首先，生產過程不同
1.籽棉生產工藝:棉纖維是農民直接從棉花植株上采摘下來的，棉纖維沒有與棉籽分離，是沒有經過任何加工的“籽棉”。
2.皮棉生產過程:對籽棉進行軋棉，從棉籽中分離出來的棉纖維稱為“皮棉”。
第二，應用不同
1.籽棉的應用:籽棉的副產品也有壹定的用途。籽棉經過軋棉機處理，從棉籽中分離出棉纖維。分離出來的棉籽稱為毛棉籽，毛棉籽上有少量的短纖維，利用價值很高。
2.皮棉的應用:皮棉的清洗在20世紀90年代才在中國應用，尤其是在機采棉的加工中。由於籽棉雜質含量高，皮棉的清選成為必不可少的環節。
籽棉用途:
棉農采摘的棉花叫籽棉，加工後去掉棉籽的棉花叫皮棉。棉花產量通常指皮棉產量。籽棉與皮棉的比例為10:3，即每10噸籽棉可加工成3噸皮棉。
籽棉的副產品也有壹定的用途。籽棉經過軋棉機處理，從棉籽中分離出棉纖維。分離出來的棉籽稱為毛棉籽，毛棉籽上有少量的短纖維，利用價值很高。壹般毛棉籽要進入脫皮車間進行脫皮(用作種子的棉籽除外，上面的短毛要用化學方法處理)。
根據工藝要求，由摘棉機剝出的棉短絨可分為I型絨、II型絨和III型絨。I堆用於造紙(如硬幣紙)，II堆和III堆用於化工生產膠片和軍用無煙火藥。剝好的棉籽稱為光籽，加工後可用作牲畜的飼料和栽培食用菌的基料。