宇宙大陸區域人族聯邦殖民地洲薩拉星。
黑暗的宇宙中，壹支龐大的艦隊緩緩駛出，造型優雅，氣勢磅礴，給人壹種來自外太空的美感。但它帶給洲薩拉的卻是死亡的禮物——無數的炮彈從天而降，無情地襲擊著洲薩拉上所有的人類聚居地。在確認整個星球完全死亡後，他們悄然消失在黑暗的宇宙中。
人族的人是在太空流浪的人類的後代。它是人類在外太空建立的壹個文明分支。22世紀末，地球陷入重重危機，作為導火索的基因技術失控，表面繁華實則暗流湧動。
洶湧澎湃的人類社會的諸多隱患暴露無遺。隨著全球亂局的持續，信奉權力至上的聯合力量聯盟宣告成立。這是對解體的聯合國的替代。後來，在UPL嚴厲甚至血腥的手段下，地球社會終於從混亂中走了出來，開始壹點點前進。出於對“人類純潔性”的堅持，UPL將基因技術置於冷宮，轉而大力扶持其他技術，航天技術在此期間得到了突飛猛進的發展。當人類進入太空大發展時期，在太陽系外建立殖民地不再是夢想。UPL挑選了數萬名囚犯，在冬眠後將他們送上太空，成為殖民先驅。這是人族歷史的開端。
經過壹場名為公會戰的內戰，塔爾索尼斯確立了自己的霸權，並建立了以其為核心的人族聯邦政府。然而，沒過多久，100個殖民星球的獨立運動就如火如荼地展開了。在最叛逆的星球科哈爾上，聯邦采取了最極端的措施，使用了1000枚天啟級核彈將基地炸成焦土。但反政府武裝“科哈之子”頭目曼斯克逃脫，重整旗鼓，開始瘋狂復仇。雙方就像糾纏不休，直到“血戰”來臨。
對chau sara的攻擊讓人族人民恐慌。襲擊者自稱神族，壹個強大的外星種族，他們在襲擊後立即神秘消失。然後，在Mar Sara上，我收到了被不明外星人襲擊的可怕消息！他們的外貌和神族有很大的不同，他們屬於壹個未知的種族，叫做蟲族。人族的聯邦艦隊反應相當奇怪，它的指揮官杜克將軍命令瑪爾薩拉守備隊和民兵不要接近蟲族！瑪爾薩拉民兵隊長雷諾甚至因為帶領部隊營救被蟲族攻擊的定居點而被聯邦政府逮捕。
聯邦的奇怪行為使得瑪薩拉上的蟲族得以隨意發展。但是好景不長。神族戰隊再次出現，強大的火力讓瑪爾斯薩拉變成了陳薩拉的第二。這支艦隊由神族著名的英雄聖堂武士塔薩達率領，它的目標不是特蘭的殖民地，而是蟲族。
神族是壹個優秀的種族，他們的進化得到了壹個神秘種族的幫助。早在神族還是文明的時候，宇宙中就有壹個種族已經進化到了完美的程度。這場比賽被命名為Xel'Naga。它擁有極其先進的技術，但它的人民對領土和權力不感興趣，而是熱衷於創造全宇宙最完美的生命形式。擁有心靈力量的神族曾經偏愛薩那加，薩那加全力指導和幫助神族進化。然而，強行操縱使得神族的進化變得混亂，神族家族陷入混亂和動蕩，精神紐帶被打破...絕望的薩爾·納加斯在黑暗中離開了。然而，在壹位偉大先知的帶領下，神族終於找回了他們失去的精神力量。再次繁榮。這麽多年過去了，神族早已風生水起，卻沒有薩爾納加的消息，誰也不知道它去了哪裏。......
