1939年9月至1941年7月，板垣擔任日本駐中國派遣軍總參謀長，繼續參與侵華戰爭的指揮事宜，並對日本侵略軍在中國解放區的暴行負有責任。1941年晉升上將，調任日本朝鮮軍司令。1943年任最高軍事參議官。
1945年4月，板垣征四郎出任總部設在新加坡的第七方面軍司令，指揮日軍在荷屬東印度和馬來西亞等地同盟軍作戰。在這期間，板垣強拉當地壯丁和勞工，搶奪當地的軍需物資，強征、拐騙當地青年婦女充當“慰安婦”，對東南亞人民犯下了累累罪行。