日美正式開戰是從日本海軍聯合艦隊偷襲珍珠港美軍基地開始的。而這次偷襲是山本五十六親自策劃、部署和指揮的。當時山本五十六知道自己不是美軍的對手，於是決定先發制人，用卑鄙的手段進行突然襲擊，企圖摧毀珍珠港的美國海軍主力。
不過好在當時美國航母沒有停靠在香港，日軍下了很大功夫。雖然取得了暫時的勝利，但未能對美國海軍造成致命打擊。此後，日本海軍乘勢向南太平洋擴張，對周邊國家進行了殘酷的侵略。
珍珠港事件後的第二天，美國正式向日本宣戰。但在日美戰爭初期，日軍占據壹定優勢，甚至用槍把麥克阿瑟打死。但日本畢竟難以承受長期消耗，最終逐漸處於劣勢。
到1943，日軍在太平洋戰場上已陷入頹勢。此時，山本五十六想到了誓死抵抗，想上前線慰問戰場上的將士。結果日軍的行動電報被美軍截獲並成功解碼。隨後，經壹方討論，美方決定將山本五十六斬首，代號為？復仇之劍？。
當時整個行動都是非常保密的。羅斯福總統簽署命令後，美軍挑選經驗豐富的飛行員組成戰鬥編隊。經過精確計算和反復模擬，於4月1943日前往南太平洋攔截並擊斃山本五十六。
經過長途突襲，攔截小組發現了山本五十六乘坐的戰機，並將其擊落。當時山本已經在飛機上被美軍用機槍擊斃，腦部受致命傷，同時左胸有貫穿傷。之後飛機墜毀在壹個小島上，山本的屍體被留下，壹直沒有燒掉。
飛機墜毀後，機組人員仍有重傷，他親自安排山本出場。但由於搶救不及時，他身負重傷，搶救無效死亡。後來日軍在島上發現了山本的屍體，偷偷運回，火化後送往中國。壹切安排就緒後，這件事就向公眾公布了。