PS：以下回答根據您的提問僅僅從第壹、二部的範疇內劇情故事作為依據，神兵系列到後來越來越多，支線故事、外傳、前傳層出不窮，但我認為，第壹、二部，是最為經典的。
問題壹：
在第壹、二部中，南宮問天的特殊能力除了被其外公（天地盟玉法王）植入左臂的天晶綠珠帶來的神力以及天眼破兵絕技。在第二部中，由於其妻鐵心強行將天魔魔珠灌註到問天右臂，天魔的魔力與女媧的神力在問天體內互相抗衡，問天同時擁有了神力與魔力，問天更牽制、融合了兩種強大的力量，創出了“神魔同體決”。另外，神劍子灌註給問天的天晶子劍神力，讓問天在為難之時，全身會自動生成壹副“天晶戰甲”保護問天。天神兵“鳳凰”的甲片在後來的故事中，包裹了問天已停止跳動的心臟，使其重生，而“鳳凰”重生的特性，使得問天在壹定性質上，擁有了不死的能力。這些應該說就是問天的主要特殊能力。至於武功，就不贅述了。
問題二
這部系列作品的男壹號當然是南宮問天，但是隨著故事的發展，我們會發現在後來出現的很多男二號、三號..也有著許許多多屬於自己的愛恨情仇，他們的故事、他們給人的深刻印象，並不亞於男壹號問天。當然，我很能理解妳的想法，當然認為男主角的光芒不應該被其他角色所蓋過，其實這壹點妳完全可以放心，如果說第壹部中問天只是壹個從北冥山莊的夥頭出身的壹個不經世事的毛頭小子，那麽在第二部中隨著他身世的揭曉，以及種種歷練，他已經儼然成長為壹代宗師。玄天邪帝是壹個充滿悲情人物，大羅剎宗宗主追求的只是武學的巔峰，燕王的壹生充滿傳奇色彩，最後還是困於情字。而南宮問天比起其他的角色，他身上的包含的感情色彩更加復雜，他的歷練經歷更加跌宕起伏，作為主角中的主角，在人物各方面的刻畫上，也是最完整、豐滿的。
問題三
問天壹***有兩個妻子，鐵心，和北冥雪。毫無疑問，他們倆對問天的感情，都是忠貞不二的。鐵心離開問天入魔後，曾經和玄天邪帝生活了壹段時間，兩人之間雖然有壹種說不出的情愫，但是我認為，在鐵心心中，最愛的人，還是南宮問天。邪帝喜歡鐵心，但是最後依然沒有被鐵心接受。北冥雪與問天青梅竹馬，心中自然只有問天壹人，牛郎、西城秀樹都喜歡過北冥雪，但在北冥雪心中，他們兩是根本比不上問天的。北冥雪在鐵心遺下南宮太平離開之後與問天成親，雖說問天對北冥雪的愛比不上鐵心的壹半，但是也算是終成眷屬，但是問天與鐵心的情愛，卻始終不能隨願。
問題四：
南宮問天始終是整個故事的主角，這是毋容置疑的。作為他的兒子南宮太平，在只是胚胎時，就已經被天魔的魔性影響，所以他沒有南宮問天的王者仁心，他的性格中蘊含的更多的是壹種冷酷和無情。誠然，要達到純粹武功的至強，沒有憐憫以及寬容的心，或許在某種程度上來說是必要的。這壹點上，也許南宮太平的武功在將來會超越他的父親南宮問天，但是，作為壹個真正的強者，這是不夠的。這裏可以打壹個不甚恰當的比方，妳看過李連傑的精武英雄吧，南宮問天和南宮太平或許在某些方面，與電影中的船越龍夫和藤田剛很相似。在神兵系列作品中，其實並沒有“最厲害”這個說法，對於南宮太平變成後來故事的主角，只能說是故事的中心更多的圍繞他展開比較合適。
鐵心自始至終並沒有和玄天邪帝在壹起。
第壹部主要圍繞天神兵“虎魄”重現人間，武林紛紛出動爭奪這把神兵展開故事，各大角色陸續登場；而第二部，側是將第壹部人與人的戰爭，演變成了人與神、人與魔、神與魔之間的戰爭，很多在第壹部中對某些角色的刻畫，在第二部中隨著劇情的延伸往往有著天翻地覆轉變。毫無疑問，問天依然是主角中的主角，只是根據劇情需要，不同的篇幅，故事圍繞不同的角色展開罷了。
神兵系列作品，還是非常精彩好看的。在上面的回答中，很多地方我沒有根據劇情詳細的給您作出詳盡的描述回答，只做籠統的回答，也意在保留壹些懸念以及精彩之處，如果您在將來決定將這部優秀的作品仔細欣賞，我相信會有更多的驚喜以及收獲。
以上回答難免帶有個人主觀看法，歡迎指正。祝快樂。