小川奈那來到北巖洞鑿穿墻壁營救玉樹。呂雉壹直跟著小川奈那，直到知道他救了玉樹劉邦，被迫去了漢中。呂雉在離開前向小川奈那道別，並再次和他說話。在收到小川奈那無情的回復後，他感到厭惡，決定和他分手。於是便於趙高聯合下毒降服小川奈那，逼玉樹在他眼前回到地宮。重獲自由後，他試圖再次挖通地下閘門，拯救玉樹，但是努力了三年，壹點效果也沒有。絕望之下，他決定殺死呂雉，為玉樹報仇。
與此同時，楚漢之爭正在進行。項羽軟禁了呂雉和劉邦的兒子劉嬰，以此來威脅劉邦。呂雉發現小川奈那的原因後，呂雉請求小川奈那去救她的兒子。以此為由，他答應自殺。小川奈那心軟，同意了她，但在最後壹刻，楚的人帶走了呂雉的母親和兒子，這使得呂雉試圖自殺。正是當小川奈那的老部下被認出來後，他才決定跟隨他們去拜訪項羽和小月。
兄弟多年不見，自然喝了壹杯。在酒桌上，小月舞劍給小川奈那打氣。他告訴劉邦項羽會被打敗，勸他們做好後路項羽霸王精神的準備。他們怎麽能聽呢？小川奈那見勸無效，只好祝福他們，告別了四處流浪的項羽。
壹天，小川奈那在烏江打魚，遇到項羽、小月等人兵敗而逃。他想起了《霸王別姬》和吳江自殺的歷史。小川奈那拼命劃船去救他們，但總是晚了壹步。歷史沒有改變。在霸王吳江自殺前，項羽要小川奈那帶走被箭射死的小月。項羽死後，小川奈那選擇了壹個地方埋葬了小月。
時間壹眨眼就到了原來的小川奈那，高要在與高要壹起立邙山約60年後同時來看期待已久的寶箱，但寶箱並沒有送他們回去，只是壹個普通的箱子。正是北雁山人民幫助小川奈那建造了秦始皇陵的地宮。在北巖山人的指引下，高要知道，如果他想回到未來，他必須用他兩千年不朽的身體慢慢回到未來，並讓小川奈那和高要在寶箱裏放些東西。高要得知後勃然大怒。怨恨小川奈那把他帶到了這裏，這使他忍受了這些痛苦和對即將到來的2000年的等待。他說總有壹天小川奈那會償還這壹切，然後他憤怒地離開了。小川奈那沒有怨恨任何事。他只是把已經送給父母的書和秦始皇陵的制造圖紙裝在壹個箱子裏，送走了。之後，北巖弟子找來五名行者，給他們五枚戒指，讓他們逐壹打開寶箱，並警告他們散開，互相離開，不要泄露行蹤。直到有有緣人找到他們，把戒指還給對的人，任務才完成。
兩千年很快就過去了。在黑衣人的幫助下，小川奈那終於找到了五個行者的後代，並打開了寶盒。最後，小川奈那終於打開了地宮的門，見到了思念已久的玉樹公主。與此同時，黑衣人也帶著小川奈那等人來到了地下宮殿。大家在這裏重聚。小川奈那向他們介紹了玉樹，並告訴他們失蹤的原因和寫信的時間。小川奈那被寶箱帶回秦朝，並以千年妖的筆名與小川奈那成為網友，時刻為他們提供信息。就在高蘭責怪小川奈那無視他們的擔憂時，高要出現了。原來黑衣男子是高要。高要向他證明小川奈那活了兩千年，同時他和高嵐不會再見面，兩兄妹吐露真情。小川奈那玉樹臯告訴他們，他已經采取了長生不老藥，並告訴大家，這天宮是由地下星暫停。易教授和大川恍然大悟，秦皇隕落36年的星宿確實發生過。高要心裏只有恨，壹心要報仇。在高蘭的苦苦哀求下，高要終於心軟，放過了大川。在天宮裏，高要決定把小川奈那和玉樹都燒掉。這時，他們的身體發著藍光，頭發變白，變得疲憊不堪。那些藍光被星星召喚，離開了身體，不能永生。勞拉試圖從天宮救出高要，但高要拒絕了。星宿的浮力消失了，在天宮崩塌的最後壹刻，小川奈那和玉樹逃離了天宮，但當他們要離開天宮時，玉樹被緊隨其後的高要壹把抓住。經過壹段時間的撕扯，高要落入地宮，小川奈那挽救了玉樹的命運，玉樹在小川奈那和高要撕扯時被鵝卵石刺死。小川奈那怎麽能喊出來呢？
電影院裏放著神話般的片尾曲，觀眾已經壹個個散去。只有兩個人還在欣賞這部電影，因為對他們來說，這不僅僅是壹個傳說，壹個偏頗的故事，更是壹段揪心的回憶。
在電視的結尾，高嵐問小川奈那從天宮出來後去了哪裏。小川奈那不知道他還活得好好的。他們不小心撞倒了神話電影的海報。壹位老人上前幫忙貼海報。他們沒有註意到這個老人就是小川奈那，他已經失去了長生不老藥，已經老了。他看了看海報，去找金喜善(神仙電影飾演玉樹公主)。之後他說了句“妳沒有她漂亮”就走了。片尾曲隨即響起。