其實就連朱棣自己也並不相信朱棣被燒死了。《明史·胡濙傳》記載，永樂五年朱棣懷疑建文帝下落，派遣戶部給侍中胡濙，以頒布詔書尋訪張三豐為名，暗中偵查建文帝蹤跡。胡濙在外尋訪十四年之久，回來把打聽到的民間隱秘與傳聞向皇帝報告，才使皇帝的疑慮冰釋。再胡濙回到北京之前，成祖還派遣鄭和下西洋尋訪，也未找到（鄭和下西洋的目的之壹就是尋訪建文帝）。因此可以說，建文帝很大的可能並不是在宮中被燒死的，或者即便燒死，朱棣也沒有見過建文的屍身，否則他遍沒有必要象上面海內海外的搜索。
神宗曾經問左右大臣：“聽說建文當時逃走了，真有這樣的事情麽？”重臣張居正回答：“國史沒有記載這件事，但是據故老相傳，說當年靖難的部隊進城的時候，建文帝剃了頭發，披著僧袍從小道逃走了，當時人們都不知道。到了正統年間，有人在雲南郵壁上見到壹首詩，有“淪落江湖數十秋”的句子，有個禦史覺得很奇怪，就把題詩的人叫來問他，題詩的人是個老和尚，禦史問他話卻坐著而不跪下，回答說‘想要回到故鄉’，禦史查證得知是建文帝，於是把消息報告給朝廷。朝廷召老和尚到京，進宮中查驗，正是建文。不過沒有人知道後來的事了。”（明神宗實錄）
萬歷皇帝讓張居正將雲南郵壁上的題詩全文抄下來給他看，全詩如下：
淪落江湖數十秋，歸來白發已盈頭。
乾坤有恨家何在？江漢無情水自流。
長樂宮中雲氣散，朝元閣上雨聲愁。
新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。
這首詩在《明神宗實錄》和《春明夢余錄》都有記載，有較大的可信度，並且與建文帝的書生氣十足而溫文爾雅的氣質十分相符。
明人野史中記載建文帝逃亡生涯的過程大略如下：
建文四年六月，建文帝得知南京金川門失守，長籲短嘆，想自殺以謝國人。翰林院編修程濟說，不如出走流亡。少監王鉞跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下壹個寶匣，並且交代說，如有大難，可以打開。眾人壹起趕到奉先殿左側，打開這個紅色寶匣，但見裏面有度牒三張，分別寫著“應文”、“應能”、“應賢”，裏面還有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及銀元寶十錠。第壹張“應文”度牒寫著：“應文從鬼門出，其余人等從水關禦溝而行，薄暮時分在神樂觀的西房會合。”程濟立即為皇上剃去頭發，換上袈裟、僧帽、僧鞋。吳王教授楊應能表示願意剃度，隨帝流亡；監察禦史葉希賢毅然說，臣名賢，無疑就是“應賢”，也剃度改裝隨從。當時在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要隨從流亡。建文帝說，這麽多人壹起行動，勢必引起懷疑，決定由九人陪他前往鬼門，在神樂觀乘船至太平門。少頃，楊應能、葉希賢等十三人趕來。壹行二十二人開始了流亡生涯。建文帝交代，今後互相以師弟稱呼，不必拘泥君臣之禮。兵部侍郎廖平建議，隨從不必多，更不可多，挑選沒有家室之累又有膂力五人足夠，其余遙為應援。當場決定楊應能、葉希賢稱為比丘，程濟稱為道人，這三人左右不離建文帝；其余六人往來道路，運送衣食。第壹站來到吳江縣的史彬家中。八月十六日，建文帝與兩位比丘、壹位道人同行，其余人等星散。十月，來到襄陽的廖平家。獲悉跟蹤者也已到此，大家商議後便決定前往雲南。
明成祖派遣戶科都給事中胡前往西南地區，打著探尋道教宗師張三豐（即張邋遢）的幌子，其實是為了偵查建文帝的下落。消息傳來，建文帝決定遁跡深山。
永樂八年三月，工部尚書嚴震以出使安南（即今越南）的名義，至雲南秘密探訪建文帝的蹤跡。某壹天，嚴震偶然在雲南道中遇到建文帝，兩人相對而泣。建文帝問他：妳準備怎麽處置我？嚴震回答：皇上請便，臣自有辦法。夜間，嚴震自縊於驛站。建文帝見蹤跡暴露，再次躲進白龍山。