不久前，神族巡邏艦隊在其星域邊緣意外捕獲了壹個未知的外星探測器，發現它其實是壹個有機體(蟲族所有的建築設施都是有機體，這個探測器就是蟲族之主)！對它進行測試後發現，它的意識中有明顯的消滅和同化其他種族的想法。更可怕的是，這個種族有被薩爾·納加斯改造過的痕跡！面對這個具有侵略意識的危險種族，神族迅速組織了壹支遠征軍，由塔薩達指揮，擔負起保衛家園和其他智慧生命的重任。
經過偵察，塔薩達發現人族的幾個偏遠殖民地已經被蟲族入侵，人類被徹底屠殺，幸存者全部被蟲族感染同化...在紅衣主教會議的授意下，塔薩達不情願地用炮火摧毀了陳薩拉。但是塔薩達對這個速成與燃燒的指令有所懷疑，認為這違背了神族幫助弱者的方式...但情況緊急，他只能繼續“清洗”到處出現蟲族的區域。他壹方面繼續指揮自己的隊伍向四面八方作戰，對蟲族進行壓制和攻擊。另壹方面，他暗中觀察蟲族和人族的動向，收集必要的信息，思考新的計劃。
沮喪的雷諾獨自坐在監獄裏。他想不通怎麽會因為保衛自己的家而坐牢。“科哈之子”趁機伸出援手，救出了雷諾。曼斯克邀請雷諾加入我們。雷諾早就聽說過這個人的跋扈，但現在他更討厭聯邦了，所以他同意了。
隨著神族和蟲族的到來，人族聯邦已經陷入了笨拙和疲憊的狀態。“科哈之子”獲得了絕佳的機會，曼斯克決定反擊。“科哈之子:整個軍隊都去了壹個偏遠的殖民地。曼斯克準備從聯邦統治的薄弱領域發動革命，逐步瓦解聯邦。就在這個時候，雷諾認識了凱瑞甘，這個讓他又愛又恨，並且關心了他壹生的男人。
卡裏根原本是聯邦的幽靈特工。作為壹個孤兒，她從小就被聯合會秘密訓練，在血泊中長大。叛逃後成為曼斯克的得力助手。現在她正在到處聯系抵抗組織。在卡萊根的號召下，起義軍打著“科哈之子”的旗號集結，齊心協力打敗了前來反擊叛亂的聯邦艦隊，降服了領軍將領杜克。“柯哈之子”的勝利在殖民地引起連鎖反應，聯邦政府聞風喪膽，組織龐大艦隊再次圍剿“柯哈之子”。但曼斯克並沒有驚慌。對於雷諾來說，國家曾經從聯合會竊取了壹張絕密光盤，現在被成功解密，內容讓人毛骨悚然！原來兇猛的蟲族的到來和聯邦有關系！聯合會壹直從事人類精神力量的開發，幽靈特工就是其中壹個項目。聯合會在研究中意外發現，原本用於幽靈特工之間精神聯系的能量發射器發出的信號，可以被蟲族接收，換句話說，可以召喚蟲族！那些殖民星球上的蟲族都是聯邦召集的，聯邦正在把這些地方變成試驗田，測試對蟲族的控制。所以他們的態度才這麽曖昧！
了解了這壹切，曼斯克決定以牙還牙。根據光盤顯示，“科哈之子”還制作了壹個發射器。卡裏根奉命潛入被叛軍包圍的聯邦軍事基地，打開發射機。結果蟲族壹窩蜂沖進來，聯邦基地被翻了個底朝天。“科哈之子”趁亂突破聯邦防線，揚長而去。緊隨其後的神族艦隊徹底摧毀了聯邦基地。......
這時，“科哈之子”決定向聯邦發起總攻，目標是聯邦的首都——坦桑尼亞之星。老謀深算的杜克將軍成功摧毀了坦贊尼的外圍防禦設施。然而，曼斯克並沒有強攻，而是再次故技重施，再次在坦桑尼亞之星上植入了發射架...蟲族聞風而動，像烏雲壹樣襲來，把這個繁華的星球變成了人間地獄。聯邦政府在蟲族的攻擊下奄奄壹息，但就在這關鍵時刻，神族艦隊出現在坦桑尼亞上空，目標就是蟲族。這壹次，他們派遣地面部隊直接在星球表面與蟲族作戰。
眼看勝利在望，曼斯克當然不喜歡節外生枝，因為這樣壹來，聯邦官員可能會逃脫。被權力蒙蔽了雙眼，他命令卡裏根帶兵去阻止神族！雷諾聞言暴跳如雷，深愛著卡裏根，他斷然反對這個幾乎等於死亡的任務，但卡裏根卻板著臉接受了。
被提上來的卡裏根很快陷入了危機。神族的武力先進強大，而蟲族瘋狂攻擊他面前的所有目標。卡萊根被夾在中間，兩邊都奮力廝殺，試圖阻擋神族...在人族和蟲族的夾擊下，神族首先遭遇慘敗，塔薩達率領艦隊離開。Kalegan的軍隊也被削弱了。但是隨著發射者的不斷召喚，蟲族變得越來越多，已經形成了蟲海...曼斯克命令全軍撤離，但卡萊根聽不到這個命令，她的基地被蟲海淹沒，我生死不明。......
