1.超夢的逆襲 1998年（立誌成為第壹流的神奇寶貝大師，小智他們依然繼續踏上旅程。這天，當小智與訓練家的戰鬥結束之後，他們收到壹封由快龍送來的神秘招待券。招待券裏面寫 著：“妳們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請妳們來參加我的宴會。”“最強的神奇寶貝訓練家？”好奇的小智他 們毫不考慮地朝向新島的神奇寶貝城出發！當壹行人到達港口時，卻因為天候不佳，前往新島的船只暫停行駛。港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的 意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也贊同波佳的看法……）
2.洛奇亞的爆誕 1999年（小智、小霞、小建及皮卡丘壹行人來到了橘子群島，在路途上遇到了暴風雨把他們吹到了亞西亞島上，來到這裏剛好村民在舉行祭典，在祭典上小智從芙蘿拉的口 中聽到壹個古老的傳說，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自觸及，否則天地的憤怒將令世界走向滅亡”。這時壞人為了達到自己的目標抓洛奇亞，不惜破壞這個 古老的傳說，在祭典上芙蘿拉要小智成為拯救世界的人，但必須得到三樣寶物，這三樣寶物分別在火之島、雷之 島、冰之島……）
3.結晶塔的帝王 2000年（在壹個名為綠色草原的美麗地方，居住著壹位名為小美的年幼少女，她的母親在多年前失蹤，而她的父親則是壹位研究unknow的科學家（unknow=未 知圖騰）。後來，小美的父親在某次研究中失蹤。孤獨的小美用爸爸研究所遺留下來的刻著未知圖騰樣子的骨牌拼出了壹個圖形……）
4.雪拉比穿越時空的遭遇 2001年（在電影開始開篇，場景被設置在40年前的壹片大森林中。壹個叫小羽的男孩想進去那個森林去畫畫,在森林內,小羽遇到了被神奇寶貝獵人追捕並受重傷的雪拉 比,當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候,雪拉比帶著小羽到了40年後(也就是現代),正好小智他們在這森林裏,他們救了小羽,小羽告訴了小智他們關 於雪拉比的事,小智他們救了雪拉比,並和他成為了好朋友……）
5.水都的守護神拉帝歐斯和拉帝亞斯 2002年（傳說，從圖書館的小偷開始。水都，神奇寶貝水上沖浪比賽，拉帝亞斯想幫小智，結果小鋸鱷卻走錯方向。小霞以微弱差距獲得冠軍。 亞軍載小智等人遊覽水都，並講述這個城市的美麗傳說……）
第二部劇場版目錄：
1.七夜的許願星 2003年（千年壹次的彗星之夜裏，願望將會實現。立誌成為神奇寶貝大師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯遊樂場，並認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到壹陣細微的呼喚聲……）
2.裂空的訪問者 2004年（年前被烈空坐消滅的代歐奇希斯，四年之後來到科技發達的拉魯斯市，而小智皮卡丘等人也來到這裏，在那裏，他們遇到了少年小超， 小超因為四年前的事情留下陰影而不敢與神奇寶貝接觸（代歐奇西斯的宇宙落下導致神奇寶貝們的逃跑嚇怕了小超）來到拉魯斯市的代歐奇希斯是什麽？托伊的心結 能否解除？……）