長期的野外生活，使得他身心疲憊，顏色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被發現，不敢出山覓食、求醫，狼狽到了極點。這時史彬等三人趕來，境況頓時改善。幾天後，三人離別，抱頭痛哭壹場。建文帝交代，今後不必再來，壹則道路艱險，二則關津盤查嚴密。
永樂十年三四月間，壹直隨從建文帝的楊應能、葉希賢相繼病逝，建文帝收了壹名弟子，賜名“應慧”。永樂十四年六月，建文帝足疾發作，程濟進城覓藥，才得痊愈。這使建文帝感到危機時時迫近，便口述流亡的經過，由程濟筆錄，寫成《從亡傳》，建文帝親筆寫了序言，命程濟藏於山巖中。此後幾年，建文帝奔走於雲南、貴州、四川之間。永樂十八年十月，在程濟的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，賦詩壹首，其中兩句為：“登高不待東翹首，但見雲從故國飛。”流露了他此時此地思念故國的復雜心情。
永樂二十二年二月，建文帝東行。十月，在旅店遇到史彬。史彬關切地問起道路起居，建文帝說：近來強飯，精爽倍常。於是同史彬下江南，回到吳江史彬家中。這時史彬的從叔祖史弘從嘉興趕來，在客堂見到老和尚，問史彬：大師從何而來？史彬不答。史弘把史彬拉出，說：此建文皇帝也。史彬矢口否認，史弘說我曾在東宮見到過，是我的救命恩人。史彬只得如實相告。史弘頓首後，哭泣著詢問近況。建文帝說：賴各位從亡者給我衣食，得以周旋於險阻之間。二十年來，戰戰兢兢，今日想來，可以終老了吧！隨後在史弘的陪同下，遊覽天臺山，到寧波渡蓮花洋。
匆匆間，成祖死，仁宗即位，不到壹年，仁宗死，宣宗即位，十年後英宗即位。皇帝已經更換了好幾個。政治環境的變換，是他再現真身的時候了。正統五年（1430年），正在廣西的建文帝對程濟說，我決意東行。
建文帝有文才，流亡中經常詩性大發而賦詩，最著名的壹首就是：
流落西南四十秋，蕭蕭白發已盈頭。
乾坤有恨家何在？江漢無情水自流。
長樂宮中雲氣散，朝元閣上雨聲收。
新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。
人們常說，詩言誌。從這些詩中，不難體味到壹位流亡皇帝的心靈呼聲。巧得很，同寓所的壹名和尚，竊得建文帝的詩稿，跑到思恩知州岑瑛那裏，大言不慚地說，我就是建文皇帝！岑瑛大為驚駭，馬上報告藩司。藩司下令把和尚與建文帝壹並逮捕，飛章報告朝廷。當朝皇帝下詔：押解回北京。皇帝命禦史在宮廷中審訊，那和尚稱：年九十余，且死，想葬於祖父陵墓旁。禦史說：建文君生於洪武十年，現在是正統五年，當六十四歲，何得九十歲？後來查實得知，這和尚名叫楊應祥，鈞州白沙裏人。報告皇帝後，和尚被判處死刑，下錦衣衛監獄關押。建文帝此時把實情告訴了禦史，禦史秘密上報皇帝，皇帝派曾經服侍過建文帝的老太監吳亮探望虛實。建文帝見到吳亮，脫口而出：妳難道不是吳亮？吳亮說：不是。建文帝糾正道：我有壹天在便殿就餐，吃子鵝，壹片肉掉到地上，妳手裏拿著壺，趴在地上把它吃掉了。還說不是妳！吳亮伏地大哭。他知道建文帝左腳趾有黑子，查看後果然，想不到幾十年後能夠見面，痛哭流涕，不能仰視。於是，皇帝下令把建文帝迎入宮中西內養老，宮中人都叫他“老佛”。壽終正寢後，葬於西山，不封不樹。因為很難給他壹個名分，所以成為壹座無名墓。
由於建文時期的檔案史料已被銷毀，《明成祖實錄》又充滿謊言，已經難以核實其正確性究竟有多少。因此清代學者頗多懷疑，例如萬斯同在《明史稿?史例議》中就說：“明代野史之失實，無有如建文遜國壹事。”乾隆時正式出版的《明史》，卷四惠帝紀，在寫了建文帝焚死之後，又加上“由地道出亡”壹段文章，依然是壹團迷霧。因此現在要確切考證建文帝的下落，猶如霧裏探花，那只好仁者見仁智者見智了。
參考資料：