撤離後，曼斯克和雷諾發生了激烈的爭吵，最終不歡而散。這時，聯邦已經崩潰了。聯邦最後壹個據點被夷為平地後，“科哈之子”獲得全面勝利。現在內戰結束了，雷諾再也無法容忍和曼斯克的曖昧關系，而曼斯克在這個時候宣稱要重建帝制，自稱人族第壹皇帝！
心懷不滿的雷諾率領他的部隊離開了。出於對卡裏根的思念，雷諾開始探尋他的下落。他堅信卡裏根沒有死，他必須找到她。
坦桑尼亞之戰，蟲族受益匪淺，壹直壓制他們的神族遠征軍被擊退，蟲族贏得了蓬勃發展的黃金時代。這壹切讓奧維邁德無比開心。主宰是蟲族氏族的最高主宰，所有蟲族生物都臣服於它的腳下。最低級的蟲族生命沒有高超的智慧和自我意識。他們的意識和精神被蟲族領主牢牢控制。這些章魚似的領主是蟲族的基層統治者。而領主是由腦蟲控制的——蟲族的第二統治者。最後，所有的意識都匯聚在蟲族最高統治者的精神領域，沒有壹個蟲族偏離了主宰的意識。蟲族，脫離了奧維明和領主，只是只知道狂亂攻擊的嗜血者，而壹旦被納入蟲族體系，就是壹群無知而順從的忠誠戰士。
Overmind對坦桑之戰極為滿意，但更讓它興奮的是壹個秘密蛹。除了Overmind，沒人知道這個蛹的來歷，甚至包括它的腦蟲(Overmind稱它為自己的兒子，腦蟲有自我意識，但這種意識也是建立在對Overmind絕對忠誠的基礎上的)。Overmind只是神秘地告訴，這個蛹包裹著壹個擁有強大精神力量的生命體，將來會成為壹個能人。
因為坦桑星上的資源所剩無幾，為了有更好的發展環境，奧弗明決定將全家搬到人族帝國的偏遠殖民地查爾星。蟲族來到char後開始瘋狂擴張，他們以超強的繁殖力迅速充實戰鬥力，盯上了自己的終極目標——神族。
對於銀河系最強大的種族神族來說，蟲族早就垂涎三尺了。他們羨慕神族優秀的基因，貪圖神族完美的生命密碼，甚至忘記了神族強大的精神力量。超人太想要這壹切了。蟲族是基因操控和變異的大師，有了基因操控和變異，他們才能從最初的蟲族發展到現在的氣候。他們中的每壹個人都來自其他種族。蟲族修改了他們的基因，迫使他們變異。短短幾代，就進化成了完全為戰鬥而生的物種，於是蟲族變成了壹個充斥著人和強盜的海盜種族。蟲族追求宇宙中所有的優勢基因，奧維明想要創造壹個完美的身體。現在只剩下神族了，只要同化神族和奧維明的大計劃，就可以完成了。到時候，奧維明不僅是蟲族之神，也是宇宙之神。
人族帝國不願意把它的Char星拱手讓給蟲族。在人族皇帝曼斯克的命令下，杜克將軍率領帝國艦隊圍剿蟲族。雙方在查爾星上展開激戰，傲慢的杜克將軍被蟲族猛擊，潰逃。然而，剛剛喘息的蟲族立刻收到了敵人攻擊的報告。攻擊者實際上是雷諾。自從卡裏根離開後，雷諾壹直在四處尋找他的消息。當他經過Char星時，意外地遇到了非常強的能量波信號。迷惑的雷諾降落在Char星，開始尋找信號源。蟲族，Overmind很清楚能量波，正是蛹發出的。看來自己的苦心也要破繭而出了。......
