視政府的規定。結果，耶魯因此失去了來自聯邦政府的壹大筆基金，經濟上幾度陷入困境，但其信念依然不變。現任校長理查德·萊文亦曾因捐款人對耶魯所設課程及其教授聘任提出附加要求，而毫不猶豫地拒絕了2000萬美元的捐贈。
即使在前任總統布什被邀請回母校接受壹個榮譽法律博士學位時，耶魯的教授與學生也公開表示了自己的反對意見：那是2001年5月21日，傳統的畢業日當天，當校長宣布授予布什榮譽法律博士學位時，學生們報以笑聲、噓聲和哨聲，壹些應屆畢業生還打出壹條大橫幅寫道：“我們贏得了自己的學位，不要使我們的學位跌價”，他們還手持標語牌譴責布什政府在環境、死刑以及墮胎等問題上的政策。更有大約200名教授集體簽字拒絕出席畢業典禮，認為無論是布什還是校方這樣做純粹是為了沽名釣譽，因為按照布什當年在學校時候的表現和成績，他根本沒有資格接受那樣壹個榮譽稱號。
加州大學前校長田長霖教授曾經說：“在美國，大家有壹種認識，哪壹個學校的教授力量大，哪壹個學校將來就會成為最著名的學校。”教授治校不僅被伯克利奉為圭臬，也同樣是耶魯300多年來所尊奉的。 耶魯人文教育的目標之壹是培養學生的人文情懷—— 壹種探索人生真諦的理性態度，即關懷人生價值的實現、人的自由與平等以及人與社會、自然之間的和諧等。因而在耶魯的校徽上，書寫著“光明與真知”幾個字，那就是繼承歐洲人文科學傳統，為教會，更具體地說是為公理、為民眾培養的神職人員——在耶魯1701年的憲章上寫道：教育的目的是使年輕人“能為教會和公***事業服務”。現任校長理查德·萊文也說：“讓青年學生們用自己在學術、藝術等專業上的成就為社會做出貢獻，為人類生存條件的改善而工作。”
19世紀初，美國舉國上下提出大學課程設置應著重實用學科，美國東部許多高校紛紛設立實用學科。課程改革的浪潮沖擊著美國的大學，也沖擊著以保守著稱的耶魯，它迅速地對這壹浪潮做出反應，其結果是，1828年，在傑裏邁亞·戴校長的領導下，耶魯發表了著名的《耶魯報告》。
《耶魯報告》極力肯定以古典學科為主的人文教育的重要價值而排斥科學的實用教育，聲稱“沒有什麽東西比好的理論更為實際，沒有什麽東西比人文教育更為有用，大學裏為本科生所開設的教學課程不包括職業學，專門化必須晚壹點開始……心智的訓練會使學生更具對社會的責任感”。該報告敵視實用的職業技術課程，堅持認為***同學科的廣泛深入研習對學生形成良好的教養及人文關懷大有裨益。
《耶魯報告》的發表對美國高等教育界產生了巨大影響。19世紀初期，德國的學習自由對美國的影響相當深刻，美國大學不僅接受了學習自由的理念，而且第壹次通過創立選修制和學分制使學習自由制度化。但選修制在美國的確立經歷了壹個曲折的過程。早在托馬斯·傑弗遜時代，威廉瑪麗學院和弗吉尼亞大學都先後采用過選修課，但這些早期的改革很快因為1828年《耶魯報告》的發表而暫時止步。
為了堅持大學追求真理，增加知識的學術使命，1986年任校長的施密特德教授強調耶魯必須堅持思想的絕對自由以及對學術追求的不可動搖的信奉，他還在開學典禮上強調耶魯的新生們要像每壹代比他們更年長的校友壹樣接受這壹新的大學理念。耶魯把培養學生成為具有愛國精神、能對國家盡到責任和義務的“責任公民”作為大學道德教育的遠大目標，強調學生必須具有美國的“國民精神”，要每時每刻為美利堅的強大而自豪並為此盡責，還把不斷湧入的新移民“美國化”。
定量推理中歷來被忽視或有挑戰性的壹些領域，如種族與少數民族、女性等。每年有100多名學生參與其中。 雖然學生們會把大多數時間花在學習上，但他們也總能找到自我放松的方式。他們可以參加很多課外活動和社團活動，紐約離學校只有1個小時不到的車程，每小時都有壹班火車，這裏去波士頓也很方便，但大多數學生在周末還是會選擇在校園裏參加活動。
與競爭對手相比，耶魯更受女生們的青睞，這裏所有純男性的社團或者演唱團體都有相對應的女性團體。耶魯的學生和校友比哈佛、普林斯頓的更加開放，他們從來不羞於表達自己的觀點，對全世界的熱點話題都非常關心。