3.夢幻與波導的勇者路卡利歐 2005年（持續旅行的小智和皮卡丘壹行，來到了流傳著“波導傳說”的城鎮：歐魯德朗城。在城市的中心，舉行著對數百年前的“波導之勇者——亞朗”而舉行的祭典。小 智與皮卡丘決定參加今年勇者對戰。激烈的戰鬥之後，獲得了冠軍的小智當選為當年“波導之勇者”。城中舉辦了慶祝優勝者的盛大宴會。突然幻之神奇寶貝夢幻出 現。然而夢幻卻帶著皮卡丘消失了身影。與此同時，路卡利歐數百年前的封印被解開，在小智面前顯現了身影的！皮卡丘在哪？夢幻的目的是什麽？還有，隱藏在路 卡利歐身上的過去和波導傳說的秘密是什麽？ 帶者所有謎團，小智與路卡利歐壹起朝向“世界初始之樹”開始了冒險。）
4.滄海的王子瑪娜菲 2006年（在這世界上海洋某處，即將誕生壹只誰都不知道的傳說神奇寶貝。以廣大的海洋為舞臺，神奇寶貝史上最大的任務即將開始！在荒地迷路的小智壹行人遇到了壹位女性“廣美”，以水中神奇寶貝表演而出名的碼頭巡回團明星……）
第三部劇場版目錄：
1.決戰時空之塔 2007年（為了參加下壹場神奇寶貝華麗大賽，小智壹行來到了白楊鎮，在那裏遇見了壹位名叫艾莉絲的可愛少女。艾莉絲帶他們參觀了小鎮的標誌建築——時空之塔和水樹 相映成趣的美麗庭園。抱著觀光的心情而去的小智壹行卻偶然遭遇庭園被不明生物襲擊的事件。這個小鎮有權有勢的東尼歐男爵也出現在那裏，他壹口咬定這是傳說 中的神奇寶貝——達克萊伊所為。不久，達克萊伊突然從可怕的幻影中現身於小智等人的面前……）
2.騎拉蒂納於冰空的花束潔咪 2008年(“反轉世界”是存在於這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是騎拉帝納棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰鬥造成了時空 的扭曲，“反轉世界”也因此完全被陰霾籠罩。由於自己的世界被汙染而被激怒的騎拉帝納找到了帝牙盧卡，並想將其拖入反轉世界中……)
3.阿爾宙斯超克的時空 2009年（繼續旅行的小智壹行來到了四周環繞著豐富自然景觀的河畔之城米琪那。這座城中有幾千年前的神殿遺址，小智壹行向位於巨大巖山上的遺跡前進。巖山山頂有壹 片巨大的湖，遺跡就建在湖邊。小智壹行陶醉在美麗的湖光之中。然而，湖面波瀾驟起，水上形成了龍卷風，向小智壹行迫近。眼看就要被龍卷風卷起來的時候，忽 有壹位女子伴著“帝牙盧卡，拜托妳了！”的聲音出現。下壹個瞬間，空間被割裂開，帝牙盧卡的身影出現……）
4.幻影的霸者索羅亞克 2010年（克勞恩是壹座壹片蔥籠的城市，古代建築和新式建築優美地融合在壹起。寵物小精靈世界杯在克勞恩城舉行，小智等人結伴前往觀戰。途中，小智壹行人遇到了奇 異的寵物小精靈佐羅亞，它擁有驚人的奇特能力，可以變成其他寵物精靈和人的樣子，甚至還能通過心電感應與人交談。佐羅亞正要去克勞恩城尋找同伴，便於小智 等同行……）
第四部劇場版目錄：
1.比克提尼於黑英雄捷克羅姆 2011年（系列完全新作，全新的傳說將從這裏開始。劇場版神奇寶貝超級願望第壹彈——《比克提尼與黑英雄捷克羅姆》。傳說中的神奇寶貝比克提尼的神秘力量是什麽？此外，黑色英雄是到底是什麽？讓我們拭目以待吧！）
2.比克提尼於白英雄雷希拉姆 2011年（小智將會與他的老搭檔皮卡丘壹起參加了在“アイントオーク”所舉辦的收獲祭祀戰鬥，在這裏他遇到了不可思議的妖精比克提尼，這部分故事中，雙版本電影基 本壹致，不過神獸“黑色英雄——捷克羅姆”只在它認同追求“理想”的人類面前才出現；而“白色英雄——雷希拉姆”則在它認同追求“真理”的人類面前才出 現。雙版本預定還會有其他細節方面的區別。）
3.酋雷姆VS聖劍士凱魯迪歐 2012（還在出）