在平凡的夏日壹天，大雄和好友們在空地上舉行獨角仙相撲比賽，雖然寄予了無數的厚望，可是大雄的獨角仙還是敗在胖虎的手下。他回到家後心有不甘，痛哭流涕。哆拉A夢和哆拉美實在看不下去，拿出道具時光洞幫大雄捕捉更強大的獨角仙。誰知他們卻意外抓到了早在500年前就已經滅絕的大型動物恐鳥，善良的小夥伴們不願將恐鳥送回原處迎接滅亡的命運，於是壹同前往了位於大海中央的奇跡之島是由滅絕動物學家凱利博士主持開發、專門用作保護滅絕生物的島嶼。在這裏，小夥伴們見到了巨犀、板齒犀、渡渡鳥、劍齒虎等只在圖片上才見過的生物。與此同時，他們還見到了和大雄長得壹模壹樣的神秘男孩達凱。達凱來自祖祖輩輩生活在島上的樂可樂壹族，族人奉黃金獨角仙赫拉克勒斯為守護神。大雄他們受到樂可樂族的歡迎和禮遇，他們也很快和達凱以及可愛的女孩可瓏成為好朋友。突然，壹夥邪惡之人打破了奇跡之島的寧靜。來自未來的惡德商人謝爾曼妄圖奪取黃金獨角仙，他和他的爪牙斯卡伊、史奈克、羅克將貪婪之手伸向小島。為了保護島上的動物和黃金獨角仙，哆拉A夢、大雄以及小夥伴們勇敢地迎接挑戰 。