耶魯有50-60個正式註冊的校園藝術社團，迎合了不同人群的興趣愛好，如肚皮舞、古典室內樂、中國書法和時裝設計。還有耶魯合唱團、耶魯戲劇團、耶魯樂隊、清唱團等，都是耶魯學院長期以來深入人心的傳統社團。
學生會把很多時間花在報紙、電臺和電腦中心。清唱團尤以愛好社交出名，成員們會在周末壹起聚會喝酒，或者在春假出去旅遊。耶魯的大多數秘密組織，比如骷髏會（前總統布什是會員之壹），都有陵墓式的聚會場所，他們會向那些有資格的人發出邀請函。
在大型活動中，21歲的飲酒年齡是被嚴格控制的，但在壹些個人的小型聚會上就沒有那麽嚴格了。與電影相關的社團會免費給學生播放電影，學校的劇院和演出中心經常組織巡遊的百老匯藝人和歌舞劇團的表演。此外，還有自然歷史和藝術的博物館供大家參觀。
學生們都覺得紐黑文是個非常完美的大學小鎮，這裏的學生熱愛運動，宿舍學院之間的比賽永遠是最熱門的，獲勝隊可以獲得壹個精致的獎杯（Tying Cup）。還有2,000名耶魯學生利用業余時間，作為誌願者、實習生和勤工儉學人員，參與到紐黑文的學校、醫院、社區和商場的各種工作中。
總之，耶魯大學是美國最古老的高等學府之壹，學生們認真地履行著這裏的校訓——“為了上帝，為了國家，為了耶魯”。耶魯校友也確實兌現了他們的承諾，有70多所美國大學的校長是耶魯的畢業生，奧巴馬之前的三任美國總統也都來自耶魯。 骷髏會（Skull and Bones,The Order of Death,The Order,Cooperation Star,The Eulogian Club,and Lodge 322,The Skulls）
在寧靜的耶魯大學校園內，有壹幢希臘神廟式的小樓，幾扇狹長小窗終年緊閉，整幢建築籠罩著深深的神秘色彩，這個並不起眼的建築就是美國最神秘也是最有權勢的同學會所在地。這裏從不對外人開放，始終保持著自己特立獨行的詭異色彩和精英風格，而且它還有壹個令人不寒而栗的名字叫“骷髏會”。骷髏會有著極其神秘的入會規則，更令人望而生畏的是它的會員名單，從這個骷髏會裏走出了3位美國總統、2位最高法院大法官，還有無數美國議員以及內閣高官。經過172年的繁衍生息，從美國白宮、國會、內閣各部、最高法院以至於中央情報局，骷髏會的成員幾乎無所不在。
當年當美國總統布什與民主黨總統候選人約翰·克裏激烈地競爭美國總統寶座時，美國人驚訝地發現，盡管這兩位總統競選人來自不同黨派，擁有迥異的政見和綱領，但卻不約而同地保守著壹個驚人的秘密，他們都是骷髏會的成員，克裏於1965年入會，布什則在兩年後也進入了骷髏會。神秘的骷髏會開始浮出水面。
威廉·亨廷頓·羅素是美國耶魯大學1833屆畢業生，他後來成為康涅狄格州立法機構成員和該州國民警衛隊的壹位將軍。在德期間，羅素結識了德國壹個名叫“骷髏會”的秘密會社的頭目。這個會社是歐洲18世紀壹個臭名昭著的先知組織的魔鬼式派生物，不過該會社的宗旨、會員精神以及嚴格的入會條件和組織方式，給羅素留下了深刻的印象。1832年，羅素回到耶魯大學，他決定創立壹個比耶魯大學其它會社或兄弟會更加儀式化、更加秘密、更加提倡***濟會式團結互助宗旨的會社。隨後羅素糾集了班上最有前途的同學阿方索·塔夫脫（阿方索·塔夫脫後來成為國防部部長、總檢查官、駐澳大利亞公使、駐俄羅斯大使，其子威廉·塔夫脫後來成了第27任美國總統，他是1887屆會員），正式創辦美國版的“骷髏會”。經過170多年的自我繁衍，內閣、參眾兩議院、最高法院、中央情報局等部門都掌控著至大權力的“隱形帝國”。在“骷髏會”裏，每個成員都有各自的外號，如“長魔”是給該會最高的會員，“瑪各”（Magog）則是給該會性經驗最豐富的成員，老布什就享有瑪各這個“美譽”。至於小布什，因為他入會時，其他成員都不知道該叫他什麽，索性就給他取個“暫時”（Temporary）的外號。 耶魯大學實行類似牛津大學和劍橋大學的“住宿學院”制度。新生被隨機分配到耶魯大學的12個住宿學院中，且除極少數特別情況外，所有學生都將在學院中居住四年時間（大壹和大二的學生必須居住在宿舍）。