重案組與鑒證科眾好友在野戰場打Wargame期間，突然有人通報場內有人中槍死去。眾人立即出動，梁小柔與下屬表露身分封鎖現場，法醫古澤琛檢查中槍倒地的人士，發現他已因大量出血死亡；高彥博則與同事開始搜集證據。調查時竟在場的另壹處發現有小醜打扮的人中槍昏迷。博留意到烏蠅不尋常地成群飛往遠處，追查下發現竟有人死在捕獸籠中。此時毒品調查科的高級督察馬幗英出現，指死者正鴻與大規模毒品交易案有關。中槍昏迷的傷者葉誌文蘇醒過來，更證實與中槍死者陳子成不認識。琛與林汀汀佳期將至，琛更用各種方法討汀歡心。柔查詢正鴻工作上的事項，卻被富豪戴貴搶白壹番。馬幗英突然出現，更阻止柔拘捕貴歸案。
第二集
柔收到鑒證科來電，說正鴻家中發現的棒球棍上有英的指紋，懷疑英與此案有關。博看到汀與小剛等人玩高頻鈴聲遊戲，令他聯想到有證人在案發場曾聽到高頻聲音產生耳鳴壹事琛推測聲音來自狗笛；博因此尋獲改裝過的兇槍。最終鑒證科證實了彈頭帶有的物質，成弗N兇手拘捕；但兇手卻只承認殺死野戰場內其中壹人。沈雄通知柔在正鴻身上另壹組血是屬於艇仔東，但英捷足先登，從東口中知鴻之死可能與另壹毒品拆家石頭勇有關。琛突然收到包裹及恐嚇留言。貴在會所遭殺手放置手榴彈，壹名青年楊逸升出現及時阻止爆炸。
第三集
警方趕到，博見升十分冷靜，極欣賞他的膽識。該年輕人楊升安全地引爆炸彈，琛見此也松了壹口氣，因二人是多年好友。汀見琛不停地為自己制造驚喜，決心努力學煲湯水答謝他，更在柔面前大贊未婚夫的浪漫。博約柔到曙U吃飯，柔以為博會向自己求婚可惜只是誤會壹場。英到猩猩吧調查，得知最近有大學生因服食正鴻所賣的丸仔而失控，沖出馬路被撞死。英離開時發現有人路祭，覺該人甚眼熟。博取得兇案當天的雨量分布圖，證明誌文說謊。英要求跟柔等人聽取誌文之口供；此時博趕至說另有內情。
第四集
英見正鴻的死已水落石出，找柔幫忙買新的棒球棍，代正鴻送給兒子作生日禮物。琛找升陪同買水晶石貼上運動鞋送予汀，卻發現紋身貼紙，聯想可找紋身師九紋龍查問有關炸彈殺手手上紋身圖案之事；最終二人合力將炸彈殺手繩之於法。英收到線報貴將作毒品交易，欲跟蹤貴，但遭妙娜無意中破壞。貴順利交收毒品，更在英面前耀武揚威壹番。博與英追查由印尼來港的貨櫃，英順利在元朗大破貴籌劃的毒品交易；當貴逃走時遇上汀與柔，而混亂中汀發現貴的房車底裝有炸彈。炸彈爆炸時汀走避不及，琛趕至發現未婚妻倒在地上……
第五集
汀、柔緊急送至醫院搶救，柔受傷昏迷，汀卻已返魂無術。英立功與母麗玲相約父親壹同慶祝，卻被綺芬搗亂當場，弄至不歡而散。琛深夜到婚紗店看他自己與汀的之結婚照，終決心要為汀討回公道。鑒證科經調查後，懷疑兇徒以手提遙控引爆炸彈。博從爆炸組得知可從炸彈的電池上搜集兇徒的指紋，博在離開時遇上升，升向博提出欲加入法證科工作。柔突然蘇醒，得知自己傷勢嚴重，情緒低落。英被調到重案組工作，雄等大感不滿。沛沛與立仁從美國回港參加汀的喪禮，博安慰沛，卻被仁誤會二人舊情復熾……