戰鬥的結局出人意料。在激戰正酣的時候，蛹破開，壹個擁有強大能量的人形生物跳了出來。是卡裏根！看到這壹幕，雷諾幾乎崩潰了...原來Kalegan已經被蟲族俘虜變身，Overmind驕傲地稱她為“我的女兒”。知道這壹切後，雷諾不願意打了。他悲傷地向卡裏根傾訴自己的想法，並要求卡裏根殺了他。Kalegan向她明確表示自己是蟲族，喜歡現在的自己，最後勉強勸雷諾離開。雷諾感到沮喪，只好昏了過去。
自從上次戰敗後，神族遠征軍已經損失了超過壹半的兵力。戰力不足的塔薩達沒有改變主意，貿然進攻蟲族。但是塔薩達在黑暗聖堂武士身上得到了意想不到的增援！Tasada對他們來說並不陌生。他們是神族主流社會的反叛者，樞機主教團稱他們為邪教，並將他們永遠驅逐出艾爾。與他們接觸後，塔薩達發現他們有自己的壹套觀點和使用精神力量的方式。塔薩達建議與他們合作，出於對塔薩達的敬仰和對家鄉艾爾的向往，黑暗聖堂武士同意了這個請求。雙方壹起進攻。
面對接踵而至的神族大軍，卡萊根沈著應戰。但是蟲族很快發現這只是壹個佯攻，壹群黑暗聖堂武士利用虛擬現實攻擊腦蟲和Overmind。在黑暗聖堂武士強大精神力量的攻擊下，壹只腦蟲被當場殺死，就連奧維明也在與黑暗聖堂武士首領澤拉圖的精神較量中落敗！它被撞昏了。然而狡猾的奧維明在雙方精神接觸的壹瞬間已經迅速探知了澤拉托的所有想法，其他人也找到了他們壹直夢寐以求的東西——艾烏爾行星保護力場的入口和出口。醒來後，奧維明德激動地宣布了全軍進攻艾爾的計劃。與此同時，在奧維明的命令下，卡萊根開始攻擊黑暗聖堂武士。黑暗聖堂武士為他們的行為付出了代價，在數量難以想象的蟲族和詭計多端的卡萊根的攻擊下，他們在飛行中被殺死。卡萊根殘忍的名聲很快傳開，在那之後，人們稱卡萊根為“刀鋒女王”。
萬事俱備，除了卡萊根留在查爾的大本營，其余蟲族全部出動，真正撲向了艾爾。Overmind的算盤早已打好:最重要的是奪取Khaydarin水晶。這是薩那加的遺物，神族的先知用它重新獲得了失去的精神紐帶。奧維密德渴望得到，這是完成他完美身體的必要條件。蟲族的軍隊瘋狂地沖向水晶，粉碎了沿途所有的守軍。神族驚恐地發現，自己並不是宇宙中最強的生命。在蟲族的猛烈攻勢面前，他們只能撤退！
得到水晶後，Overmind將自己融入了水晶中，然後它撲向了下壹個目標——薩爾納加神廟。這也是薩那加的遺產。Overmind巨大、強壯、端莊的完美身軀，(大仙人掌？)蟲族的神話已經登峰造極了！
面對蟲族的進攻，神族議會束手無策，但士兵們在國防軍執政官菲尼克斯的帶領下英勇反擊，取得了壹些小勝利。阿爾達瑞斯元帥代表樞機主教團向菲尼克斯表示祝賀。就在這時，他們收到了塔薩達的心靈感應。塔薩達向菲尼克斯和阿爾·達裏斯講述了他的戰鬥經歷，並提到他已經與黑暗聖堂武士取得了聯系。菲尼克斯對塔薩達的建議很感興趣，但阿爾·達裏斯聽到後怒不可遏。作為執法人員，他斷然斥責塔薩達與異教徒勾結，並迫使塔薩達立即返回愛爾。塔薩達冷冷地拒絕了，切斷了他們之間的精神聯系。阿爾-達裏斯隨後宣稱塔薩達被附身，拒絕聽從塔薩達的建議，並給鳳凰下達了強攻的命令，但鳳凰被迫離開。
戰鬥激烈，戰果輝煌——司祭盎中的蟲族全軍覆沒，而傑出的鳳凰將軍卻不幸陣亡。消息壹出，全軍哀悼。就在這個人的心可用的時候，樞機主教團更加關註塔薩達，他們堅持要讓這個自我放縱的家夥接受神聖的仲裁。
