電影劇情詳細介紹:
在博格廣場上，皮卡特上尉正等著被同化。當探針快要刺穿他的眼睛時，他醒了。他想起了六年前自己被同化的事件。皮卡特上尉洗了把臉讓自己清醒過來。沒想到，壹件樂器突然從他的臉頰上出現。他醒了，這次他真的醒了。艦隊指揮官發來消息說博格人襲擊了。
星歷50893.5，星際艦隊派出了幾艘星際飛船對其進行攔截，甚至連深空中的反叛者9號也被派回幫助，但企業E號（新企業）被命令留在中立區，以防止羅慕蘭人趁機制造事故。事實上，因為皮卡特船長已經被同化了，艦隊並不相信他。
又來了壹條信息。星際艦隊損失慘重，博格方塊繼續飛向地球。皮卡特上尉決定違背命令飛回地球。他希望如果有人反對，他可以先提出來，百科全書幫助每個人做出決定——去他媽的命令。
企業號終於抵達，艦隊損失慘重。就連沃爾夫指揮的叛軍也失去了所有權力。企業營救了叛亂的幸存者，並開始全力反擊。因為皮卡特船長曾經被同化過，他非常清楚博格方塊的弱點。他命令其他仍能攻擊的船只包圍它。博格方塊無法抵抗，壹個球從裏面飛了出來，博格方塊爆炸了。皮卡特隊長隨後下令追球。
球體創造了壹個穿越時空的時間漩渦並回到了過去，企業號緊隨其後。這時，企業的保護罩已經失去了作用。當企業號到達時，它看到球體正在攻擊地面上的蒙大拿導彈基地。企業號發射光子魚雷炸毀球體，並找出了正確的日期“2063年4月4日”。這壹天是翹曲引擎的發明者傑弗裏·科克雷博士進行首次試飛的前壹天，因為地球已經擁有了這項技術。
企業號上的軍官被派往地面，以確保第壹艘曲速飛船鳳凰號是否完好無損，並希望科克倫博士仍然活著。在鳳凰號附近，皮卡特上尉和百科全書突然遭到襲擊，但襲擊者立即暈倒了，因此醫療官將她帶回了醫務室。這時，沃爾夫報告說企業號上壹些地方的溫度已經上升到39.6438+0度，這是博格船上的溫度。
皮卡特上尉留下中校·裏克和戴安娜繼續尋找科克倫博士，並派喬迪帶壹些人去修理鳳凰號。他和百科全書回到了船上。這時，他想到當保護罩失效時，壹些博格人可能會被送到企業。皮卡特上尉命令百科全書鎖定武器系統。他不希望博格人使用企業號的武器繼續攻擊地面。
他們開始想辦法對付博格人。百科指出，只要冷卻箱壞了，冷卻劑漏了出來，博格人壹接觸就會癱瘓。沃爾夫還改進了壹些可以改變頻率的槍支，使博格人無法適應，但次數有限，所以他們仍然使用較少。這時，醫務室即將遭到博格人的襲擊，於是醫療官叫醒了地上的病人，並與其他軍官壹起逃離。在逃跑過程中，病人離開了隊伍。
二樓
在通往引擎室的過道上，百科全書不幸被博格人帶走了，許多人被同化了。當他們無法抗拒時，他們開始逃跑。這時，皮卡特上尉再次遭到襲擊。原來是地上的病人。皮卡特上尉解釋說他是來幫忙的，但她不相信。皮卡特船長告訴她，她現在在壹艘宇宙飛船上，但她希望盡快回到地面。皮卡特船長打開了窗戶，她不得不相信她已經放松了警惕，並介紹了她的名字——莉莉。
在地面上，中校·裏克和他的團隊最終找到了科克倫博士，但科克倫博士似乎不相信他們所說的話。直到喬迪改進了科克倫博士的望遠鏡，向他展示了企業，他決定盡最大努力完成他的工作。
百科全書被帶到引擎室進行同化。他遇到了壹個能向指揮官下達命令的博格女王。博格女王幫助百科安裝了壹個真實的皮膚，並啟動了他的情感芯片。博格女王告訴他，如果他願意幫助她，她將實現他成為人類的夢想。
為了了解博格人的進壹步行動，皮卡特船長不得不從博格人那裏拿到壹臺錄音機。他把壹些博格人騙進了全息甲板，並解除了全息甲板的安全系統。他開始用槍向博格人射擊，他想報仇。他大叫著舉起沒有子彈的槍向死去的博格人打去。直到莉莉阻止了他，皮卡特船長才醒悟過來。
知道了博格人的下壹步行動後，皮卡特船長開始阻止它。原來，博格人想把企業號上的彎沈儀改成信標，以便與當時的博格人取得聯系。在皮卡特船長、沃爾夫和舵手霍克成功地從船艙外阻止了博格人之後，博格女王決定改變計劃。這個時候百科已經有了壹大塊真人皮膚，看來百科已經被博格女王控制了。
地面上，壹群人正在幫助修復鳳凰號。因為科克倫博士是歷史名人，當他經過時，每個人都會看著他，軍官們會特意過來和他握手。就在喬迪告訴他這個地區將成為壹個博物館，並將有壹個科克倫博士的雕像後，他忍不住了。他決定逃跑，但他很快又被找到了，並不情願地回去繼續他未完成的事業。
船上的人繼續抵抗博格人，但所有的武器幾乎都沒有用。沃爾夫建議棄船，但皮卡特船長仍想繼續戰鬥。他還稱沃爾夫是個懦夫，想炸掉船逃跑。沃爾夫憤怒地離開了。莉莉看不到過去，所以她去找皮卡特上尉商量。莉莉告訴皮卡特船長博格人傷害了他，現在他想報仇。她在全息甲板上時會知道的。她還以《莫比迪克》中的亞哈船長為例。亞哈船長不知道什麽時候停下來，最後船失事了。皮卡特船長恢復了理智，下令棄船並向沃爾夫道歉。
在所有員工從企業撤離後，皮卡特船長留了下來，因為他想拯救百科全書。他獨自前往引擎室，希望博格女王可以用他交換百科全書，但百科全書不想去，因為他已經接受了博格女王的命令。皮卡特船長是由其他博格人扮演的。博格女王命令百科全書解除武器系統，打開飛船外的場景。鳳凰出現在屏幕上。博格女王要求百科全書發射光子魚雷炸毀鳳凰城，並和皮卡特船長壹起看著妳的未來完蛋了。
我看到光子魚雷接近鳳凰號，但沒擊中。光子魚雷飛過鳳凰號。博格女王看起來很震驚，百科全書對她說:反抗是沒有用的。原來他壹直在假裝被控制。他打破了冷卻箱，冷卻液立即溢出，充滿了整個機艙。皮卡特船長爬到高處而沒有受到影響。這時，所有的博格人都癱瘓了。
第壹次曲速飛行如期完成，傍晚時分，外星人終於來訪。當瓦肯脫下鬥篷時，他做了個手勢:“無盡而繁榮。”科克倫博士無法理解這個手勢，所以他不得不與他握手並表示感謝。
由於月球的引力，外星人沒有發現企業號的存在。喬迪找到了穿越時空回到未來的方法，皮卡特船長下令返航。