第六集
仁沖動過後感後悔，求沛原諒自己。柔心急做聽力測試，發現其中壹只耳朵損害嚴重不能復原。升正式到法證部工作，博在證物上找不到完整的指紋，升提出只有較大面積的電池碎片上才有機會發現指紋，更想起電池碎片有可能在壹小女孩的毛公仔上，終找出疑兇王彪。英等人到彪家搜查，卻發現他已死在浴缸內，英從彪身邊的人展開調查，發現啤酒妺玉嬌有可疑，要雄等跟蹤她。沛與仁到醫院探望柔，仁見博觸碰沛之肩膊時，又再情緒激動。琛突然收到來電說訂了蟹宴，原來是汀生前預訂。英追蹤到有從公眾電話亭打出的電話，懷疑是勇打給嬌。
第七集
英成功拘捕勇，嬌怕自己坐監，說出勇是殺人兇手，勇否認殺人反指嬌誣告自己，琛及時趕到拿出牙齒倒模，證實誰是兇手。琛與升在槍會中偶遇英，英匆忙間遺失了重要的筆筒，卻被升在隱閉處找到。博接柔出院，遇上沛與仁去看病，仁看到博觸碰沛時按捺不住出手打博。仁經檢查後證實腦內有腫瘤，因此令情緒失控。柔出院後鬧情緒，博送上早前預備的戒指求婚，柔認為博是同情自己而拒絕。沛決心與仁***同面對疾病，仁卻變得情緒低落，沛突然收到仁的短訊大感不安，未幾即收到消息指仁墮樓身亡，琛卻發現他可能是被殺。
第八集
琛提議由重案組接手調查仁死亡的真相，升在現場拾獲仁的銀包，卻失去手上介指。博知沛不如英想象般堅強，勸英代為安慰她。琛在仁胃內發現湯圓殘渣及指甲內藏有少量暗瘡膏。柔終接受現實，重新收拾心情與博***晉晚餐，令他放下心頭大石。柔回重案組，知道眾人對英偏見未解，欲助她解困局。英鎖定案發現場附近的糖水店可能找到兇手，雄果然在閉路電視看到仁死前曾光顧，更有兩男子尾隨仁離開糖水店。升檢驗其中壹人留下的東西，證實是暗瘡膏，更顯示出兇手是壹個有暗瘡及脫發的成年人，英迅速地捸捕兇手。
第九集
沛見仁之死已水落石出，決定回美國生活。娜向升與琛說將調任到西九龍警區工作，可與英拉近距離。娜上班第壹天，便拿秀娟制作的拿破侖蛋糕到重案組作見面禮。英到娜家拿取外賣小菜時遇上了升，升自動請纓為英將食物送到車上。二人巧遇芬，英無心之失令芬跌破水晶擺設，芬借機大罵英。柔轉調到刑事紀錄科工作，博為鼓勵她特送花給柔作賀禮。有交通意外發生，博到現場搜證，博無意中聽到貨車司機建安的口供，與現場證據有所出入。建安指貨車沒有超速，更曾響號示警，但女途人沒有避開，博從報告中懷疑有人作假口供。
第十集
博根據貨車司機兩父子的口供，猜想死者死前聽不到貨車的響號聲。琛運用死者傷口證據，再配以電腦制作出模疑片段，終得知真相。芬到西餅店買蛋糕，因紙幣真假而與店員起爭執，雄欲調停，卻被芬誣告他說粗話，更到警察投訴科投訴他。因雄對英有偏見，認定她不會幫助自己。雄在柔面前發泄不滿，盡說英的不是，誰知英主動找投訴科為雄求情。英為雄的事到餅店調查時卻遇上柔。英從買西餅的母子口中知道雄並沒有說粗話。柔與英更因此事成為朋友。雄回辦公室對英態度改變，眾同事大感奇怪。配水庫發現骸骨，博等人檢證後發現死者死去已超過十年；琛把死者牙齒及頭骨倒模並合，發現與十年前認識的黑幫老大十分相似。
