首先，影片講述了地球聯邦軍隊在壹顆小行星上的基地遭到了蟲軍的攻擊。襲擊“艾麗夏”號的官兵奉命前往小行星營救幸存者，但當他們抵達基地時，發現那裏壹片狼藉。超能力戰略的重要官員卡爾·詹金斯(Karl jenkins)強行把戰艦約翰·沃登(JohnAWarden)的指揮權抓到自己手裏，帶著神秘的使命先行離開，而戰艦的艦長——約翰尼·裏克的老熟人卡門(Carmen)則被留在了破敗的小行星基地。
其次，當基地被炸毀時，士兵艾麗夏救出了被困的卡門和基地所屬K-12小隊的幾名幸存者。幸存者中，原K-12小隊隊長亨利因反抗詹金斯的命令而入獄。這些熱血男兒必須盡最大努力尋找失蹤的戰艦約翰·A·沃頓...
最後，保羅·範霍文的《星際艦隊》在那壹年並沒有取得很大的票房成功，但後來，它在影迷中口口相傳，成為了壹部邪教經典。這次索尼將其改編成CG漫畫《星際艦隊:入侵》，也是針對這群鐵桿粉絲。