未來日記的最後結局是三周目的由乃和二周目的男主在壹起開創新世紀。
壹周目由乃成神，原因是殺死了壹周目的男主，成最後贏家。但是成神後發現，死的人不能復活，於是就殺了二周目的由乃，目的是繼續和二周目的男主在壹起。後來二周目男主發現了這個秘密，於是去拯救三周目由乃。
本來男主希望自己死，二周目由乃繼續做神，留在三周目世界，此時三周目由乃已經得救了，
但是二周目由乃自殺了，男主成神。
擴展資料：
《未來日記》是由えすのサカエ創作的漫畫作品，講述主人公天野雪輝在機緣巧合下得到壹部記錄自己未來日記的手機，而發生了壹連串奇怪的事。
內容簡介：初中二年級學生天野雪輝習慣遠離所有人，以壹個“旁觀者”的角度把親眼所見的事記錄在自己的手機中。他唯壹的朋友，是在夢中空想的時空神宙斯，連帶著其小使魔姆魯姆魯。在日益的交流下，宙斯對於雪輝的價值觀感到相當有趣，決定正式推行某個計劃。
壹天，天野雪輝發現手機的日記串出現了不應出現的內容，這日記竟然記錄了未來發生在雪輝身邊的事，包括考試內容和遇到的危險等，擁有絕對預知的能力令雪輝感到大為歡樂。然而，雪輝亦發現自己被壹位神秘的同班同學──我妻由乃糾纏著，而對方亦知道宙斯的存在，甚至也有壹部未來日記，記載的是預知雪輝所有動向的“雪輝日記”。
之後，宙斯將擁有未來日記的十二個人召喚到“因果律大禮堂”說明自己的計劃，原來是因為掌管時空的宙斯壽命即將到達盡頭，因此要利用“未來日記”來選出壹位繼承自己的人。遊戲規則為：未來日記持有者要循著自己手上能預知未來的日記，找出其他的持有者，並展開妳死我活的生存遊戲，而最後生存的人將會成為宙斯的繼承者，掌握支配時空的“神之座”。
由於雪輝的日記有強大的無差別特性，他旋即被眾人視之為頭號殲滅目標。真正站在他這壹邊的，就只有瘋狂追隨的我妻由乃…
被宙斯編號為1st的天野雪輝和2nd的我妻由乃，就此壹同邂逅其他持有者，亦在機緣下牽連了身邊的同學和壹位刑警等等。於充滿背叛和苦衷的言辭中，雪輝多次在戰鬥中倒下，只能倚賴由乃的高度戰鬥力，然而我妻由乃不時顯現出過份病態的壹面，令雪輝不時懷疑我妻由乃的可靠性。
隨著遊戲發展，雪輝驚覺這個壹直在身邊“扶持”的女孩，可能隱瞞了許多驚天動地的真相。這除了動搖雪輝的信任外，亦使他不得不直接面對世界崩壞的大事…