第十壹集
法證科查出配水庫死者是琛與升十年前認識的喪狗；英得悉喪狗死前曾被毆打，因此琛與升均有殺人的嫌疑。琛突然收到壹個名為「Witness」的勒索電郵，更附有當年琛與升打喪狗的照片。琛與英安排交錢當日拘捕犯人，成功找出犯人馮添；他原來是喪狗太太楊鳳請的私家偵探。添證實當年升與琛並無殺死喪狗，但亦否認自己殺死他。柔向英提供資料，指喪狗與王德培應同是火龍拳館的會員。英母玲知升與琛熟稔，表示自己是琛的書迷，想請琛回家吃飯。英大方地邀約眾同事到家開大食會；眾人高興之際，玲突然感到不適。芬亦因兒子國宏的酒樓被查封而到英家大吵大鬧。
第十二集
玲送院證實只是食物中毒，英松壹口氣。濤回家責怪宏沒有牌照就經營食肆，芬代子出頭反指玲博濤同情。英查出培另開拳館遂上門調查，英見拳館女職員態度慌張，憑手上特征知道她是喪狗太太鳳。鳳指出喪狗當年曾因淫人妻而收恐嚇信，更將收藏起的相片與恐嚇信交予警方。英把修復的相片交給添認證，他指出是喪狗常到的時鐘酒店；英調查時更找到當年的煙灰缸，把它交給法證科查驗。博發現煙灰缸原來是寫書法時常用工具。英從上面的刻字在網上查到「妙雲工作坊」；她發現工作坊的主持人妙雲是與喪狗到賓館的人。
第十三集
博把恐嚇信與雲的丈夫誌輝所寫的書法對比字跡，發現是同壹人，英因此把輝扣查。輝終說出秘密，但過分激動而要送院。博見柔為小剛學拳擊壹事在網上找資料，無意中發現喪狗在網上的拳擊比賽片段。博得知拳賽是喪狗死前壹天，而喪狗更被對手打脫了壹只牙。博最終查得殺喪狗的人應與他有血源關系；英從鳳得悉喪狗並沒有子女。輝證實患上旱見疾病，雲要兒子正基到醫院檢查，正基豫疑。英推測基可能是喪狗之子，雲極力否認。琛找出基的小臼齒與喪狗倒模的小臼齒是壹樣；基惟有說出當年遇見喪狗的經過。
第十四集
重案組連破多件大案，眾人均欲輕松壹番；英決定出錢請眾人去燒烤。英找琛查詢資料，見他帶著水晶波鞋鎖匙扣，琛坦言是汀汀為他所制。英到書店買書時，不其然勾起傷心往事，卻被升遇見。廢屋中發現女屍，經法證及琛的初步估計，死者王妙嫦是傷殘人士，更發現全身有被虐打的痕跡。博等從輪椅上及衣物上發現壹些拜神用的衣紙、香灰等物質。兩老不斷向柔與博催婚，博再乘機求婚，柔終答應。康與心怡到案發現場調查，查問路過的小女孩時得知附近有佛堂；而康更發現可疑男子鄧吉，將他帶回警署問話。
第十五集
柔查看女傷者時卻遭兇徒從後襲擊，鑒證人員在後巷發現指紋及掌印，升亦發現衣物纖維。雄查出死者美琪是聾啞人士，死前曾到發型屋剪發。雄查問當日為琪剪發的Ricky卻壹無所獲。英帶柔到案發現場重組案情，柔記起兇手的說話與特征。英推斷兇手對傷殘人士特別憎恨，亦可能是理發師。英再次探望柔卻巧遇升；升趁機邀約英去音樂會。英在街上被人搶劫，雖及時拘捕犯人，但發現遺失了心愛的原子筆。琛見英悶悶不樂加以開解，英說出當年自己刻骨銘心的壹段情。升致電給琛問餐廳資料，琛無意中發現英的筆在他的坐駕內。
