故事的導火索是安室透（本名降谷零），他的真實身份是日本公安警察派往黑色組織的臥底，被誤認為是？殺人？囚犯（監察室檢察官）的合作在231進行，這使囚犯對公安的處理感到不滿。他認為公安機關沒有執行他認為的正義，因此他對公安機關進行了壹系列網絡攻擊（包括最初的爆炸）。爆炸自然需要調查，但由於是自爆，很難定性為刑事案件。所以公安來抓毛利小五郎，目的是讓柯南調查此事，而安室透不必暴露自己的身份，也是為了測試柯南的能力。與此同時，警方還派出了？合作者？律師奧蘭治·紫晶負責處理毛利控制的案件。後來犯人為了救毛利觸發了網絡攻擊，還計劃最後控制衛星？天鵝？打大都會警察局，讓公安面朝地板。當囚犯最終犯罪時，他被柯南和顧江抓住了，與此同時，羽田在231年挺身而出（通過阿笠博士的合成形象出現在大都會警察局，但實際上他在醫生家）以防止情況惡化。但是呢？天鵝？並沒有因為不可抗力而停止，並預言要撞上人們避難的遊戲塔，然後是動作片？薛蝌嗎？手術拯救生命。
值得壹提的是，最後壹場賽車現場，安室透真的很帥！友情提醒，打算去看的朋友壹定不要對傳統推理抱有太大期望。如果他們想看推理，他們應該看電視版。劇場版是關於大場面、爆炸、動作、賽車和柯南的足球特技！當妳把它當作科幻電影來看時，會有意想不到的驚喜！而走進電影院觀看《零之執行者》的朋友，至少有壹半是沖著這三重身份去的！