不久，阿爾·達裏斯率領的神族艦隊來到查爾，開始搜尋塔薩達。很快，通過心靈感應，他們找到了塔薩達。塔薩達表示願意回去仲裁，但要求他們幫助營救被俘的黑暗聖堂武士。固執的阿爾達裏人為了拯救“異教徒”放棄了精神。憤怒的塔薩達和阿爾·達裏斯爭論起來，結果塔薩達贏得了艦隊大多數官兵的支持。作為“聖堂武士”，他們自然對自己的老上司——大英雄塔薩達比對固執的執法官更有感情。經過這次兵變，阿爾·達裏斯再也沒有力量活捉塔薩達，只好詛咒著離開，而塔薩達則開始了營救行動。
除了他們，黑暗聖堂的監獄裏還有很多人族士兵。這些士兵屬於杜克和雷諾，在最近的戰鬥中被俘。為卡萊根心碎的雷諾在失利後拒絕離開。當奧維明德率軍進攻艾爾時，他悄悄地回到了查爾。塔薩達營救行動的成功也釋放了被俘的人族士兵。在接到別人的報告後，雷諾突然意識到自己和神族的敵人是蟲族，他們應該聯合起來打敗奧弗曼，這樣卡萊根才有可能獲得解放...雷諾不再猶豫，立即率軍跟隨塔薩達的艦隊。
救出黑暗聖堂武士和澤拉托後，塔薩達對擊敗蟲族充滿希望。但是樞機主教團不能容忍“邪惡”的黑暗聖堂武士踏上艾爾的聖地。阿爾-達裏斯已經集結了所有的力量來處死塔薩達和他的異端朋友。塔薩達和澤拉托很快得到了警告，但卻是菲尼克斯給他們通風報信。原來，在他快死的時候，他的朋友們把他改造成了壹個半生命半機械的龍騎士。菲尼克斯明確表示他站在塔薩達壹邊。塔薩達感謝菲尼克斯的好意，大家決定聯手對抗阿爾·達裏斯。雖然塔薩達、澤拉托和菲尼克斯盡了最大努力，但塔薩達還是投降了，並因為不忍心看到對方在優勢下自相殘殺而被捕。菲尼克斯領事制定了壹個營救塔薩達的計劃。雷諾帶著他的部隊來到了這裏。得到援軍的鳳凰立即反攻。在這場戰鬥中，越來越多的士兵開始明白塔薩達的真正含義，紛紛叛逃...最後塔薩達獲救，贏得了絕大多數官兵的信任。
總攻就要開始了，澤雷特給大家講了蟲族的起源，這是他在對抗奧維明之靈的時候，從對方的思想中發現的。原來蟲族也是薩那加的創造。他們原本是壹群弱小的寄生蟲。薩納加給了他們智慧和操縱基因的能力。鑒於神族的失敗，蟲族被賦予了強大的團隊精神和絕對的統治力——over mind。受薩那加創造完美生命和自己作為寄生蟲的貪婪影響，奧弗明吞噬面前的任何生命來吸收優秀的基因物質，包括薩那加。薩納加，壹個神秘的種族，最終被自己的造物所毀滅.....過於強勢。
渴望整個宇宙，這壹戰關系到整個宇宙的命運，絕不能戰敗。憤怒的神族在塔薩達、澤雷特和菲尼克斯的帶領下，攜手雷諾展開了狂風暴雨般的進攻。在他們英勇的戰鬥下，軍隊勢如破竹，在除掉負責防守奧維明的腦蟲後，奧維明臃腫的身軀暴露無遺。得到完美的身體後，Overmind幾乎就是神了，威力前所未有。雖然各路英雄帶領部下不知疲倦地戰鬥，但可怕的超能力者似乎是不朽的。它的身體和精神都很完美，還有什麽能打敗它？
塔薩達回答了這壹切。沒有告訴任何人，塔薩達毅然燃燒了自己的生命，生命之火釋放的能量讓他的精神力量無限增強。所有人都震驚地看到塔薩達像生成的燦爛火焰壹樣撲向奧維明，他高貴神聖的精神力量瞬間將奧維明切成了碎片！沒有文字可以形容那壹瞬間的輝煌，沒有筆墨可以形容那壹瞬間的悲傷。當風暴平息，塵埃落定，人們悲傷地發現塔薩達已經壹去不復返了。他用自己的犧牲帶走了蹂躪宇宙的主宰。
Tasada死了，Overmind死了，但是戰爭還沒有結束。
(以上是星際爭霸1的故事)
《星際迷航2》的故事其實是在人類戰役的最後，主人公吉姆。雷諾成功激活了薩爾。納迦神器，從而摧毀了查爾星上的大部分蟲族部隊，並將刀鋒女王凱利根恢復為人類形態。這段歷史看似很多，其實也就壹點點，主線都是圍繞這壹點。