第十六集
琛趕回警局找英時，看見升與英同行，知升欲追求英。晨運人士在碼頭發現屍體，琛證實死者何廣福是被人從後割喉失血致死。法證在死者身上亦找到紫色纖維，更查出皮屑的DNA是與殺琪的兇手相同。博被酒吧內電話玲聲驚醒，發現眾人可能把調查方向弄錯，要求復檢證物。雄等人接獲通知到壹中藥醫治頭皮的診所調查，英從推測到兇手可能是診所職員。英到疑犯耀忠家搜查，雄在屋內更尋獲壹對母子假人，英認定忠可能是變態殺手。英拘捕忠，但他卻不肯說話；雄調查後得悉忠在短時間內喪失妻女，更成功找出令他開口作供的方法。
第十七集
柔因變態殺手壹事想推遲婚期到外國讀犯罪心理學；博得悉柔心意後表示支持。眾人為柔歡送道別，令她感動不已。娜與怡逛商場時遇上名歌星郭曉琳舉行義賣，娜大破慳囊買下頸鏈找琳簽名，琳送上演唱會門票作為答謝，兩人大贊琳有愛心。琳從村屋走出，滿頭鮮血受傷倒地。英等奉命調查此案，博亦到現場搜證。博從鞋印推斷案發時有人從後追趕琳。淑媛發現屋內有染血的玻璃碎片，更不小心把其中壹塊割傷雄的手。英到醫院查問琳，發覺琳的經埋人手上有傷口，說話間更有所隱瞞。博等發現血液樣本中其中壹組有異常反應。
第十八集
淑媛說出雄曾被玻璃割傷之事，更通知他驗血；雄發現初檢結果無事時松了壹口氣，但被通知要在三個月後復檢，心情即跌至谷底。娜將娛樂雜誌給英看，證實經理人Jackie曾以短訊恐嚇琳。Jackie指琳因出賣他才會發恐嚇短訊。博從證據中發現琳隱瞞了很多事情。秀娟在海味店遇上麗玲，麗玲得知她是升的姑姐，相邀壹同回家吃飯，麗玲更教升追求英。娜自從知道琳並不是她所想般善良，連有她的簽名首飾盒也放棄；升看到琳寫在盒上的字跡與樂譜不同，深感奇怪。英到醫院找琳，遇上家樂送曲譜給琳，琳怕英知真相，竟說不欲追究事件。
第十九集 >>法證先鋒2全集視頻播放<<
琳見記者拍下她與英針鋒相對的照片，對英更加不滿，拒絕將受傷的實情說出。雄等人查出琳與樂其實早在歌唱比賽中認識；英向樂問話，樂怕琳會再被兇徒襲擊，只好說出琳之目的。升約友人北上打高爾夫球時，英來電相約看話劇，升壹口答應。但升遇上玲要回廣州，卻發現她不適，決定陪她到廣州。升與玲回港時升更因救玲而弄傷手。玲通知英到醫院，升亦借機向英表白愛意。博見升跪在地上的姿勢，終明白琳家地毯上的印記是怎樣造成。博與琛通知英有新發現；升認出疑犯是在滅蟲公司工作，眾人找她協助調查，終於得出壹切真相。
第二十集
琳醉酒駕駛遇上意外被送醫院，博開解琳令她改過自新；樂到醫院邀她壹起同往臺灣發展。雄見媛送花又禮送物，懷疑媛喜歡了自己。宏的酒樓得新合作夥伴誌偉的幫助，生意日漸上軌道；酒樓部長廣昌不慎弄汙芬，芬竟要宏把他辭掉。宏到酒倉試酒時遭人綁架。芬接獲電話要求三千萬贖金，濤提議報警，芬反對到保險箱拿首飾變賣。芬離開銀行時被人拖入後巷毒打，幸遇上偉。芬回家見丈夫已通知英等人。綁匪致電安排交贖金，英安排偷聽器。綁匪指示濤跳入水中取電話，欲擺脫英追蹤；為救兒子濤不惜按綁匪要求撞車受傷。
