區別如下：
1、演員不同：
《明末風雲》第壹部的主要演員有寧靜、鄧超、蔣林靜、張山、楊洪武等，第二部的主要演員有聶遠、翁虹、王剛、王思懿、蔣林靜等。
2、劇情不同：
《明末風雲》第壹部講述了明朝末年中國歷史上皇太極、李自成、崇禎三帝爭雄的故事，第二部講述了明朝最後壹位皇帝17年來用盡心力意圖復興明室，最終城破自縊的故事。
3、播出時間不同：
《明末風雲》第壹部於2005年4月6日在青海衛視播出，***30集。
第二部於2006年11月17日，***30集。