那位先生
黑衣組織的首領，已登場[6]。被組織成員呼為“那位先生”，除此之外壹切信息不明。
主要成員：
琴酒（Gin）
聲優：堀之紀
黑衣組織的幹部。冷酷殘忍，頭腦冷靜，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。在組織中負責重要的交易、暗殺及鏟除不合格的成員的任務。給新壹灌下毒藥使其身體變小的罪魁禍首。
伏特加（Vodka）
聲優：立木文彥
經常跟隨在琴酒身邊的黑衣組織成員。
貝爾摩德（Vermouth，又譯苦艾酒）
聲優：小山茉美
真實身份為美國的大明星莎朗·溫亞德，詐死後將身份轉換為自己的女兒克麗絲·溫亞德。曾經試圖追殺叛離組織的雪莉（灰原哀）。精於變裝。由於在紐約受過新壹和小蘭的救命之恩，因此壹直刻意保護兩人。
基安蒂（Chianti）
聲優：井上喜久子
組織的狙擊手，與科恩搭檔。很討厭貝爾摩德。
科恩（Korn）
聲優：木下浩之
組織的狙擊手。
基爾（Kir）
即CIA探員水無憐奈。
波本（Bourbon）
聲優：古谷徹
真實姓名為安室透，29歲，餐廳服務生，自稱偵探，真實身份為組織成員波本，觀察力與推理能力極強，被稱為“神秘主義者”。赤井在組織臥底時期與他是競爭對手，因此相互反感。拜毛利小五郎為師，目的是調查基爾事件中，毛利是否與雪莉有關系。曾偽裝成傷疤赤井來觀察赤井是否已死。與貝爾摩德合作，欲將雪莉帶回組織卻任務失敗（但誤認為雪莉已死）。開始重新調查赤井之死，並對柯南的身份產生興趣。
已脫離組織：
雪莉（Sherry）
即灰原哀。
黑麥威士忌（Rye）
即FBI搜查官赤井秀壹，以諸星大的化名潛入組織，身份暴露後脫離組織。
沼淵己壹郎
聲優：龍田直樹
黑暗組織底層成員。組織原本想培訓他成為殺手，後準備將其進行人體試驗。逃脫後因強盜殺人被捕。後因想再看看螢火蟲，謊稱埋屍於群馬深山中，伺機逃脫，之後又再次被捕。
已死亡：
龍舌蘭（Tequila）
聲優：廣田行生
身材高大的關西大漢。後來被卷入某起案件而被炸死。
匹斯可（Pisco）
聲優：村松康雄
本名枡山憲三。曾經壹度掌握了雪莉的所在，但後來由於射殺吞口議員的畫面被拍下，而遭琴酒滅口。
卡爾瓦多斯（Calvados，又譯蘋果白蘭地）
組織的狙擊手。在壹次行動中被赤井擊傷後自殺。
宮野明美
聲優：勝生真沙子→玉川紗己子
宮野誌保（灰原哀）的姐姐。組織的基層人員，為了讓自己和妹妹脫離組織而參與了10億元搶劫，但後來組織卻出爾反爾，明美也被琴酒所殺。曾經和潛入組織臥底的赤井秀壹交往。
宮野厚司
科學家，明美和誌保的父親。由於不明原因死亡。
宮野愛琳娜
聲優：鈴木弘子
明美和誌保的母親。由於不明原因死亡。
愛爾蘭（Irish）
聲優：幹本雄之
劇場版原創人物，登場於劇場版《漆黑的追蹤者》。為了調查某個與組織成員有關的案件而被黑衣組織安插進警視廳搜查小組。通過指紋對比得知柯南身份。最後被基安蒂射殺。
楠田陸道
聲優：巖田光央
組織的臥底，為了尋找失蹤的基爾而被組織安排裝病住進杯戶中央醫院進行秘密調查，被識破後開車逃亡途中開槍自殺。
FBI 相關 詹姆斯·布萊克（James Black）
聲優：家弓家正
FBI成員，英藉美國人，高級搜查官，茱蒂和秀壹的上司。為了調查黑衣組織而來到日本。
茱蒂·斯泰琳（Jodie Starling）
聲優：壹城美由希 / 冬馬由美（幼年期）
由於家人被貝爾摩德殺害而加入證人保護計劃，後來成為FBI探員。為了調查黑衣組織來到日本，化名為茱蒂·聖提米利翁，並偽裝成帝丹高中的英語老師。
赤井秀壹
聲優：池田秀壹
FBI探員。槍法極高，頭腦冷靜，被黑衣組織稱為銀色子彈。曾經進入黑衣組織臥底，並成為了階級很高的幹部，代號Rye，在此期間與宮野明美交往。後來被水無憐奈槍擊，目前生死不明。
安德烈·卡邁爾（Andre Camel）
聲優：梁田清之
FBI探員。駕駛技術壹流。兩年前曾在任務時出錯，導致行動失敗，還暴露了赤井秀壹的身份。
世良真純
聲優：日高法子
赤井秀壹的妹妹，帝丹高中2年B班的轉學生，擅長截拳道和推理。對新壹似乎很感興趣。
CIA 相關 伊桑·本堂
聲優：小山力也
CIA的情報員，瑛海和瑛祐的父親。在某次任務中，為了保護臥底組織的女兒瑛海不暴露身份而自殺。
水無憐奈
聲優：三石琴乃
本名本堂瑛海，CIA的情報員，黑衣組織內的臥底（代號：基爾），偽裝身份為電視臺主持人。現與FBI合作並重新回到組織，辭去主持人職務。
本堂瑛祐
聲優：野田順子
瑛海的弟弟，壹直努力尋找失蹤的姐姐，後來知道姐姐與水無憐奈為同壹人。發現了柯南的真實身份就是新壹。希望加入CIA。