超合金戰記2是壹款集合了RPG、動作、射擊元素的橫版過關遊戲，在前作的基礎上加入了武器升級、武器強化、人物訓練、芯片獲取等更多RPG元素，玩家可以在遊戲中不斷增強自己的實力，從而挑戰更加強大的敵人。超合金戰記2延續上壹代的劇情，在薩拉防禦戰結束之後，為了徹底的消滅人類的抵抗勢力，先知集結了更為龐大的機器人軍隊，再次對薩拉城發動進攻。面對重兵壓境，人類與北方的機器人反抗軍聯合，在歐洲南部戰場發動了壹系列的戰役，成功擋住了先知的進攻，為最後的決戰創造了有利條件。並且還要經歷在以後的決戰先知和幽靈行動。在遊戲中，玩家將作為超合金戰隊的壹名普通士兵加入戰鬥，歷經整個南部戰爭，最後成長為壹名出色的超合金戰隊指揮官，並最終指揮超合金戰隊參與對機械的進攻。