為了主宰宇宙，宇宙海盜迪恩找到了魔法石，並用它入侵了大蛇。在與迪恩戰鬥的過程中，蛇星的小主人繆斯被潘多拉魔法石吸走，虛弱無力。為了恢復自己的力量，繆斯的哥哥傑瑞米阿斯在宇宙中苦苦尋找多年，終於在湖底找到了壹塊可以對抗魔法石的義鐵，發誓要把它變成壹把不朽的寶劍。
然而，傑瑞米阿斯的所作所為被迪安發現了。為了成功地制造出神劍，傑瑞米阿斯秘密地離開了蛇，隱居起來。另壹方面，繆斯苦苦尋找傑瑞米阿斯的下落，而迪恩則繼續利用魔法石進行各種犯罪。宇宙的黑暗時代到來了，直到邪惡的劍被鑄造。
宇宙海盜入侵原始星。為了徹底瓦解宇宙中的海賊，戰神聯盟被閃電集結。然而在與迪恩的戰鬥中，雷伊、卡修斯和布雷克都被吸進了魔法石，只有蓋婭幸免於雷伊的能量沖擊。
與此同時，賽歐也探測到了這種強大的能量波，懷疑海盜在測試摧毀星球的武器。為了建功立業，阿鐵打假扮成羅傑船長，暗中封鎖消息，和賽小溪、卡璐璐壹起悄悄執行這項危險的任務。在與宇宙海賊的對抗中，三人敗下陣來，陷入險境。幸好蓋婭趕到救了他們，成功搶走了潘多拉魔法石。
為了拿回魔法石，迪恩派出了宇宙中的頂級殺手，賞金獵人莫戈斯去追捕他們。另壹方面，賽小溪也得知了雷伊、卡修斯和布萊克被殺的消息。在逃亡途中，他們遇到了壹個神秘的女精靈，她自稱是繆斯女神。據說只有劍劍，壹個她哥哥傑瑞米阿斯親手制造的惡魔，才能對抗潘多拉魔法石。
繆斯為SPT團隊指明了方向，也帶著他們踏上了更危險的旅程；邪惡的海盜，危險的叢林，絕望的追擊。