第二十壹集
升送英回家時，英終承受不了壓力與疲累而伏在升懷內哭泣。為不想母親擔心，並沒有向玲說出濤入院。升從證物中驗出有火鍋料的成分，博及琛到火鍋店查探。博扣留泊車人創業問話，知他曾為抽水哥偷車。木屋發現屍體，警察證實死者為鄭軍，博懷疑與宏被綁架案有關。英收到博的消息後，要同僚盡快找出另壹疑犯大佬昌。英終找出大佬昌，原來就是部長昌；昌承認找人毒打芬，但沒有綁架宏。昌更指酒樓的豬肉供應商也曾與芬發生爭執。英與博再到酒樓查問，博發現偉竟以宏的辦公室接見他們，更發現他私自拆閱給宏的包裹。
第二十二集
英趕往醫院欲向芬作忠告時，偉卻出現。英怕打草驚蛇，只好要怡看顧芬。綁匪把宏的手指切下送給芬，英要求驗證但芬不肯交出；英堅持這樣才能證明宏的生死。博與琛證實宏的手指是在活人手上切下的，更在手指上發現壹些物質。博指手指上發現的油漆，是從外國進口的產品。濤心臟病發，英要醫生安排她驗血，升提議英通知玲。芬突然胃痛，玲要怡代她往買鮮奶止胃痛，但怡回來時卻只見玲壹人。原來偉已帶芬往銀行提款，更按綁匪要求帶她去交贖金救宏。英派偉勝等人到貨倉救宏，自己則趕往找芬，可惜她卻只聽從偉的指示行動。
第二十三集
芬終放下成見向玲示好，終承認玲與英身分。住宅大廈發生爆竊案，看更奇叔被人打至重傷送院。博調查時在衣櫃中找出壹暈倒小孩。少婦燕瓊回家，發現金表與現金均被偷去。瓊見前夫忠泰出現，指他是賊，泰反指瓊偷走其金表。博證實門有被鐵筆撬過的痕跡，而警方亦從泰身上查獲鐵筆。瓊落口供時說出曾遺失匙包，更留下兒子獨自在家，而自己則上深圳按摩。泰指瓊到他家拿鎖匙，更不問自取他的金表，所以才上瓊家找晦氣。升與琛壹起到球場回憶兒時片段；但琛在早上發現遺失了汀送他的波鞋鎖匙扣。
第二十四集
博化驗水中有護膚品物質，英記起瓊男友浩南是護膚品推銷員，逐懷疑他有犯案。英帶南錄口供，但他卻拿出證據證明自己不是竊匪。警方收到奇叔死去的消息，傷人案頓成兇殺案。莫又再指管理處遭人爆竊，博發現有人把閉路電視位置轉動過，因此看不到是誰所為。升搜集到耳穴治療用品，博見看更福有耳穴貼，福否認犯案更表示耳穴貼是球叔介紹他用，英到球家查問。球叔承認爆竊管理處，英按球叔指示尋獲鐵筆，升在鐵筆上發現血跡；驗證後發現是殺害奇的兇器。球叔因此被控爆竊及殺人，但英知球是個老好人，沒有行兇動機。
第25集
琛找出證據證明球並不是兇手。升發現瓊曾失去鎖匙包，之後有人拾獲交回管理處。當英回到管理處翻查失物記錄簿時，卻發覺已遭人塗改。瓊聽到兒子要交給社會福利署照顧時，竟毫不關心，博對瓊好言相勸要她對其子多加關心。琛的小說《最後壹塊骨頭》被富豪曹世川看中，欲將它改編為電影，琛大學時期的師妹李蕎從中穿針引線，約琛洽談劇本。蕎介紹秀冰給琛認識，更暗示她將成為新片主角。英帶濤到醫院檢查時，聞得有法醫內被狂徒脅持；博覺英的舉動奇怪，要琛不要讓英有所誤會。琛與蕎看冰的試戲片段時，助手Rosa發現冰猝死在影棚內。