住在校園的每個學生都感覺像在家裏壹樣舒服，還有許多好朋友，生活得非常開心，這使他們在耶魯學習和生活的歲月變得格外與眾不同。正如壹位名叫Tori的學生所說，“我和這裏的人結下了前所未有的親密友誼，從而使我的四年大學生活變得更為美好快樂。我想我將會和他們成為壹輩子的好朋友。”每所學院都擁有自己完備先進的設施和迥然不同的風格，包括餐廳、圖書館、健身房、藝術工作室、琴房、照相暗室、電腦室、洗衣房、臺球乒乓室、學生廚房，大部分學院還擁有自己的電影院或劇院、攀巖室、壁球館和桑拿房，24小時對本院學生開放。耶魯的宿舍學院（即每個人所在的宿舍）是本科生社交圈的中心，也是本科教育中最吸引人的壹部分。由耶魯校友Edward S. Harkness贊助的、以劍橋和牛津體系為範本的宿舍學院體系，把本科生分在12個獨立的宿舍樓裏，每個宿舍樓約有450名學生，為學生們提供了壹個更緊密的學習與生活的社區，使他們既能擁有宿舍區的小型環境，又能***享研究型大學的龐大資源。每所學院有壹位院長（Master）和壹位學監（Dean），分別負責學生的社交活動和學習生活。每周各院院長還邀請各個領域的著名人士舉辦茶會，稱為“Master's Tea”，本科學生均可參加，受邀的名人不乏美國乃至世界政、商、體育、娛樂、社會公益等各個領域的著名人物。
耶魯大學現任校長Peter Salovey對該校未來壹百年的發展重點作了以下的總結：“首先，作為美國最好的研究性大學之壹，耶魯大學極其重視本科教育的質量。其次，研究生院和專業學院，同耶魯學院壹道，致力於培養世界各個領域的領袖及著名人物。” 耶魯大學***贊助35個校級運動隊參加常青藤聯賽、美東大學體育聯賽、新英格蘭地區校際帆船聯賽。耶魯大學還是美國NCAA（全國大學體育聯盟）的壹級成員。同其他的常青藤聯盟成員大學壹樣，耶魯並不提供專門給運動員的獎學金，也同樣並不再躋身於籃球和美式足球的頂尖球隊中。然而，耶魯大學卻是美式足球的發源地，是由當時的球員及教練Walter Camp在十九世紀末二十世紀初期從橄欖球和英式足球中借鑒來的。耶魯擁有大量的體育設施，包括耶魯大球場（因其形狀也被稱為“耶魯碗”，也是美國第壹座這樣形制的球場）、Walter Camp Field體育中心、Payne Whitney體育/健身館、Corinthian遊艇俱樂部（建於1881年，是世界上第壹個大學遊艇俱樂部，並培養了多名奧運會運動員）。
耶魯大學的吉祥物是被稱為“Handsome Dan”的牛頭犬，作為壹種兇猛的獵犬，它代表了學校的體育精神。通常在重大的體育比賽上Handsome Dan都會出現在賽場，尤其是在每年著名的“耶魯-哈佛大球賽”上。耶魯大學許多在體育比賽上演奏的歌曲都有“Bulldog,Bulldog,Bow Wow Wow！”的歌詞。每壹屆Handsome Dan去世之後學校都會將其制作成標本陳列在Payne Whitney體育館和其他場所，然後在全國範圍內甄選勇猛威武的牛頭犬繼任。於2005年4月26日繼任。
耶魯大學還有壹支銅管儀仗樂隊，支持耶魯的運動員。這支樂隊在所有的主場美式足球賽上表演，和許多其他的比賽。
耶魯學院在12個住宿學院之間進行的業余體育聯賽是學生生活中的壹個重要部分，也是許多歷史長久的學院之爭（壹種友好的競爭關系）的重要部分。每年***分三個賽季，包括秋季、冬季和春季，每個賽季都包括超過十種項目，其中大約壹般都是男女混合參賽。體育比賽的項目除了正式項目外，還有保齡球，臺球等項目。每學年末，獲得分數最高的學院會被授予Tyng杯。 正如理查德·萊文校長所說：“教育人們服務於社會並不意味著教育必須集中於掌握實用性的技能。耶魯追求為學生提供壹個寬廣、自由的教育世界觀，而非狹窄的、限制的職業性教育，使他們更具有領導才能和服務意識。耶魯大學同時也是相互尊重學習的社區，並且珍視自由的表達和對世間萬物的探尋。在這個社區中人們的互動模式同樣服務於社會。”