第26集
英看錄影片段時，看見冰曾痛苦地按覑心口，英懷疑她死於心臟病。博等人到冰家搜集證據，發現冰是死於慢性服毒自殺。雄約媛到家中吃貴價和牛餐，二人終發生關系。蕎到警局找琛晚飯，欲介紹女星芊與倩給他認識。妮約見蕎，把手機中的短片給蕎看，以此要脅蕎帶她見琛，蕎無奈答應。妮找蕎，要求讓她做新片的女主角，蕎惟有答應盡力。蕎利用倩貪心的本性向川打小報告，終決定改以妮為女主角。新片開鏡，倩、芊與妮三人各出奇謀爭取曝光，芊與妮聯手氣走了倩。拍攝期間妮突然失蹤，後來被人發現她死在平臺之上。
第27集
英到拍攝現場，證實妮是從二樓跌下致死。雄向芊錄取口供時，芊承認與妮是好友，但案發時正與男星Tony在房內偷情。博詢問倩有否到妮房，倩最終承認曾向妮的衣服潑咖啡泄憤。茶水阿姐說出曾看到蕎在妮死前曾與她爭執，英看見蕎手上有傷痕，懷疑她殺死妮。博發現妮手機內的壹條短片曾被人刪除，英要求盡快復原，才可證實蕎殺人。小柔提前回港，卻發現芊出現在博家；博解釋芊以壹宗奸殺案作要脅，迫他向琛推薦她。英趕不及修復短片，只好放走蕎。短片終修補完成，證實為男女偷情片段，英找片中人澤群調查，群說毫不知情。
第28集
蕎再次被捕，她終說出事件的來龍去脈，但卻否認殺死妮。英找蕎時遇上群，他說出在妮被殺之時，蕎在他任教的大學內阻止他自殺。琛被奉召到壹別墅辦案，見蕎已早到壹步；原來倩死在川的別墅之內，蕎趕至為他打點。蕎得知川中毒入院，立即趕往醫院。英與博壹同趕往醫院向川錄取口供，蕎再以法律的灰色地帶阻撓英。川聽取英的意見後，只好承認倩死前是跟他在壹起，但當他吸毒品後，已發現倩死在床上，博亦證實倩是中山埃毒而死的。蕎收到群自殺死去的消息，把悲憤發泄在英身上，令升誤會英與琛有私情。 ?
第29集
升想買新筆給英，琛無意中說出英的往事，升才驚覺他更了解英。英向Rosa查問有關倩的事情時看見化妝間的礦泉水，立即拿去化驗是否有山埃成分。英認為倩可能錯拿了芊的禮物包，事實上兇手的目標可能是芊。芊被兇手跟蹤回家，雄趕至只見芊已被兇手刺傷倒地。升與英追截兇徒，但眾人遇上交通意外，兇徒死在車內，升與英則被困車中。博與英探望昏迷的芊時遇上Rosa，Rosa說出海曾救芊壹命，不明為何會殺她。博調查後證實海是長期病患者，兇手應另有其人。眾人到娛樂公司翻看芊與妮當年參賽的錄影帶，博發現了可疑人物。
第30集
真兇把英引上天臺，更把真相壹壹揭露；正當英想拘捕兇手之際，竟被兇手逃脫。升想向英求婚，請琛陪他到遊艇上布置裝飾，升突然發現琛坐的椅下藏有計時炸彈。升沒法將炸彈拆除，兩人決定逃走，但升走避不及被炸至重傷昏迷。雄查出兇徒在婦科診所搗亂，英回想起兇徒曾確實表示自己懷孕，小柔指出這是壹種心理病。英決利用傳媒發放她有身孕的消息，以引兇徒出現。英等候多時正想放棄之際，兇徒竟到警局把英迷暈。小柔在廁所發現英的證件知她出了事。眾人在天臺上找到受傷的英，兇徒正欲與英同歸於盡……(大結局)